genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  248  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74240164--74240242	33	2.3	35	77	12	85	29	22	18	29	1.98
74241859--74241930	24	3.0	24	83	2	90	23	33	4	38	1.74
74252950--74253116	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
74252966--74253116	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
74255642--74255846	80	2.6	80	82	3	234	25	25	23	25	2.00
74255642--74255847	40	5.2	40	80	5	202	25	25	23	25	2.00
74257279--74257410	29	4.5	29	97	1	237	24	23	14	37	1.92
74257279--74257410	59	2.3	59	95	1	239	24	23	14	37	1.92
74265124--74265255	29	4.5	29	97	1	237	24	23	14	37	1.92
74265124--74265255	59	2.3	59	95	1	239	24	23	14	37	1.92
74270232--74270345	47	2.4	47	97	0	210	21	16	31	30	1.95
74273342--74273388	24	1.9	25	82	4	60	19	10	23	46	1.80
74284788--74284874	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
74284788--74284896	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
74284788--74284896	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
74292668--74292754	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
74292668--74292776	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
74292668--74292776	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
74295315--74295469	47	3.3	47	88	0	213	27	32	8	31	1.86
74299690--74299795	48	2.2	48	96	0	194	36	6	7	49	1.58
74299980--74300152	46	3.7	46	74	13	183	20	17	30	31	1.96
74299973--74300145	93	1.9	93	93	0	301	20	19	30	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74302433--74302721	145	2.0	145	95	1	517	33	26	15	24	1.95
74307585--74307633	18	2.8	17	84	9	71	55	24	2	18	1.53
74322062--74322190	48	2.7	47	85	1	168	26	18	26	28	1.98
74325168--74325205	20	2.0	20	94	5	69	71	0	28	0	0.87
74332026--74332101	29	2.6	29	78	0	80	25	35	18	21	1.95
74332085--74332215	29	4.5	29	91	0	217	26	29	13	29	1.94
74332085--74332215	58	2.3	58	98	0	253	26	29	13	29	1.94
74346371--74346406	16	2.2	16	90	9	56	75	0	25	0	0.81
74347656--74348410	251	3.0	251	97	1	1464	34	10	20	34	1.86
74348628--74348709	42	2.0	42	97	0	155	15	36	28	19	1.93
74349742--74349837	25	4.1	25	71	22	100	47	21	0	30	1.51
74350877--74350909	14	2.3	15	89	5	50	72	0	0	27	0.85
74351892--74351943	22	2.5	20	85	11	77	23	11	15	50	1.76
74354382--74354412	13	2.3	14	94	5	55	29	12	6	51	1.65
74354739--74354836	40	2.5	40	88	6	139	34	18	21	25	1.96
74354739--74354878	40	3.5	40	83	5	135	35	19	20	25	1.96
74355140--74355178	7	5.6	7	100	0	78	12	0	43	43	1.42
74355771--74355812	15	2.9	15	85	3	50	42	40	0	16	1.48
74356389--74356486	8	11.9	8	74	14	74	69	3	0	27	1.03
74356414--74356472	30	2.0	30	100	0	118	77	0	0	22	0.76
74356416--74356486	22	3.1	23	89	4	99	73	1	0	25	0.92
74358026--74358070	22	2.0	22	95	0	81	22	0	20	57	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74359126--74359275	74	2.0	74	97	0	282	26	16	16	40	1.89
74360859--74361083	86	2.6	86	85	0	281	26	18	28	27	1.98
74360859--74361083	43	5.3	43	86	0	254	26	18	28	27	1.98
74362370--74362395	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
74363856--74363957	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
74365641--74365767	44	2.9	43	80	6	148	30	27	16	25	1.97
74373334--74373373	21	1.9	21	89	0	62	22	2	5	70	1.19
74379905--74379990	43	2.0	43	84	8	113	24	17	29	29	1.97
74381422--74381448	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
74385147--74385290	72	2.0	72	95	0	261	39	23	17	19	1.92
74388791--74389016	47	4.8	47	93	0	389	33	9	29	28	1.88
74388791--74389272	94	5.3	94	76	16	501	32	8	29	28	1.87
74388987--74389049	32	2.0	31	90	6	101	31	12	26	28	1.93
74388944--74389095	79	1.9	79	95	0	277	32	10	26	29	1.90
74388850--74389190	173	2.0	173	95	0	619	33	9	28	29	1.88
