Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  449  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
138193831--138193879
16
3.1
16
85
11
66
36
14
18
30
1.90
138193932--138194075
24
6.0
24
93
2
227
29
21
21
27
1.99
138195047--138195225
50
3.6
49
79
6
171
30
26
17
25
1.97
138208114--138208286
46
3.7
46
77
13
201
22
21
27
28
1.99
138208111--138208281
93
1.8
93
94
0
306
22
21
28
28
1.99
138215673--138215844
46
3.8
45
80
11
215
21
21
27
29
1.99
138215670--138215839
92
1.8
92
96
0
313
21
21
28
28
1.99
138220471--138220650
40
4.4
40
92
4
274
24
22
28
24
1.99
138224306--138224515
40
5.2
40
88
2
305
21
28
24
25
1.99
138232454--138232699
40
6.2
40
89
3
349
21
28
23
25
1.99
138235372--138235433
26
2.4
26
94
0
106
33
12
9
43
1.76
138237775--138237844
27
2.6
27
93
2
122
31
27
11
30
1.91
138241709--138241750
13
3.5
13
75
18
54
38
0
11
50
1.40
138241699--138241750
23
2.3
23
96
0
95
36
0
11
51
1.38
138246065--138246098
4
8.5
4
93
0
50
73
5
0
20
1.04
138247037--138247092
13
4.5
13
80
13
73
39
0
12
48
1.41
138249266--138249378
43
2.7
43
86
4
140
26
15
25
31
1.96
138254896--138254960
32
2.0
32
84
0
85
20
15
24
40
1.91
138258573--138258611
17
2.3
17
86
8
53
30
10
17
41
1.83
138260266--138260382
57
2.1
57
100
0
234
31
37
13
17
1.88
138262921--138262958
15
2.6
14
81
18
51
39
0
5
55
1.23
138267135--138267160
12
2.2
12
100
0
52
19
15
15
50
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
138267243--138267392
41
3.7
41
83
1
212
29
27
22
21
1.99
138281031--138281131
28
3.5
28
86
6
114
29
13
26
29
1.94
138288985--138289085
28
3.5
28
86
6
114
29
13
26
29
1.94
138295883--138296050
40
4.2
40
80
3
196
25
22
27
25
2.00
138303603--138303769
40
4.2
40
79
4
178
25
22
26
25
2.00
138305139--138305291
40
3.9
39
83
4
191
24
20
28
27
1.99
138305139--138305291
78
1.9
79
85
1
209
24
20
28
27
1.99
138313141--138313348
40
5.2
40
90
1
303
23
21
28
26
1.99
138317200--138317298
28
3.5
28
87
4
119
27
15
27
30
1.96
138325199--138325297
28
3.5
28
87
4
119
27
15
27
30
1.96
138333168--138333266
28
3.5
28
87
4
119
27
15
27
30
1.96
138339079--138339229
40
3.8
39
81
4
153
24
28
23
23
2.00
138344083--138344144
26
2.3
27
83
10
83
37
29
8
25
1.85
138344249--138344360
28
4.0
28
84
1
145
25
23
16
34
1.95
138359498--138359537
20
2.0
20
85
0
53
40
17
12
30
1.86
138369540--138369624
42
2.0
42
95
0
152
32
10
20
36
1.87
138369605--138369644
18
2.2
18
100
0
80
40
15
17
27
1.89
138369547--138369638
42
2.2
42
86
0
121
32
10
20
35
1.88
138370659--138370683
13
1.9
13
100
0
50
24
28
48
0
1.52
138370758--138370810
20
2.7
20
96
0
97
20
33
30
15
1.93
138371974--138372097
47
2.7
43
78
12
131
29
18
29
23
1.98
138378856--138378937
26
3.2
26
96
0
146
29
7
26
36
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
138381718--138381925
40
5.2
40
84
0
218
25
22
26
25
2.00
138381720--138381925
80
2.6
80
84
1
243
25
22
26
25
2.00
138389624--138389831
40
5.2
40
84
0
218
25
22
25
25
2.00
138389625--138389831
80
2.6
80
83
4
247
25
22
26
25
2.00
138393558--138393760
76
2.6
77
86
6
277
28
28
20
23
1.99
138393562--138393760
40
5.1
40
87
6
266
28
29
20
22
1.98
138401657--138401841
40
4.7
40
85
5
234
25
27
22
23
2.00
138401637--138401830
77
2.5
78
85
6
266
28
26
21
23
1.99
138406641--138406672
12
2.6
13
90
9
50
18
6
25
50
1.70
138408601--138408663
27
2.3
27
86
0
90
39
22
17
20
1.92
138408725--138408771
23
2.0
23
84
15
62
25
12
19
42
1.86
138409036--138409091
18
3.1
18
82
10
78
21
21
19
37
1.94
138410244--138410304
29
2.2
27
80
11
77
26
22
27
22
1.99
138414187--138414456
28
9.7
27
70
9
184
27
30
13
28
1.94
138414187--138414457
56
4.8
56
75
8
239
27
29
13
28
1.94
138414187--138414457
84
3.2
84
85
1
373
27
29
13
28
1.94
138418441--138418698
40
6.5
40
89
2
351
23
23
27
25
2.00
138426397--138426437
