Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  702  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
221558364--221558476
40
2.9
39
88
7
158
26
22
27
23
1.99
221566461--221566571
47
2.4
47
84
6
154
25
16
23
35
1.95
221573714--221573824
47
2.4
47
84
6
154
25
16
23
35
1.95
221582081--221582449
70
5.2
70
92
5
634
32
15
20
31
1.94
221582081--221582546
145
3.3
138
87
8
570
30
16
21
31
1.95
221582497--221582650
48
3.0
52
80
11
185
29
16
18
35
1.94
221583356--221583460
34
3.1
34
93
2
183
16
49
12
21
1.78
221583858--221583929
32
2.3
31
83
9
94
62
19
5
12
1.49
221583893--221583925
13
2.4
14
95
5
59
60
15
6
18
1.54
221584189--221584237
11
4.5
11
82
12
57
0
55
0
44
0.99
221587213--221587383
92
1.8
93
94
1
308
28
29
21
20
1.98
221587206--221587380
46
3.8
46
79
14
207
29
29
21
20
1.98
221594777--221594862
46
1.9
45
88
4
129
30
29
19
20
1.97
221598015--221598118
26
4.0
26
91
0
172
36
24
7
31
1.84
221598016--221598119
52
2.0
52
96
0
190
37
24
7
30
1.83
221602326--221602454
40
3.3
39
82
7
111
23
26
25
24
2.00
221602361--221602507
78
1.9
80
85
5
210
24
27
23
24
2.00
221602342--221602507
40
4.2
37
77
9
125
24
27
24
24
2.00
221610386--221610523
40
3.5
40
81
6
131
23
27
24
24
2.00
221610430--221610575
78
1.9
79
84
7
199
24
27
23
24
2.00
221610411--221610575
40
4.2
37
77
8
132
24
27
23
24
2.00
221616248--221616376
46
2.8
46
95
0
222
29
29
21
19
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
221616256--221616395
46
3.0
45
88
4
140
28
29
21
20
1.98
221623787--221623958
93
1.8
93
96
0
317
27
29
21
20
1.98
221623780--221623955
46
3.8
46
79
12
216
28
29
21
20
1.98
221634167--221634298
29
4.6
29
84
1
149
25
16
32
25
1.96
221642939--221642963
13
1.9
13
100
0
50
92
0
8
0
0.40
221644245--221644410
40
4.2
40
77
5
160
26
22
27
23
2.00
221651257--221651418
40
4.1
40
85
5
186
27
27
23
22
1.99
221658422--221658584
29
5.6
29
88
1
202
28
26
15
29
1.96
221668367--221668533
40
4.2
40
78
8
162
25
22
26
25
2.00
221668367--221668517
79
1.9
79
82
8
191
25
22
27
24
2.00
221677454--221677533
30
2.7
30
80
3
81
50
5
2
42
1.37
221677620--221677682
31
2.1
30
82
14
76
50
3
0
46
1.17
221682938--221683147
40
5.2
40
87
2
305
25
24
28
21
1.99
221693401--221693576
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
221693397--221693568
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
221696525--221696593
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
221696516--221696603
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
221698965--221699140
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
221698961--221699132
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
221700828--221700999
46
3.8
46
76
16
196
29
28
21
20
1.98
221700836--221701004
90
1.8
92
92
3
288
28
28
21
20
1.98
221703383--221703471
30
3.0
30
80
8
101
57
15
16
10
1.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
221703383--221703462
15
5.4
15
80
7
92
58
13
17
10
1.62
221703394--221703471
15
5.2
15
78
9
79
56
15
16
11
1.67
221706420--221706591
93
1.8
93
96
0
317
27
30
22
20
1.98
221706412--221706587
46
3.8
46
81
10
232
28
29
21
20
1.98
221708970--221709058
30
3.0
30
80
8
101
57
15
16
10
1.65
221708970--221709049
15
5.4
15
80
7
92
58
13
17
10
1.62
221708981--221709058
15
5.2
15
78
9
79
56
15
16
11
1.67
221712009--221712180
93
1.8
93
96
0
317
27
30
22
20
1.98
221712001--221712176
46
3.8
46
81
10
232
28
29
21
20
1.98
221715427--221715596
91
1.9
91
93
2
297
27
30
19
22
1.98
221715436--221715593
46
3.5
46
75
14
173
28
29
19
22
1.98
221715471--221715612
46
3.1
45
71
25
120
28
28
19
23
1.98
221724770--221724941
93
1.8
93
96
0
317
27
29
21
20
1.98
221724762--221724937
46
3.8
46
80
12
225
28
28
21
21
1.98
221727312--221727399
29
3.0
29
80
8
97
56
15
17
10
1.66
