genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  235  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70538931--70539183	94	2.7	94	98	0	479	30	10	18	39	1.85
70542371--70542555	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
70542370--70542576	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
70542369--70542576	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
70547149--70547238	27	3.3	27	87	3	110	40	17	10	32	1.83
70547149--70547255	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
70547244--70547426	27	6.8	27	89	0	222	28	24	8	38	1.85
70547244--70547426	54	3.4	54	87	3	251	28	24	8	38	1.85
70547190--70547374	81	2.3	82	77	6	187	29	24	10	35	1.88
70547244--70547426	81	2.3	81	87	3	253	28	24	8	38	1.85
70547420--70547654	27	8.7	27	76	7	194	40	19	8	31	1.83
70547406--70547544	54	2.6	54	84	5	183	39	21	7	30	1.82
70547684--70547748	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
70548990--70549066	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
70548999--70549070	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
70548988--70549070	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
70549124--70549289	24	7.0	23	87	7	228	29	22	21	25	1.99
70549124--70549289	70	2.3	70	90	4	253	29	22	21	25	1.99
70549124--70549289	46	3.5	46	87	7	228	29	22	21	25	1.99
70549480--70549543	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
70552333--70552422	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
70552333--70552439	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70552428--70552638	27	7.8	27	89	0	251	27	24	9	38	1.85
70552536--70552839	27	11.2	27	77	10	104	36	20	7	34	1.82
70552552--70552718	54	3.1	54	81	5	151	34	19	7	38	1.80
70552374--70552665	81	3.6	81	76	4	194	30	22	9	37	1.86
70552617--70552755	54	2.6	54	84	5	183	40	22	5	31	1.77
70554208--70554284	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
70554217--70554288	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
70554206--70554288	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
70554341--70554506	23	7.0	23	87	6	226	28	23	21	25	1.99
70554341--70554506	47	3.5	47	88	5	237	28	23	21	25	1.99
70554342--70554480	70	2.0	70	94	0	242	27	24	21	26	1.99
70554699--70554762	31	2.1	31	87	0	92	34	15	25	25	1.95
70559173--70559452	92	3.0	93	92	2	454	32	10	18	38	1.85
70559481--70559544	24	2.6	25	80	9	80	21	14	29	34	1.93
70560899--70561005	55	1.9	55	98	0	205	44	17	10	27	1.81
70561201--70561237	17	2.1	18	85	14	51	54	0	10	35	1.36
70564576--70564828	94	2.7	94	97	0	470	30	10	18	39	1.85
70568013--70568197	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
70568012--70568218	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
70568011--70568218	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
70572790--70572889	27	3.7	28	82	9	118	40	20	10	30	1.85
70572885--70573095	27	7.8	27	89	0	251	27	24	9	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70572993--70573297	27	11.2	27	76	11	97	36	20	8	34	1.82
70573009--70573213	54	3.8	54	80	6	155	36	20	7	36	1.81
70572831--70573122	81	3.6	81	76	4	194	30	22	9	37	1.86
70574665--70574741	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
70574674--70574745	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
70574663--70574745	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
70574800--70574965	24	7.0	24	89	4	239	28	23	21	25	1.99
70574800--70574966	47	3.5	48	89	4	241	29	23	21	25	1.99
70574800--70574965	71	2.3	71	90	3	253	28	23	21	25	1.99
70575159--70575222	31	2.1	31	87	0	92	34	15	25	25	1.95
70579634--70579880	92	2.7	92	95	1	431	32	10	17	39	1.84
70579942--70580005	24	2.6	25	80	9	80	21	14	29	34	1.93
70581359--70581465	55	1.9	55	98	0	205	44	17	10	27	1.81
70581661--70581697	17	2.1	18	85	14	51	54	0	10	35	1.36
70584104--70584356	126	2.0	126	95	0	452	35	13	10	41	1.79
