genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  75  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22010793--22010977	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
22010794--22010985	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
22010793--22011010	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
22013759--22013851	41	2.3	41	92	0	150	22	21	27	27	1.99
22027772--22027943	93	1.8	93	93	0	299	29	27	20	22	1.99
22027765--22027936	46	3.7	46	79	10	206	30	27	19	22	1.98
22033528--22033681	43	3.6	43	77	6	161	25	16	25	31	1.96
22036262--22036353	34	2.7	34	77	12	100	22	22	23	30	1.99
22043608--22043671	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
22043865--22044054	24	8.0	24	89	4	269	26	21	22	28	1.99
22043864--22044055	47	4.0	48	89	4	282	26	21	22	29	1.99
22043865--22044055	71	2.7	72	88	4	280	26	21	22	29	1.99
22044112--22044188	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
22044108--22044190	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
22044108--22044179	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
22045514--22045936	27	15.7	27	84	4	469	41	8	21	28	1.82
22045516--22045936	81	5.2	81	84	4	519	41	8	21	28	1.83
22047433--22047462	16	1.9	16	93	6	53	50	0	13	36	1.42
22057095--22057121	7	3.9	7	100	0	54	40	14	0	44	1.46
22057270--22057327	20	2.9	20	75	7	55	37	18	31	12	1.88
22058790--22058845	29	1.9	29	96	0	103	42	14	26	16	1.86
22058853--22058936	30	2.8	30	83	0	105	34	11	25	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22058926--22058980	29	1.9	28	92	3	92	36	14	29	20	1.92
22063088--22063215	45	2.8	45	80	4	150	41	12	23	22	1.88
22064175--22064285	53	2.1	54	84	5	145	37	22	23	16	1.93
22064175--22064285	27	4.2	26	82	10	125	37	22	23	16	1.93
22070090--22070190	28	3.5	29	86	6	125	29	26	13	29	1.94
22074045--22074098	16	3.4	16	92	0	72	27	5	9	57	1.52
22075061--22075172	27	4.2	25	82	12	116	35	22	25	16	1.95
22075057--22075162	54	2.0	54	90	3	169	34	20	26	17	1.95
22075277--22075340	26	2.4	27	86	5	85	29	10	25	34	1.90
22089201--22089311	40	2.8	39	81	6	125	23	22	28	25	1.99
22097221--22097373	40	3.8	40	78	9	143	22	22	28	26	1.99
22099290--22099330	19	2.2	18	87	12	57	31	0	2	65	1.05
22101371--22101510	72	1.9	72	86	0	199	30	21	11	36	1.89
22108207--22108326	29	4.2	29	82	4	145	30	28	13	28	1.94
22117906--22118084	52	3.5	53	77	8	144	27	29	15	27	1.96
22118128--22118225	28	3.6	28	76	13	107	26	23	15	34	1.94
22120625--22120789	43	3.9	41	78	5	150	21	18	26	33	1.96
22123818--22123930	45	2.5	45	91	2	183	22	23	20	34	1.97
22123818--22123930	22	5.0	22	80	12	115	22	23	20	34	1.97
22128250--22128396	47	3.1	47	86	0	195	32	10	29	27	1.90
22128279--22128352	23	3.1	25	62	25	59	29	13	33	22	1.93
22128366--22128698	48	6.8	48	88	5	515	36	6	25	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22128366--22128695	148	2.2	150	89	4	521	36	6	25	31	1.82
22128366--22128698	100	3.4	98	91	3	546	36	6	25	31	1.82
22128845--22128989	37	3.9	37	91	0	227	22	17	31	28	1.96
22130476--22130647	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
22130469--22130644	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
22136991--22137153	39	4.2	39	91	0	254	23	20	31	24	1.98
22136991--22137183	39	4.9	39	88	0	242	23	21	31	23	1.98
22139239--22139461	47	4.7	47	76	11	213	22	29	18	28	1.98
22139243--22139498	142	1.8	141	85	8	353	22	29	18	29	1.98
22144400--22144469	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
22152479--22152548	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
22158179--22158492	46	6.6	49	76	14	227	24	29	19	26	1.98
22158179--22158398	49	4.6	47	80	12	213	24	29	19	26	1.98
22158175--22158518	94	3.6	92	75	13	260	24	29	19	26	1.99
22167378--22167569	64	3.1	64	58	17	141	28	11	26	33	1.91
