genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.748.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  748  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237055636--237055685	24	2.0	25	85	11	68	30	34	8	28	1.86
237055806--237055989	43	4.2	43	91	5	287	32	31	22	14	1.93
237055806--237055989	90	2.1	86	90	4	287	32	31	22	14	1.93
237055993--237056121	40	3.2	40	90	1	143	23	24	24	27	2.00
237056025--237056215	39	4.8	40	90	5	237	24	25	24	25	2.00
237058144--237058545	46	8.7	47	88	7	581	29	30	7	32	1.84
237058144--237058545	95	4.3	94	89	7	585	29	30	7	32	1.84
237070015--237070353	24	14.1	24	97	0	597	20	18	25	35	1.95
237078098--237078430	24	13.9	24	98	0	594	20	18	25	35	1.95
237081621--237081752	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
237081591--237081752	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
237081621--237081752	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
237089587--237089718	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
237089557--237089718	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
237089587--237089718	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
237095971--237096195	43	5.5	42	84	8	256	26	28	21	23	1.99
237099330--237099438	26	4.2	26	95	1	184	33	4	24	36	1.76
237101047--237101159	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
237101045--237101159	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
237107371--237107453	26	3.2	25	93	5	139	34	4	24	36	1.77
237109067--237109179	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
237109065--237109179	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237110140--237110170	16	2.0	16	93	6	55	58	12	3	25	1.50
237115400--237115481	25	3.2	25	93	5	130	35	3	24	36	1.73
237118640--237118769	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
237118656--237118807	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
237118656--237118805	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
237132128--237132161	15	2.2	16	89	5	52	26	0	8	64	1.22
237137229--237137392	29	5.7	29	97	0	292	24	32	16	26	1.96
237137566--237137809	40	6.1	40	93	0	337	25	25	20	28	1.99
237137566--237137809	119	2.0	120	86	0	337	25	25	20	28	1.99
237139626--237139716	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
237139812--237140017	49	4.4	49	86	10	313	28	32	9	29	1.89
237139833--237140012	89	2.0	89	95	0	324	28	32	9	29	1.88
237143439--237143587	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
237143480--237143587	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
237151553--237151701	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
237151594--237151701	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
237154477--237154599	38	3.5	32	81	16	122	21	22	17	38	1.93
237154477--237154582	38	2.8	38	91	4	171	22	21	15	40	1.90
237154791--237154903	23	4.8	24	85	10	135	27	24	22	25	2.00
237154791--237154908	47	2.5	48	86	9	154	26	23	21	28	1.99
237154958--237155017	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
237161219--237161385	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237161219--237161385	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
237162204--237162249	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
237169205--237169370	40	4.2	40	81	3	176	24	27	21	25	1.99
237169221--237169332	39	2.8	38	85	4	134	25	29	22	23	1.99
237169221--237169370	79	1.9	78	83	6	196	24	28	22	26	1.99
237170192--237170237	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
237172244--237172272	13	2.1	14	93	6	51	31	0	17	51	1.45
237173574--237173804	40	5.8	40	92	2	367	22	20	26	29	1.99
237173567--237173804	79	3.0	79	89	1	377	23	20	26	29	1.99
237173574--237173803	119	1.9	119	92	0	388	23	20	26	30	1.99
237178054--237178154	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
237178083--237178158	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
237185909--237186009	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
237185938--237186013	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
237187807--237187917	39	2.8	39	83	5	134	22	23	29	24	1.99
237192136--237192288	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
237200161--237200305	40	3.7	40	77	7	125	26	27	23	22	2.00
237202889--237203055	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
237210902--237210962	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
237215333--237215393	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
237221242--237221343	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
237228800--237228864	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237228970--237229058	26	3.2	28	81	10	112	17	24	24	32	1.97
237230138--237230170	11	3.1	11	86	4	50	30	9	9	51	1.64
237232720--237243835	532	20.9	539	96	2	20219	33	11	18	36	1.86
237251004--237251102	28	3.6	28	82	8	114	29	14	27	29	1.95
237251005--237251113	55	2.0	55	81	3	130	29	14	24	31	1.95
237253059--237253242	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
237253099--237253287	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
237260987--237261170	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
237261027--237261215	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
237265366--237265503	40	3.5	40	91	3	208	23	27	23	25	2.00
237265399--237265507	40	2.7	40	97	0	209	24	27	22	24	2.00
237273355--237273492	40	3.5	40	91	3	208	23	27	23	25	2.00
237273388--237273496	40	2.7	40	97	0	209	24	27	22	24	2.00
237282585--237282716	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
237290526--237290657	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
237296340--237296469	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
237300567--237300920	49	7.3	49	92	3	563	29	29	7	32	1.86
237304962--237305352	40	9.8	40	93	1	633	26	29	21	22	1.99
237304962--237305352	199	2.0	200	94	0	685	26	29	21	22	1.99
237306774--237307077	49	6.3	49	92	4	483	29	29	7	32	1.86
237306774--237307077	100	3.1	98	92	4	483	29	29	7	32	1.86
237306785--237307077	149	2.0	146	92	2	487	30	29	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237311124--237311472	40	8.8	40	92	1	551	26	29	21	22	1.99
237311124--237311472	119	2.9	119	92	0	565	26	29	21	22	1.99
237311124--237311472	159	2.2	159	93	0	592	26	29	21	22	1.99
237312896--237313151	49	5.3	49	98	0	480	30	28	7	32	1.85
237319658--237319826	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
237327663--237327831	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
237333462--237333540	29	2.7	29	98	0	149	26	31	15	26	1.95
237336787--237336889	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
237342743--237342815	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
237350675--237350747	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
237364308--237364475	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
237367812--237367999	3	63.7	3	74	4	132	29	7	2	60	1.37
237367862--237367995	51	2.6	51	90	1	198	29	9	2	58	1.42
237382541--237382720	32	5.6	32	87	0	243	30	21	14	33	1.93
237389622--237389749	26	5.2	26	81	14	173	34	6	23	35	1.80
237389659--237389720	20	2.9	20	81	16	63	33	8	22	35	1.84
237389633--237389724	44	2.0	46	91	6	152	34	7	21	35	1.82
237391506--237391790	136	2.1	136	94	1	500	24	18	24	32	1.97
237393024--237393072	10	4.6	11	74	25	52	10	28	48	12	1.73
237393027--237393068	20	2.0	21	95	4	77	9	28	47	14	1.75
237397946--237398080	26	5.2	26	93	1	227	35	5	22	37	1.76
237397946--237398080	51	2.6	52	90	2	227	35	5	22	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237399562--237399614	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
237399862--237400146	135	2.1	136	95	1	509	24	18	24	32	1.97
237412484--237412522	8	4.9	8	87	0	60	41	23	25	10	1.86
237414652--237414802	77	1.9	78	91	1	250	24	21	30	23	1.99
237414651--237414802	39	3.9	39	91	2	234	24	21	30	23	1.99
237414652--237414833	39	4.6	39	86	2	213	24	22	30	23	1.99
237414658--237414857	77	2.6	77	83	4	195	24	22	30	23	1.99
237422596--237422746	38	3.9	39	88	3	225	24	19	31	23	1.98
237422597--237422776	77	2.3	78	86	3	238	24	21	31	23	1.98
237422597--237422776	38	4.6	38	84	3	200	24	21	31	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770