genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.141.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  141  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41510018--41510168	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
41510055--41510184	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
41512747--41512838	28	3.3	28	92	0	139	19	15	36	28	1.92
41513161--41513413	27	9.4	27	77	6	228	39	22	9	29	1.84
41513161--41513412	54	4.7	54	79	4	251	39	22	9	28	1.84
41513164--41513442	27	10.4	27	78	3	134	38	21	10	29	1.87
41513392--41513456	27	2.4	28	87	5	89	38	16	16	27	1.91
41514272--41514453	40	4.6	40	80	5	174	26	24	26	22	2.00
41521088--41521205	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
41521056--41521219	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
41528171--41528288	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
41528139--41528302	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
41532174--41532358	40	4.6	40	81	5	180	26	24	26	22	2.00
41539549--41539746	27	7.3	27	81	7	242	18	25	22	33	1.97
41539546--41539746	54	3.7	54	95	1	350	18	25	22	33	1.97
41542686--41542792	42	2.5	42	73	0	106	30	19	26	23	1.98
41542783--41542848	33	2.0	33	100	0	132	24	12	30	33	1.91
41551073--41551166	6	15.3	6	77	16	95	46	14	19	19	1.84
41551087--41551166	31	2.6	31	93	0	133	46	15	20	18	1.84
41552193--41552224	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
41552980--41553185	40	5.2	40	83	2	227	26	20	26	26	1.99
41555690--41555781	27	3.4	27	89	3	123	25	20	10	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41555813--41555935	27	4.6	27	89	2	158	39	21	8	30	1.84
41555780--41555909	54	2.4	54	83	2	154	39	20	10	29	1.87
41555813--41555990	27	6.6	27	83	2	139	39	21	8	29	1.83
41555972--41556046	27	2.8	26	74	8	78	37	22	8	32	1.83
41556028--41556249	27	8.2	27	82	3	250	35	18	20	26	1.95
41556028--41556250	81	2.8	81	84	4	288	34	18	20	26	1.96
41557805--41557974	93	1.8	92	96	1	313	27	30	21	20	1.98
41557797--41557976	45	3.9	46	81	10	233	27	30	21	21	1.98
41559430--41559505	6	12.3	6	73	15	66	19	18	14	47	1.83
41559430--41559505	31	2.5	31	91	0	116	19	18	14	47	1.83
41559493--41559526	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
41560412--41560580	27	6.3	27	88	0	221	25	20	18	35	1.95
41560416--41560583	81	2.1	80	91	3	273	25	20	17	36	1.94
41560411--41560607	54	3.6	54	84	1	225	26	18	18	36	1.94
41560425--41560607	81	2.3	79	85	8	251	27	18	18	35	1.94
41560565--41560904	54	6.3	54	78	4	202	33	9	21	35	1.86
41560575--41560731	81	1.9	81	84	0	206	38	8	21	31	1.84
41560602--41560731	27	4.8	27	89	0	197	38	8	23	30	1.84
41560720--41560904	27	6.9	27	82	6	160	31	10	21	37	1.87
41560565--41560770	81	2.5	79	74	4	205	34	8	21	34	1.85
41560742--41560814	26	2.8	26	85	6	94	31	12	20	35	1.90
41569874--41570038	43	3.9	42	72	10	138	21	19	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41571181--41571240	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
41574755--41574801	21	2.2	21	92	0	76	55	0	25	19	1.43
41584650--41584821	46	3.7	45	77	11	179	21	27	21	29	1.99
41584556--41584824	94	2.9	89	78	14	269	22	27	21	28	1.99
41587135--41587351	40	5.5	40	91	3	316	24	23	27	24	2.00
41587131--41587351	119	1.9	119	87	5	331	25	22	27	24	2.00
41593136--41593321	39	4.7	40	88	5	281	24	23	26	24	2.00
41593136--41593354	79	2.8	79	88	4	311	26	23	26	24	2.00
41593136--41593354	39	5.6	40	86	6	279	26	23	26	24	2.00
41601288--41601424	29	4.7	29	79	8	127	27	29	14	28	1.95
41601289--41601423	60	2.3	58	82	5	155	27	30	14	27	1.95
41610759--41610939	77	2.3	81	83	8	230	27	28	19	24	1.99
41610740--41610941	40	5.1	40	85	7	236	26	27	20	25	1.99
41618931--41619115	40	4.7	40	86	6	252	25	27	22	24	2.00
41618933--41619115	79	2.3	80	86	4	255	25	26	22	25	2.00
41629229--41629360	29	4.6	29	82	0	147	26	15	33	24	1.95