22167227--22167687	123	3.8	122	97	0	832	30	10	25	34	1.90
22167227--22167687	245	1.9	245	95	0	841	30	10	25	34	1.90
22167656--22167878	40	5.6	40	85	2	268	26	20	25	27	1.99
22169727--22170010	40	7.1	40	88	2	365	28	26	20	25	1.99
22169979--22170440	123	3.8	123	96	0	825	34	25	9	30	1.89
22170161--22170348	59	3.1	59	61	13	137	37	25	6	30	1.82
22178554--22178666	51	2.2	51	85	0	154	32	28	15	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22182549--22182658	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
22182549--22182698	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
22190600--22190709	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
22190600--22190749	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
22192991--22193043	15	3.5	15	81	0	70	58	15	11	15	1.63
22196747--22196888	76	1.9	76	84	0	194	33	28	15	22	1.95
22198771--22198894	29	4.3	29	85	1	160	25	12	30	31	1.93
22203201--22203292	45	2.1	44	97	2	175	46	26	2	25	1.64
22206506--22206634	56	2.3	58	82	8	165	32	24	14	27	1.95
22212286--22212464	40	4.4	40	85	2	207	26	24	27	21	1.99
22212320--22212490	80	2.1	80	80	2	182	28	24	25	21	1.99
22218971--22219082	27	4.2	26	84	7	125	38	23	23	15	1.92
22218975--22219081	54	2.0	54	85	3	144	39	22	22	15	1.92
22220484--22220554	24	3.0	24	93	0	115	25	36	1	36	1.65
22220887--22220921	18	1.9	18	88	0	52	37	17	0	45	1.48
22223735--22223801	20	3.3	20	97	0	125	35	8	20	34	1.84
22223737--22223793	9	5.9	9	76	15	60	35	5	22	36	1.77
22223735--22223815	40	2.0	39	86	9	110	35	9	19	34	1.85
22223849--22223932	26	3.4	25	83	8	100	27	21	21	29	1.98
22223849--22223946	26	4.0	23	84	6	79	26	22	21	29	1.99
22224141--22224203	31	2.0	31	87	6	92	38	14	23	23	1.92
22231814--22231880	20	3.3	20	93	0	116	38	10	19	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22231825--22231880	11	5.5	11	73	16	57	39	10	19	30	1.86
22231818--22231894	40	1.9	39	84	10	102	38	9	19	32	1.83
22231928--22231998	26	2.8	25	87	4	99	25	23	21	29	1.99
22250949--22251082	51	2.7	49	79	5	144	30	23	20	25	1.99
22258199--22258387	50	3.8	49	76	8	166	30	26	17	25	1.97
22272787--22272877	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
22272917--22273116	48	4.2	48	95	0	355	32	29	6	32	1.83
22273109--22273437	47	6.8	49	92	4	451	29	28	8	34	1.87
22273108--22273439	96	3.4	98	90	4	502	29	28	8	34	1.86
22273108--22273440	49	7.0	47	94	2	540	29	28	8	34	1.86
22273108--22273439	145	2.3	143	97	1	619	29	28	8	34	1.86
22277072--22277490	40	10.6	40	88	4	521	26	28	20	24	1.99
22277072--22277373	79	3.8	80	96	1	556	26	27	20	24	1.99
22277072--22277490	119	3.5	119	85	5	510	26	28	20	24	1.99
22279395--22279485	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
22279525--22279724	48	4.2	48	94	0	346	31	29	7	32	1.84
22279716--22279998	47	6.0	47	92	4	478	28	28	8	34	1.86
22279717--22279997	144	2.0	139	97	2	400	29	28	8	34	1.87
22284696--22284757	31	2.0	31	93	0	106	40	14	30	14	1.86
22288761--22288875	29	4.0	29	89	4	108	26	22	14	36	1.93
22288773--22288875	29	3.5	29	96	2	188	24	24	14	36	1.93
22288772--22288905	59	2.2	60	89	1	207	25	25	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22308190--22308228	14	2.8	14	100	0	78	48	15	0	35	1.45
22310597--22310665	35	2.0	35	100	0	138	31	17	11	39	1.85
22310802--22310841	6	6.5	6	82	5	53	77	0	5	17	0.94
22317481--22317576	48	2.0	48	85	4	131	33	9	27	30	1.88
22317706--22317786	37	2.2	37	93	0	135	20	22	32	24	1.98
22322897--22323142	45	5.6	45	75	9	179	25	18	26	29	1.98
22327480--22327819	47	7.1	47	93	2	572	34	8	28	28	1.86
22327490--22327819	96	3.5	96	97	0	601	34	8	28	28	1.86
22327811--22327914	48	2.2	48	94	0	181	32	6	28	31	1.83
22327954--22328043	37	2.4	36	92	5	153	23	17	33	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770