genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.764.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  764  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242620466--242620679	79	2.8	79	87	6	280	26	27	23	22	2.00
242624237--242624346	39	2.8	40	81	10	129	23	23	28	24	2.00
242624341--242624379	12	3.2	12	92	7	69	15	15	30	38	1.88
242624339--242624379	13	3.2	13	93	6	75	17	14	29	39	1.89
242632230--242632396	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
242636210--242636310	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
242644150--242644250	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
242650228--242650259	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
242656994--242657120	40	3.2	40	85	4	168	21	25	29	23	1.99
242658639--242658668	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
242659627--242659688	31	2.0	30	96	3	115	43	14	9	32	1.78
242671558--242671709	39	3.9	39	88	2	216	24	30	20	25	1.99
242671553--242671708	78	2.0	79	92	2	262	25	30	19	25	1.98
242679406--242679548	39	3.7	39	90	2	234	22	30	20	26	1.99
242679366--242679547	77	2.3	79	89	2	269	23	29	22	24	1.99
242683938--242684003	29	2.2	30	89	5	98	31	16	28	22	1.96
242685426--242685484	30	2.0	30	100	0	118	16	20	33	28	1.95
242691798--242691863	29	2.2	30	94	2	116	30	15	27	27	1.96
242691912--242691986	36	2.1	36	100	0	150	29	16	29	25	1.96
242695481--242695668	30	6.5	30	84	9	237	26	26	14	32	1.95
242695480--242695668	85	2.2	86	85	9	251	25	26	14	32	1.95
242703444--242703633	30	6.5	30	86	6	255	26	25	14	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242703443--242703633	89	2.2	87	86	7	271	26	26	14	32	1.95
242706248--242706285	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
242707914--242707982	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
242714257--242714294	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
242715923--242715991	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
242720429--242720538	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
242722159--242722195	18	2.1	18	100	0	74	27	48	13	10	1.75
242725975--242726031	27	2.2	26	96	3	105	17	21	8	52	1.71
242726797--242726844	23	2.1	23	100	0	96	39	12	8	39	1.73
242728778--242728831	27	2.0	27	100	0	108	14	37	3	44	1.63
242731696--242731865	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
242739766--242739871	40	2.7	41	94	5	191	28	21	29	20	1.98
242745325--242745495	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
242753997--242754023	12	2.2	12	100	0	54	48	11	0	40	1.39
242755477--242755606	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
242755493--242755642	80	1.9	80	83	2	194	22	28	24	25	1.99
242763054--242763221	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
242763070--242763219	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
242766896--242767025	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
242780228--242780351	64	1.9	64	90	0	194	32	17	12	37	1.88
242780415--242780758	44	8.0	43	71	13	147	34	22	22	20	1.97
242780467--242780761	44	6.8	43	73	11	244	34	23	23	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242780435--242780859	86	4.9	89	82	9	475	35	21	23	19	1.96
242780646--242780802	44	3.7	42	78	7	156	36	23	22	17	1.95
242780435--242780853	174	2.4	172	84	6	519	35	21	23	19	1.96
242783088--242783223	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
242785007--242785293	137	2.1	137	98	0	547	24	19	24	32	1.98
242798677--242798750	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
242798734--242798808	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
242798677--242798808	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
242802949--242803154	40	5.1	40	77	7	114	23	25	24	26	2.00
242802975--242803154	40	4.5	40	79	4	184	23	25	24	26	2.00
242811046--242811196	40	3.8	40	78	6	162	25	27	22	25	2.00
242811046--242811195	80	1.9	80	83	5	196	24	27	22	25	2.00
242814414--242814588	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
242821887--242822062	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
242821884--242822055	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
242826361--242826434	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
242834407--242834509	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
242838553--242838643	47	1.9	47	93	4	157	31	28	17	21	1.96
242840364--242840436	35	2.1	35	97	0	137	39	17	5	36	1.73
242844382--242844548	58	2.9	58	94	2	286	28	29	19	22	1.98
242844389--242844545	29	5.5	29	70	14	112	29	28	20	22	1.98
242844714--242845047	43	7.8	43	88	10	472	32	34	23	10	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242844714--242845048	83	3.9	85	88	9	472	31	34	22	10	1.89
242849240--242849395	39	4.0	39	84	3	163	24	28	21	25	1.99
242850219--242850264	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
242857211--242857377	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
242857211--242857377	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
242858202--242858247	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
242861618--242861687	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
242861618--242861699	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
242869396--242869465	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
242869396--242869477	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
242872527--242872590	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
242872782--242872899	23	5.0	24	84	10	145	26	24	21	27	1.99
242872782--242872899	47	2.5	48	87	9	163	26	24	21	27	1.99
242872950--242873007	18	3.0	20	85	10	93	32	18	10	37	1.85
242873050--242873097	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
242881047--242881106	24	2.5	24	86	8	77	26	25	23	25	2.00
242881085--242881142	30	1.9	30	89	6	91	32	22	22	22	1.98
242881199--242881258	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
242881301--242881348	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
242888293--242888529	118	2.0	118	95	1	431	30	18	17	32	1.95
242891454--242891559	40	2.7	39	84	8	151	22	30	20	26	1.98
242896938--242897117	40	4.5	39	77	10	161	27	22	26	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242904855--242904966	39	2.9	39	85	7	147	26	21	27	24	1.99
242915884--242915918	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
242916171--242916246	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
242916207--242916275	17	3.8	19	88	11	117	36	14	11	37	1.83
242919991--242920166	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
242919987--242920158	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
242923681--242923808	41	3.1	41	63	14	111	32	17	29	20	1.95
242923660--242923825	81	2.0	82	98	1	325	36	16	29	18	1.92
242925835--242925884	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
242927244--242927419	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
242927240--242927411	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
242932463--242932510	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
242932558--242932611	11	5.4	11	70	20	55	37	11	20	31	1.88
242932553--242932611	19	3.0	20	95	5	111	35	10	20	33	1.86
242932661--242932779	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
242932661--242932779	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
242932971--242933039	31	2.2	31	100	0	138	39	15	23	21	1.92
242940589--242940650	20	3.0	20	90	9	99	35	9	20	33	1.86
242940699--242940820	44	2.7	45	86	9	153	29	20	22	27	1.98
242940699--242940835	23	6.0	23	83	10	160	29	21	21	27	1.99
242942917--242943026	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
242950965--242951074	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242955217--242955375	29	5.5	29	87	1	212	25	32	15	26	1.96
242962601--242962670	28	2.4	29	90	6	108	30	25	12	31	1.93
242966828--242966904	29	2.7	29	83	2	102	27	18	32	22	1.97
242974459--242974535	29	2.7	29	83	2	102	25	18	33	22	1.96
242977351--242977397	24	2.0	24	91	0	76	38	4	36	21	1.73
242978381--242978412	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
242978659--242978721	28	2.3	26	91	5	99	34	28	7	28	1.85
242978827--242978914	25	3.2	27	79	14	101	19	23	23	32	1.97
242978837--242978925	25	3.2	28	78	10	85	21	25	20	32	1.97
242979996--242980029	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770