41641572--41641761	30	6.5	30	86	6	255	26	25	14	33	1.95
41641571--41641761	89	2.2	87	86	7	271	26	26	14	32	1.95
41649545--41649706	30	5.5	30	89	2	238	24	25	15	33	1.95
41649545--41649706	59	2.7	60	88	5	224	24	25	15	33	1.95
41649545--41649708	89	1.8	89	92	0	274	25	26	15	33	1.95
41652041--41652224	40	4.5	40	75	6	183	26	13	25	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41652041--41652224	41	4.5	40	74	13	155	26	13	25	34	1.93
41652041--41652229	81	2.3	80	82	7	220	27	13	24	34	1.93
41657255--41657383	27	4.9	28	79	14	130	16	24	22	36	1.94
41658439--41658472	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
41665106--41665211	27	3.9	27	81	7	108	16	22	22	37	1.94
41665123--41665212	27	3.3	27	82	10	112	15	22	21	41	1.90
41672641--41672741	41	2.5	41	85	7	127	30	12	24	31	1.93
41672648--41672768	41	3.0	41	78	10	115	30	12	25	31	1.92
41675115--41675171	30	1.9	29	89	3	87	68	5	8	17	1.35
41677959--41678056	29	3.4	28	84	1	115	26	18	27	27	1.98
41685366--41685552	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
41685389--41685552	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
41685389--41685586	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
41692030--41692216	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
41692053--41692216	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
41692053--41692250	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
41694765--41694816	16	3.3	16	83	2	61	50	15	19	15	1.79
41696388--41696595	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
41696388--41696594	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
41698281--41698376	29	3.3	29	80	1	95	27	18	27	27	1.98
41700006--41700272	46	5.6	48	73	13	191	26	19	29	24	1.98
41700048--41700273	47	4.8	48	74	13	177	26	19	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41706687--41706945	46	5.5	46	73	14	151	31	16	28	22	1.96
41709986--41710175	39	4.9	39	87	5	215	18	22	31	27	1.97
41725104--41725242	69	2.0	69	95	0	251	25	12	24	38	1.90
41729754--41729804	25	2.0	25	100	0	102	35	19	7	37	1.81
41736118--41736278	29	5.6	29	88	1	207	25	16	32	26	1.96
41745507--41745541	14	2.5	14	90	0	52	0	14	0	85	0.59
41755963--41756123	29	5.6	29	87	1	198	24	16	32	26	1.96
41766784--41766969	80	2.3	80	86	3	241	27	22	26	24	2.00
41766824--41766975	40	3.8	40	82	3	171	26	22	26	23	2.00
41766822--41767005	80	2.3	80	82	3	210	26	22	27	24	2.00
41766821--41767005	40	4.7	38	77	9	156	25	22	27	24	2.00
41774877--41775062	80	2.3	80	85	3	232	27	21	26	24	1.99
41774917--41775068	40	3.8	40	81	3	162	26	21	26	24	1.99
41774915--41775098	80	2.3	80	81	3	201	26	21	27	25	2.00
41774914--41775098	40	4.7	38	76	9	147	25	21	27	25	2.00
41781056--41781140	24	3.6	24	90	6	147	36	24	16	22	1.94
41788572--41788612	17	2.4	17	79	0	55	14	4	2	78	1.03
41793249--41793461	41	5.1	41	87	1	291	21	19	24	35	1.96
41797082--41797119	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
41797344--41797515	46	3.7	46	78	11	190	29	26	20	22	1.99
41797349--41797518	93	1.8	92	91	1	277	28	27	21	22	1.99
41797393--41797534	46	3.1	45	74	18	132	28	28	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41797935--41797989	28	2.0	28	85	0	74	32	23	5	38	1.78
41799390--41799516	47	2.7	47	86	0	182	34	28	14	22	1.93
41804665--41804708	22	2.0	22	100	0	88	36	9	13	40	1.76
41807154--41807268	37	3.1	37	92	5	205	24	29	18	27	1.98
41807404--41807689	48	6.0	48	95	1	502	30	27	6	34	1.83
41811468--41811590	45	2.7	45	80	5	158	36	26	15	21	1.93
41814548--41814650	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
41816190--41816353	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
41816190--41816387	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
41822670--41822833	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770