genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  224  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67019704--67019737	11	2.9	11	91	8	50	85	0	11	2	0.71
67019772--67019813	21	2.0	22	90	4	68	73	0	26	0	0.83
67021831--67022156	46	7.0	46	85	4	402	40	14	23	21	1.90
67021883--67021954	21	3.2	21	66	27	58	36	11	26	26	1.90
67021846--67022201	92	3.8	93	88	3	425	41	14	23	20	1.89
67022908--67022971	31	2.1	31	87	0	92	25	25	15	34	1.95
67023162--67023304	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
67023162--67023303	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
67023161--67023304	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
67023354--67023414	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
67023456--67023503	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
67024740--67025185	27	16.6	27	85	4	517	41	8	21	28	1.83
67028309--67028351	22	2.0	22	85	0	59	34	25	27	11	1.91
67028587--67028661	27	2.8	25	72	9	60	25	18	20	36	1.95
67028655--67028711	27	2.1	27	90	3	89	35	10	21	33	1.87
67028926--67028963	19	2.0	19	90	10	60	23	44	21	10	1.83
67040530--67040680	76	2.0	75	97	1	284	21	32	20	25	1.98
67042659--67042742	27	3.1	27	78	10	82	26	15	20	38	1.92
67042994--67043041	19	2.5	19	86	10	62	25	43	20	10	1.83
67043914--67043951	19	2.0	19	100	0	76	31	36	10	21	1.87
67044233--67044398	37	4.7	36	77	12	148	20	10	27	42	1.84
67044246--67044374	68	1.9	67	82	7	163	20	10	26	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67044307--67044453	37	4.0	37	83	2	145	19	10	27	42	1.84
67045954--67046037	42	2.0	42	97	0	159	34	14	17	33	1.90
67048994--67049027	13	2.5	13	85	4	50	55	20	14	8	1.65
67063359--67063459	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
67065953--67065995	21	2.0	21	100	0	86	23	27	11	37	1.89
67068439--67068568	40	3.2	40	82	4	165	22	23	29	24	1.99
67084402--67084462	30	2.0	30	83	0	77	31	24	3	40	1.71
67090684--67090715	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
67093368--67093406	21	2.0	20	90	10	62	10	20	30	38	1.86
67101152--67101195	23	1.9	23	85	0	61	59	6	2	31	1.36
67103418--67103479	17	3.7	16	72	10	61	32	1	20	45	1.61
67103389--67103479	34	2.5	36	89	8	132	30	2	21	45	1.64
67105206--67105378	46	3.7	46	77	13	201	21	20	29	28	1.98
67105200--67105371	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
67111078--67111163	28	3.1	28	86	0	118	40	10	18	30	1.84
67111139--67111256	27	4.3	27	75	7	87	38	11	19	29	1.87
67111150--67111253	54	1.9	54	82	0	127	40	10	20	28	1.85
67111177--67111258	27	3.0	27	80	7	94	42	13	17	26	1.86
67121548--67121702	68	2.2	68	78	12	156	20	27	16	34	1.95
67123443--67123610	44	3.7	45	76	12	157	24	29	17	28	1.98
67125782--67125965	40	4.6	40	90	3	273	26	28	23	21	1.99
67138962--67139102	40	3.5	39	78	5	131	23	27	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67142134--67142210	25	3.1	25	90	1	111	25	19	23	31	1.98
67143019--67143074	27	2.1	26	83	3	67	23	23	21	32	1.98
67143007--67143082	26	2.9	27	78	7	77	23	22	19	34	1.97
67143113--67143321	27	7.7	27	75	8	131	32	9	19	38	1.84
67143359--67143445	27	3.2	27	86	3	122	42	6	21	28	1.79
67149899--67149940	20	2.2	20	87	8	61	28	7	7	57	1.52
67150254--67150329	37	2.1	37	97	2	145	64	2	7	25	1.34
67156680--67156887	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
67156681--67156887	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
67164688--67164895	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
67164689--67164895	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
67166327--67166491	23	7.0	24	91	4	257	28	21	21	27	1.99
67166348--67166490	47	3.1	47	95	1	261	29	20	21	27	1.98
67166549--67166605	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
67166537--67166607	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