221727312--221727390
15
5.4
15
77
10
83
58
13
17
10
1.63
221727323--221727399
15
5.2
15
75
9
77
55
15
16
11
1.68
221732743--221732830
29
3.0
29
80
8
97
56
15
17
10
1.66
221732743--221732821
15
5.4
15
77
10
83
58
13
17
10
1.63
221732754--221732830
15
5.2
15
75
9
77
55
15
16
11
1.68
221735730--221735901
93
1.8
93
96
0
317
27
29
21
20
1.98
221735722--221735897
46
3.8
46
80
12
225
28
28
21
21
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
221744475--221744659
40
4.7
40
88
6
252
24
21
27
27
1.99
221748429--221748669
47
5.1
47
92
0
374
32
11
29
26
1.91
221748476--221748554
25
3.3
25
65
22
69
32
10
27
29
1.89
221748458--221748576
22
5.1
22
63
25
66
32
13
29
24
1.93
221748550--221748625
23
3.2
25
62
24
63
28
13
34
23
1.92
221748640--221748823
98
1.9
96
93
4
316
35
7
26
30
1.83
221748639--221748823
48
3.8
48
90
5
309
35
7
26
30
1.83
221748969--221749076
37
2.9
37
90
0
153
25
16
30
26
1.97
221750327--221750361
17
2.1
17
94
0
61
22
20
17
40
1.92
221750645--221750722
34
2.3
34
84
4
104
30
19
23
26
1.98
221750741--221750783
23
1.9
23
90
4
70
25
46
2
25
1.65
221755145--221755250
39
2.7
38
86
4
140
20
29
23
26
1.99
221758746--221758963
27
8.2
27
80
8
216
44
19
15
20
1.87
221758746--221758963
54
4.1
53
84
10
257
44
19
15
20
1.87
221760687--221760817
40
3.3
40
85
0
172
24
27
21
26
1.99
221760704--221760854
40
3.8
40
85
4
180
23
25
22
28
1.99
221766545--221766576
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
221769031--221769093
32
2.0
32
96
0
117
36
15
20
26
1.93
221771003--221771046
16
2.6
17
86
13
65
52
0
0
47
1.00
221774457--221774521
31
2.0
31
85
11
85
70
4
1
23
1.14
221776154--221776236
40
2.0
41
81
6
98
31
3
3
61
1.30
221794093--221794232
40
3.5
40
84
0
165
24
27
22
26
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
221794120--221794270
40
3.8
40
83
5
162
22
26
22
28
1.99
221796338--221796535
50
4.0
50
83
1
236
27
18
25
28
1.98
221800941--221800965
13
1.9
13
100
0
50
32
16
16
36
1.90
221802471--221802932
48
9.6
48
98
0
879
33
8
27
31
1.86
221802977--221803099
37
3.3
37
98
0
237
25
19
31
23
1.98
221805017--221805356
40
8.6
40
85
7
345
24
20
28
26
1.99
221805134--221805356
40
5.6
40
93
3
371
24
20
28
26
1.99
221805134--221805356
119
1.9
119
91
3
369
24
20
28
26
1.99
221807500--221807524
13
1.9
13
100
0
50
32
16
16
36
1.90
221809031--221809492
48
9.6
48
98
0
879
33
8
27
31
1.86
221809537--221809659
37
3.3
37
98
0
237
25
19
31
23
1.98
221811573--221811910
40
8.5
39
81
9
229
24
19
29
26
1.98
221811690--221811914
39
5.6
40
87
9
325
25
19
29
25
1.99
221812091--221812140
24
2.0
25
88
3
75
30
8
32
30
1.86
221814057--221814081
13
1.9
13
100
0
50
32
16
16
36
1.90
221818326--221818535
40
5.2
40
87
2
305
25
24
28
21
1.99
221826449--221826698
40
6.2
40
90
1
385
25
24
28
22
1.99
221839029--221839253
47
4.7
47
80
4
157
28
18
28
24
1.98
221839131--221839255
47
2.6
47
87
1
178
28
16
29
25
1.97
221847447--221847536
45
2.0
45
100
0
180
60
8
6
24
1.51
221847810--221847840
8
3.9
8
100
0
62
38
0
0
61
0.96
221849594--221849674
40
2.0
40
95
0
144
48
16
11
24
1.78
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
221860215--221860360
40
3.7
40
84
0
175
24
27
21
26
2.00
221860247--221860398
40
3.8
40
84
5
164
23
25
22
28
1.99
221868729--221868788
30
2.0
30
87
6
86
36
8
26
28
1.85
221869210--221869386
47
3.8
46
80
13
218
20
20
29
29
1.98
221876285--221876344
30
2.0
30
87
6
86
36
8
26
28
1.85
221876766--221876942
47
3.8
46
80
13
218
20
20
29
29
1.98
221883842--221883901
30
2.0
30
87
6
86
36
8
26
28
1.85
221884323--221884499
47
3.8
46
80
13
218
20
20
29
29
1.98
221891856--221891952
28
3.5
28
81
8
101
29
16
23
29
1.96
221893586--221893713
45
2.8
46
92
2
213
19
21
29
29
1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770