70587381--70587410	13	2.3	13	94	0	51	50	0	50	0	1.00
70588498--70588567	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
70593098--70593206	36	3.0	36	95	0	191	22	1	22	53	1.56
70593148--70593206	21	3.1	21	60	34	51	20	0	23	55	1.43
70595050--70595118	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
70596878--70596902	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
70597395--70597435	20	2.1	19	86	4	55	31	17	7	43	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70603267--70603311	20	2.2	20	100	0	90	22	15	20	42	1.89
70604583--70604630	19	2.3	21	79	20	64	45	31	2	20	1.63
70604592--70604631	19	2.1	19	100	0	80	45	32	0	22	1.53
70605462--70605693	49	4.7	48	78	8	232	30	26	18	24	1.98
70607831--70607866	8	4.5	8	85	0	54	47	22	19	11	1.80
70608281--70608328	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
70608367--70608423	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
70608365--70608427	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
70608482--70608579	47	2.1	47	94	5	171	30	20	20	28	1.98
70608481--70608586	23	4.4	24	90	9	171	31	19	21	27	1.98
70608793--70608856	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
70611442--70611480	15	2.5	15	91	4	60	56	15	12	15	1.68
70614481--70614527	24	2.0	24	95	0	85	36	4	38	21	1.73
70615517--70615548	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
70615793--70615854	28	2.2	28	94	0	106	33	27	8	30	1.86
70615962--70616051	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
70615962--70616076	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
70623345--70623376	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
70623490--70623582	19	4.8	19	95	1	168	30	15	32	22	1.94
70623611--70623698	44	2.0	44	100	0	176	34	18	22	25	1.96
70623724--70623788	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
70623894--70623983	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70623894--70624008	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
70625052--70625283	49	4.7	49	81	3	284	28	26	18	26	1.98
70625052--70625277	100	2.3	98	85	2	290	29	26	17	26	1.98
70635273--70635422	40	3.8	40	73	15	123	26	24	27	22	1.99
70643071--70643254	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
70643111--70643299	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
70650782--70650949	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
70658828--70658995	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
70665615--70665676	30	2.1	30	84	0	79	29	20	9	40	1.84
70666729--70666766	18	2.1	18	95	0	67	26	13	5	55	1.59
70667375--70667464	42	2.3	38	83	14	128	27	13	30	28	1.94
70667385--70667491	42	2.5	43	89	5	166	28	14	28	28	1.96
70673899--70673937	18	2.2	18	100	0	78	20	46	15	17	1.84
70676330--70676388	27	2.2	27	81	0	73	30	20	16	32	1.95
70676337--70676399	27	2.3	27	83	5	74	28	20	23	26	1.99
70680354--70680401	24	2.0	24	100	0	96	25	25	16	33	1.96
70683636--70683820	40	4.6	40	79	5	155	26	24	26	22	2.00
70683636--70683823	80	2.3	80	80	12	215	26	23	26	22	2.00
70687208--70687255	13	3.6	13	75	13	53	22	14	10	52	1.72
70700214--70700300	25	3.5	25	84	6	97	31	14	25	28	1.95
70700189--70700301	24	4.6	25	78	11	94	28	15	28	28	1.96
70707815--70707992	39	4.5	39	89	3	243	19	24	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70707816--70707992	77	2.3	78	87	4	241	19	24	27	28	1.99
70709718--70709763	17	2.7	17	89	0	74	19	23	39	17	1.92
70712604--70712657	27	2.0	27	81	3	63	20	9	11	59	1.59
70714325--70714542	40	5.5	39	86	6	271	26	28	22	22	1.99
70721022--70721201	39	4.6	39	83	8	188	26	26	20	26	1.99
70721049--70721189	39	3.5	40	88	5	189	26	26	19	27	1.99
70724070--70724289	46	4.8	44	76	12	169	23	30	20	25	1.98
70731719--70731891	46	3.7	46	80	9	183	21	28	20	28	1.98
70731719--70731890	93	1.9	92	85	6	240	22	28	20	28	1.99
70735924--70736073	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770