2
20.5
2
100
0
82
0
51
0
48
1.00
138427085--138427138
25
2.2
25
83
12
67
64
0
1
33
1.04
138427303--138427352
21
2.3
21
80
13
57
62
2
4
32
1.25
138433451--138433477
13
2.1
13
100
0
54
37
7
7
48
1.59
138441726--138441944
40
5.4
40
83
2
242
26
22
25
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
138441726--138441944
120
1.8
121
84
3
298
26
22
25
25
2.00
138445501--138445698
71
2.8
70
87
5
267
32
17
28
21
1.96
138445535--138445698
71
2.3
71
96
0
301
34
17
28
19
1.95
138452613--138452773
29
5.6
29
82
2
182
24
16
32
25
1.96
138453116--138453150
16
2.1
17
94
5
63
28
5
20
45
1.73
138464449--138464512
28
2.3
29
78
13
71
40
3
1
54
1.25
138472100--138472169
27
2.6
27
93
2
113
30
28
14
27
1.95
138480070--138480139
27
2.6
27
93
2
113
30
28
14
27
1.95
138488997--138489037
21
2.0
21
85
4
57
46
0
2
51
1.14
138491193--138491416
47
4.8
46
74
16
180
27
17
28
26
1.98
138491193--138491405
92
2.3
94
83
8
249
28
17
28
25
1.98
138492407--138492472
28
2.4
28
94
0
114
16
18
45
19
1.86
138494314--138494507
40
4.9
40
90
5
306
24
21
28
26
1.99
138494314--138494497
76
2.4
79
92
3
302
25
21
27
25
1.99
138494315--138494525
116
1.8
116
86
0
305
25
21
27
25
2.00
138502252--138502403
38
3.9
39
93
4
254
22
19
30
28
1.98
138502265--138502429
78
2.1
78
84
4
208
22
21
29
27
1.99
138506151--138506299
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
138506192--138506299
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
138514258--138514406
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
138514299--138514406
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
138516122--138516326
40
5.1
40
94
1
306
22
22
28
25
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
138521228--138521297
27
2.6
27
97
2
131
31
27
12
28
1.93
138523728--138523795
34
2.0
34
100
0
136
38
8
23
29
1.85
138533453--138533704
39
6.5
40
87
8
328
26
28
22
23
1.99
138533453--138533704
79
3.2
79
87
8
324
26
28
22
23
1.99
138533453--138533704
118
2.2
117
84
9
329
26
28
22
23
1.99
138541587--138541842
40
6.5
40
91
4
371
26
28
22
22
1.99
138544605--138544663
29
2.0
31
80
12
70
40
0
16
42
1.49
138551413--138551513
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
138554949--138555115
40
4.2
40
79
6
169
25
21
27
25
1.99
138566668--138566834
40
4.2
40
82
2
185
25
27
21
25
1.99
138566668--138566834
80
2.1
79
83
7
205
25
27
21
25
1.99
138567659--138567704
17
2.5
19
74
22
53
34
23
17
23
1.96
138568644--138568673
14
2.1
15
93
6
53
20
10
13
56
1.65
138571906--138572114
40
5.2
40
87
2
242
26
22
25
25
2.00
138571896--138572114
80
2.7
80
86
0
285
26
22
26
25
2.00
138571896--138572114
120
1.8
121
87
3
325
26
22
26
25
2.00
138573480--138573580
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
138578528--138578690
70
2.3
71
97
1
310
19
28
18
34
1.95
138578528--138578724
70
2.8
70
90
4
249
20
28
17
32
1.96
138585861--138586070
40
5.3
40
85
4
228
27
22
25
24
2.00
138585854--138586070
80
2.7
80
84
2
258
26
23
26
24
2.00
138593775--138593800
13
2.0
13
100
0
52
15
30
38
15
1.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
138594156--138594187
14
2.4
13
90
10
55
18
6
12
62
1.50
138594922--138594967
21
2.3
20
78
14
51
45
17
6
30
1.73
138595195--138595240
20
2.5
19
86
10
60
63
0
32
4
1.14
138595195--138595241
19
2.6
18
83
12
60
61
0
34
4
1.15
138600278--138600453
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
138600274--138600445
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
138603370--138603438
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
138603361--138603448
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
138605832--138606007
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
138605828--138605999
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770