67166542--67166596	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
67166644--67166691	25	1.9	25	91	0	78	25	14	27	33	1.94
67173346--67173448	29	3.6	29	78	2	100	20	17	33	28	1.95
67179032--67179162	29	4.6	29	79	3	122	24	32	17	25	1.97
67179090--67179160	28	2.5	28	90	2	115	25	29	15	29	1.96
67187219--67187319	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
67189973--67190019	21	2.2	21	100	0	94	25	21	36	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67193531--67193588	30	1.9	31	85	3	82	36	10	24	29	1.88
67194128--67194212	44	1.9	44	87	0	125	37	12	23	25	1.91
67194351--67194472	47	2.6	47	90	0	199	36	15	23	24	1.94
67195994--67196046	4	13.0	4	78	9	54	28	0	0	71	0.86
67195994--67196042	17	2.7	18	87	9	64	28	0	0	71	0.86
67195996--67196048	21	2.6	21	85	5	74	26	0	0	73	0.83
67195994--67196050	24	2.4	24	85	5	71	26	0	0	73	0.83
67206075--67206177	28	3.5	30	80	11	113	28	26	15	30	1.96
67210090--67210437	46	7.6	46	87	3	452	20	23	13	43	1.86
67210090--67210427	138	2.4	138	90	1	509	19	23	13	43	1.87
67210318--67210390	21	3.3	21	64	14	56	24	28	9	36	1.87
67212230--67212359	40	3.3	39	82	4	154	23	26	27	23	2.00
67220272--67220397	40	3.2	40	86	6	159	23	26	28	22	1.99
67228293--67228422	40	3.3	39	82	4	154	23	26	27	23	2.00
67231617--67231650	13	2.6	13	100	0	68	50	5	0	44	1.26
67231599--67231660	11	5.2	12	81	14	51	58	6	0	35	1.24
67231627--67231701	31	2.4	32	70	18	77	52	4	0	44	1.20
67234025--67234213	47	4.0	47	90	2	281	27	31	8	32	1.87
67242734--67242888	54	2.9	53	77	13	149	38	16	23	21	1.92
67244369--67244566	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
67244435--67244552	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
67244403--67244566	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67251468--67251665	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
67251534--67251651	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
67251502--67251665	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
67258617--67258738	47	2.6	47	93	0	199	36	13	23	26	1.93
67258717--67258913	55	3.6	54	83	7	238	36	17	24	21	1.95
67259164--67259192	12	2.3	13	94	5	51	37	6	31	24	1.82
67261877--67261934	30	1.9	30	85	0	80	37	6	25	29	1.82
67266065--67266106	14	2.7	16	78	17	52	0	28	2	69	1.01
67282073--67282119	21	2.2	21	88	0	67	21	25	23	29	1.99
67282248--67282358	34	3.3	34	89	0	168	27	18	23	30	1.98
67286177--67286383	53	3.8	53	78	3	225	36	16	25	21	1.94
67292387--67292497	24	4.6	24	89	3	143	37	22	15	24	1.93
67292365--67292500	24	5.7	24	83	8	127	36	21	15	27	1.93
67300186--67300296	24	4.6	24	92	3	161	36	23	16	23	1.94
67306827--67306999	46	3.7	46	76	11	183	23	19	26	31	1.98
67306824--67306994	93	1.8	93	93	2	299	22	19	27	30	1.98
67307178--67307215	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
67314017--67314053	20	1.9	19	89	10	58	21	24	45	8	1.78
67318186--67318243	30	1.9	30	89	0	89	20	32	27	18	1.97
67328701--67328836	55	2.5	55	79	2	148	28	30	25	15	1.96
67351445--67351595	38	3.9	39	88	4	225	23	30	21	24	1.99
67351445--67351594	76	1.9	78	93	2	259	24	30	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67354057--67354105	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
67354926--67355092	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
67362063--67362111	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
67362933--67363099	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
67364470--67364496	10	2.7	10	100	0	54	85	7	7	0	0.75
67365565--67365620	30	1.9	28	85	7	76	53	3	30	12	1.55
67374864--67375007	39	3.7	39	87	0	216	25	20	30	22	1.98
67374865--67375021	78	2.0	79	91	1	253	24	20	30	24	1.98
67382884--67382931	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
67384069--67384130	30	2.1	30	100	0	124	37	24	3	35	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770