74389023--74389272	47	5.3	47	93	0	401	32	8	30	29	1.87
74388803--74389237	220	2.0	220	93	0	753	32	9	29	28	1.88
74390699--74390943	40	6.1	40	92	0	382	24	19	28	26	1.99
74393359--74393428	27	2.5	28	90	2	106	30	30	14	25	1.95
74395760--74395936	46	3.8	46	78	10	207	20	20	29	29	1.97
74395756--74395928	93	1.9	93	93	0	301	20	20	30	28	1.98
74398883--74398962	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74398874--74398961	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
74401317--74401458	39	3.6	39	80	8	119	27	22	26	23	1.99
74401353--74401481	39	3.3	38	81	7	152	24	21	27	27	1.99
74403636--74403734	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
74419888--74419949	30	2.1	30	93	0	106	25	16	22	35	1.94
74423522--74423733	43	5.0	43	82	6	195	23	30	20	25	1.98
74423563--74423733	43	4.0	43	88	1	245	22	30	21	25	1.98
74424193--74424220	12	2.3	12	100	0	56	35	17	14	32	1.90
74424517--74424651	70	1.9	70	92	0	225	37	18	13	31	1.89
74431403--74431464	30	2.1	30	90	6	99	27	16	19	37	1.93
74433896--74433932	18	2.1	19	90	10	60	35	27	8	29	1.85
74434371--74434461	45	2.0	45	97	0	173	50	12	2	35	1.52
74437343--74437379	19	2.0	18	89	5	56	35	21	5	37	1.77
74440300--74440370	36	2.0	36	91	0	115	25	11	21	42	1.86
74445292--74445350	27	2.2	27	100	0	118	32	22	6	38	1.80
74473177--74473367	40	4.8	40	76	6	165	23	26	24	26	2.00
74473216--74473367	79	1.9	80	82	6	193	23	26	23	26	2.00
74485143--74485312	44	3.9	44	81	10	195	30	14	18	36	1.91
74486411--74486446	18	2.0	18	94	0	63	30	2	11	55	1.49
74491204--74491375	93	1.8	93	94	0	308	27	29	22	20	1.98
74491196--74491371	46	3.8	46	81	10	223	28	28	21	21	1.98
74495654--74495749	26	3.7	26	73	8	86	42	21	8	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74495742--74495928	27	7.0	27	87	3	243	33	20	21	24	1.97
74495708--74495902	81	2.4	81	85	2	250	35	20	18	25	1.95
74496309--74496366	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
74496321--74496406	6	14.0	6	74	13	68	19	17	15	47	1.82
74496306--74496406	31	3.3	31	92	0	166	18	16	14	49	1.80
74506051--74506202	43	3.6	43	76	7	116	33	23	17	25	1.96
74507207--74507246	20	1.9	22	85	10	57	37	25	7	30	1.83
74514398--74514561	42	3.9	42	85	3	213	28	25	15	30	1.96
74514398--74514561	85	1.9	84	86	1	229	28	25	15	30	1.96
74517403--74517451	23	2.1	23	96	0	89	46	12	18	22	1.82
74518811--74519017	53	3.8	53	75	5	191	38	18	23	20	1.94
74524810--74524924	29	4.0	29	80	10	121	28	28	14	27	1.95
74524810--74524911	29	3.6	28	85	9	127	28	29	15	26	1.96
74525139--74525181	8	5.4	8	82	0	59	16	23	23	37	1.94
74525141--74525181	16	2.6	16	96	0	73	17	24	19	39	1.92
74529451--74529605	79	2.0	80	87	3	224	23	28	21	26	1.99
74529451--74529605	40	3.9	40	88	5	224	23	28	21	26	1.99
74531339--74531410	29	2.5	29	90	0	108	26	33	16	23	1.96
74531634--74531677	8	5.5	8	88	0	70	11	20	22	45	1.83
74535648--74535854	53	3.8	53	78	3	198	38	17	24	20	1.93
74540516--74540674	29	5.5	29	80	5	162	26	30	16	25	1.97
74540514--74540674	57	2.8	58	80	4	175	26	31	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74540582--74540693	57	2.0	57	83	3	145	27	29	15	27	1.96
74548574--74548733	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
74553427--74553525	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
74561441--74561539	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
74566952--74567014	30	2.1	30	86	13	87	20	4	17	57	1.58
74567853--74567915	27	2.3	27	88	0	90	33	20	23	22	1.97
74572403--74572565	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
74578367--74578608	39	5.9	39	82	12	297	23	21	33	21	1.98
74578368--74578608	78	2.9	78	83	14	331	24	21	32	21	1.98
74578464--74578562	51	2.0	50	93	2	171	27	22	32	18	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770