genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.736.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  736  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232897044--232897206	40	4.1	40	78	5	145	22	28	24	25	1.99
232904137--232904266	40	3.2	40	80	4	156	23	25	28	23	1.99
232907411--232907540	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
232907411--232907574	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
232914721--232914904	40	4.6	39	89	6	230	26	21	26	25	1.99
232914721--232914904	79	2.3	79	83	9	232	26	21	26	25	1.99
232914754--232914937	79	2.3	78	80	10	194	29	21	25	24	1.99
232917098--232917215	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
232917066--232917229	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
232924158--232924275	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
232924126--232924289	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
232926171--232926260	40	2.2	40	80	3	110	25	22	27	24	2.00
232934056--232934206	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
232934093--232934222	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
232937510--232937657	40	3.7	40	78	13	142	38	18	22	20	1.93
232937468--232937657	40	4.7	39	74	15	122	38	19	21	20	1.94
232937652--232937928	137	2.0	140	83	5	348	28	22	25	23	1.99
232939412--232939436	10	2.5	10	100	0	50	12	44	0	44	1.41
232942758--232943125	182	2.0	183	96	0	684	26	15	14	42	1.86
232943326--232943354	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
232943614--232944836	274	4.5	275	98	0	2312	35	13	13	37	1.83
232945046--232945101	15	3.8	15	77	20	64	46	1	0	51	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232945213--232945359	44	3.4	43	77	12	156	46	12	2	38	1.56
232945206--232945395	9	20.6	9	73	10	98	46	13	2	37	1.55
232945179--232945386	96	2.1	96	79	5	222	47	12	2	38	1.54
232945347--232945445	43	2.3	45	77	13	109	46	14	2	37	1.56
232947230--232947255	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
232950565--232950593	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
232951000--232951040	21	2.0	21	95	0	73	26	19	53	0	1.45
232951266--232951343	30	2.5	32	75	10	79	15	6	19	58	1.58
232951417--232951594	41	4.2	42	86	7	234	23	24	21	30	1.99
232951417--232951586	43	4.0	41	87	3	232	22	24	21	31	1.98
232951417--232951586	84	2.0	84	87	4	245	22	24	21	31	1.98
232952400--232952442	21	2.0	21	86	8	61	39	13	4	41	1.66
232952913--232952949	19	1.9	19	88	0	56	59	8	2	29	1.40
232955360--232955413	27	2.0	27	85	7	74	50	12	18	18	1.78
232956195--232956241	15	3.1	15	76	11	51	27	0	25	46	1.53
232956200--232956259	30	2.0	29	84	9	77	28	0	28	43	1.55
232956666--232956696	16	1.9	16	93	0	53	19	29	35	16	1.93
232958410--232958617	78	2.6	80	87	6	307	26	27	20	25	1.99
232958410--232958617	40	5.2	40	88	6	282	26	27	20	25	1.99
232960580--232960763	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
232960620--232960808	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
232968696--232968879	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232968736--232968924	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
232970499--232970536	18	2.1	19	85	5	51	2	26	0	71	1.00
232977094--232977265	40	4.3	39	83	10	197	26	25	21	26	1.99
232977094--232977277	39	4.6	39	85	8	171	26	25	21	26	1.99
232980258--232980388	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
232988362--232988491	29	4.5	29	87	1	163	29	15	31	23	1.95
232988361--232988482	57	2.1	58	86	1	174	31	16	28	23	1.96
232993229--232993451	40	5.6	40	90	1	342	26	28	21	23	1.99
232993380--232993568	40	4.7	40	80	5	141	27	27	20	24	1.99
232995538--232995897	49	7.4	49	94	0	578	30	29	8	32	1.87
233003177--233003257	40	2.1	39	97	2	153	58	9	7	24	1.56
233004262--233004295	17	2.0	17	94	0	59	50	17	5	26	1.69
233007155--233007262	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
233007114--233007262	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
233016313--233016461	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
233016354--233016461	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
233020752--233020842	19	4.9	19	90	8	152	38	10	14	36	1.81
233020752--233020865	19	5.8	22	86	10	87	37	9	14	37	1.80
233021134--233021168	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
233022643--233022898	40	6.5	40	86	5	301	29	28	17	25	1.97
233022808--233022914	40	2.7	40	88	2	153	28	23	19	28	1.98
233030153--233030372	40	5.5	40	87	6	277	30	27	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233030153--233030338	79	2.3	79	88	3	284	30	28	17	24	1.97
233030160--233030378	119	1.8	120	83	6	293	29	26	17	25	1.98
233030143--233030388	40	6.2	40	88	3	160	29	26	18	24	1.98
233037622--233037841	40	5.5	40	87	6	277	30	27	18	24	1.98
233037622--233037807	79	2.3	79	88	3	284	30	28	17	24	1.97
233037629--233037847	119	1.8	120	83	6	293	29	26	17	25	1.98
233037612--233037857	40	6.2	40	88	3	160	29	26	18	24	1.98
233040731--233040864	69	1.9	70	93	1	234	37	2	23	37	1.67
233042484--233042677	39	4.9	39	86	1	246	23	32	20	23	1.98
233042524--233042676	77	2.0	78	90	2	245	22	33	19	24	1.97
233043306--233043401	28	3.4	28	84	4	104	30	15	23	30	1.96
233050979--233051076	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
233058593--233058702	40	2.8	40	84	1	132	25	31	21	20	1.98
233061426--233061520	48	2.0	48	100	0	190	31	28	6	33	1.82
233062957--233063105	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
233062998--233063105	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
233071056--233071204	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
233071097--233071204	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
233079144--233079292	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
233079185--233079292	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
233092152--233092252	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
233092152--233092334	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233100162--233100262	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
233100162--233100344	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
233103354--233103484	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
233103354--233103484	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
233110536--233110666	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
233110536--233110666	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
233117710--233117840	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
233117710--233117840	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
233120817--233120931	24	4.8	24	95	0	203	35	26	18	20	1.95
233130446--233130546	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
233138399--233138499	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
233141455--233141572	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
233141423--233141586	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
233145709--233145875	40	4.2	40	81	5	178	23	28	23	24	2.00
233153799--233153966	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
233162046--233162201	39	4.0	40	78	6	142	26	24	26	23	2.00
233162046--233162231	79	2.3	79	78	13	195	25	24	26	23	2.00
233166494--233166703	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
233174629--233174838	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
233182765--233182974	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
233186709--233186859	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
233186709--233186859	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233194698--233194864	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
233194714--233194864	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
233196744--233196812	27	2.5	28	85	2	104	24	11	30	33	1.91
233203608--233203667	31	1.9	31	83	6	77	48	11	1	38	1.50
233207121--233207190	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
233207121--233207202	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
233215020--233215089	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
233215020--233215101	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
233215154--233215234	40	2.0	40	100	0	162	27	17	30	24	1.97
233223834--233224131	40	7.6	40	90	3	453	22	21	29	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770