genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.625.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  625  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196037936--196038140	71	2.9	70	91	3	311	21	19	25	34	1.96
196052262--196052444	40	4.6	40	80	4	176	23	26	22	27	1.99
196060278--196060455	40	4.5	40	80	4	175	23	25	22	28	1.99
196064661--196064773	27	4.2	26	83	8	118	37	23	22	16	1.94
196072466--196072577	27	4.2	26	85	7	143	37	23	23	16	1.93
196072466--196072577	54	2.1	54	88	3	163	37	23	23	16	1.93
196073983--196074053	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
196074471--196074505	17	2.0	18	88	5	54	48	5	25	20	1.71
196083648--196083722	38	2.2	30	69	30	78	26	20	30	22	1.98
196083642--196083794	40	3.9	39	86	2	191	22	20	32	24	1.98
196091590--196091702	39	2.9	39	95	1	199	23	20	30	24	1.98
196095544--196095596	5	9.2	6	78	19	51	83	1	13	1	0.82
196095544--196095591	16	2.9	16	87	6	69	85	2	12	0	0.69
196097521--196097602	40	2.0	40	100	0	164	29	13	24	32	1.93
196101880--196101949	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
196109795--196109863	26	2.5	28	86	4	97	30	26	14	28	1.95
196113799--196113947	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
196113840--196113947	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
196123470--196123770	44	6.9	44	85	5	378	31	15	25	27	1.96
196123312--196123720	131	3.1	132	79	11	414	31	16	23	27	1.97
196123312--196123770	88	5.2	86	75	13	366	31	16	23	27	1.96
196123445--196123784	44	7.7	45	83	5	168	30	15	25	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196123747--196123950	80	2.6	79	83	1	248	30	17	26	25	1.97
196125028--196125075	23	2.1	23	84	7	62	29	2	0	68	1.01
196125177--196125249	32	2.3	32	83	6	87	27	5	2	64	1.29
196128848--196128903	29	1.9	29	85	7	78	37	8	25	28	1.86
196129558--196129732	49	3.5	49	83	3	233	24	17	26	31	1.97
196129553--196129735	100	1.8	100	92	0	312	24	18	26	31	1.98
196131115--196131208	40	2.3	40	90	0	143	28	17	25	28	1.97
196135788--196135894	42	2.5	42	98	0	205	29	12	29	28	1.93
196135902--196135971	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
196135902--196135983	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
196143723--196143792	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
196143723--196143804	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
196146901--196146939	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
196151583--196151675	27	3.4	27	84	0	105	39	20	17	22	1.92
196151654--196151710	27	2.1	27	83	6	71	22	21	19	36	1.95
196152325--196152376	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
196158115--196158293	49	3.7	48	73	11	152	26	18	29	25	1.98
196166090--196166564	47	10.0	47	89	3	709	33	8	30	28	1.86
196166088--196166565	96	5.0	96	90	3	745	33	8	30	28	1.86
196166270--196166345	25	3.2	25	62	24	63	32	6	31	28	1.83
196166090--196166549	190	2.4	191	95	0	814	33	8	30	28	1.87
196168215--196168252	19	2.0	20	85	10	53	39	18	2	39	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196171950--196172174	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
196172169--196172258	40	2.2	40	80	7	112	23	24	28	23	1.99
196181126--196181202	22	3.4	22	67	10	64	27	28	11	32	1.92
196181098--196181342	47	5.2	47	93	1	375	28	30	8	31	1.88
196181322--196181454	48	2.8	48	96	0	239	28	27	9	34	1.87
196184950--196185206	43	6.0	43	94	0	442	32	31	22	13	1.93
196185209--196185407	40	4.9	42	84	4	196	25	27	23	24	2.00
196186667--196186694	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
196187377--196187453	22	3.4	22	67	10	64	27	28	11	32	1.92
196187349--196187644	47	6.3	47	94	0	475	29	30	9	31	1.88
196187446--196187571	25	5.3	25	67	18	106	32	31	6	29	1.82
196192688--196192745	27	2.2	26	84	3	71	34	17	24	24	1.96
196192965--196193012	25	2.0	25	83	4	62	22	14	22	39	1.91
196195312--196195358	21	2.2	21	88	0	67	25	36	23	14	1.93
196195321--196195365	21	2.1	21	95	0	81	22	33	26	17	1.96
196197282--196197320	6	6.7	6	88	5	53	25	2	0	71	0.98
196199866--196200037	93	1.8	93	92	0	290	27	27	21	23	1.99
196199858--196200034	46	3.8	45	75	7	176	28	26	20	24	1.99
196202417--196202496	15	5.4	15	77	7	83	57	13	18	10	1.64
196202417--196202505	30	3.0	30	77	8	92	56	15	17	10	1.67
196202428--196202505	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
196205430--196205600	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196205422--196205596	46	3.8	46	79	14	216	29	29	20	21	1.98
196212125--196212274	37	3.9	38	86	6	207	22	20	32	24	1.98
196212130--196212293	76	2.2	75	84	6	197	23	21	31	23	1.98
196220829--196220931	29	3.6	29	80	2	91	25	33	17	24	1.96
196225708--196225937	60	3.8	60	86	0	289	28	26	11	33	1.91
196225749--196225845	31	3.2	32	66	16	87	26	29	10	32	1.90
196230481--196230638	38	4.1	38	87	3	201	22	22	25	29	1.99
196230497--196230670	38	4.5	38	86	4	199	20	21	26	31	1.98
196234652--196234866	40	5.5	39	80	8	206	26	27	20	25	1.99
196234684--196234866	40	4.7	40	83	8	207	26	27	21	24	1.99
196234711--196234862	78	1.9	79	85	6	211	26	27	21	25	1.99
196242742--196242964	119	1.9	120	85	6	319	25	27	22	24	2.00
196242721--196242964	40	6.1	40	85	6	300	25	27	22	24	2.00
196245905--196246377	47	10.2	47	91	2	760	28	30	8	32	1.87
196249232--196249267	16	2.1	17	90	10	56	8	16	0	75	1.04
196255560--196255662	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
196256972--196257009	20	2.1	19	85	14	53	7	15	0	76	1.01
196268617--196268952	163	2.1	163	98	0	645	41	17	5	36	1.71
196269695--196269757	28	2.4	25	84	10	72	34	22	25	17	1.95
196275088--196275199	27	4.1	27	78	7	111	16	24	21	38	1.93
196275091--196275197	54	2.0	54	87	3	153	16	24	19	39	1.92
196279524--196279814	49	6.4	48	82	15	350	28	9	32	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196279583--196279814	86	2.7	88	90	6	357	26	9	33	30	1.88
196279670--196279814	48	3.2	48	83	16	209	26	8	33	31	1.87
196279641--196279806	41	4.0	40	79	17	178	26	7	34	31	1.84
196279914--196279998	37	2.3	37	93	0	143	24	18	34	22	1.96
196284073--196284121	24	2.1	24	85	11	66	30	24	16	28	1.96
196284054--196284132	25	3.2	25	78	10	90	26	25	16	31	1.96
196284115--196284189	25	3.1	25	71	17	59	32	18	20	29	1.96
196291493--196291758	24	11.1	24	97	0	453	20	18	25	35	1.95
196299522--196299788	24	11.1	24	97	0	462	20	18	25	35	1.95
196301132--196301277	40	3.7	40	87	5	190	23	22	26	27	1.99
196301506--196301550	22	2.0	22	83	8	56	37	11	13	37	1.80
196305750--196305811	30	2.1	29	90	3	97	24	24	14	37	1.93
196306018--196306144	23	5.4	24	90	6	206	28	22	20	29	1.98
196306194--196306232	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
196306195--196306239	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
196306276--196306323	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
196308446--196308685	123	1.9	126	97	2	459	24	31	12	31	1.92
196313014--196313076	30	2.1	30	93	0	108	23	23	15	36	1.94
196313283--196313450	23	7.4	24	89	9	248	27	22	21	29	1.99
196313283--196313450	89	1.9	91	91	7	281	27	22	21	29	1.99
196313499--196313537	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
196313500--196313544	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196313581--196313628	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
196321258--196321356	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
196323393--196323481	23	3.8	24	88	5	128	16	21	22	39	1.92
196323385--196323518	23	5.7	23	82	8	112	20	20	20	38	1.94
196323392--196323518	47	2.7	47	80	7	125	21	19	20	38	1.94
196323385--196323518	70	1.9	70	83	3	171	20	20	20	38	1.94
196330568--196330618	19	2.8	18	69	16	50	58	15	0	25	1.37
196332630--196332708	13	6.1	13	96	0	149	15	31	36	16	1.90
196333819--196333847	13	2.3	13	94	5	51	24	6	0	68	1.13
196339169--196339400	39	5.9	39	89	3	260	23	31	20	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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