genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.678.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  678  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213558739--213558905	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
213570888--213571029	40	3.6	40	91	2	225	24	23	26	25	2.00
213575477--213575529	27	2.0	27	88	0	79	32	3	11	52	1.55
213577848--213577891	22	2.0	22	82	8	54	29	15	18	36	1.92
213577870--213577938	24	2.8	25	77	4	77	24	21	23	30	1.99
213578077--213578122	24	2.0	24	83	8	60	36	0	13	50	1.41
213578939--213579018	42	1.9	42	82	5	99	20	23	30	26	1.98
213580824--213580947	42	2.9	42	76	9	108	26	19	25	28	1.99
213581774--213581837	31	2.1	31	84	0	83	23	20	14	42	1.88
213583312--213583381	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
213585037--213585099	24	2.7	24	87	2	83	33	17	22	26	1.96
213585018--213585111	23	4.0	23	82	8	109	30	21	21	26	1.98
213585162--213585228	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
213585162--213585217	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
213589969--213590097	46	2.8	46	96	0	231	19	22	29	28	1.98
213593016--213593084	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
213593007--213593094	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
213597372--213597522	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
213597409--213597538	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
213605357--213605507	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
213605394--213605523	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
213607058--213607121	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213607314--213607479	24	7.0	24	88	4	239	26	21	22	28	1.99
213607313--213607479	47	3.5	48	89	4	241	26	21	22	29	1.99
213607314--213607479	71	2.3	71	91	3	262	26	21	22	28	1.99
213607537--213607612	9	7.9	9	72	13	62	35	19	9	35	1.84
213607533--213607614	20	4.2	20	95	1	148	32	18	12	36	1.88
213607537--213607612	5	15.6	5	74	15	61	35	19	9	35	1.84
213607651--213607698	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
213608935--213609508	27	21.6	27	84	7	638	40	9	22	27	1.84
213612347--213612410	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
213612602--213612742	23	6.0	24	86	7	200	26	21	22	29	1.99
213612623--213612742	47	2.6	46	94	1	204	26	20	22	30	1.99
213612800--213612876	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
213612796--213612878	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
213612796--213612867	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
213612915--213612962	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
213614137--213614222	27	3.2	27	72	0	82	29	6	25	38	1.82
213614200--213614783	27	21.6	27	84	5	637	41	9	21	27	1.83
213623593--213636236	537	23.1	539	84	8	15990	36	18	11	33	1.86
213630985--213631094	54	2.0	54	100	0	220	32	21	7	38	1.81
213623589--213636236	541	23.1	541	85	8	16104	37	18	11	33	1.86
213632152--213632289	72	1.9	72	100	0	276	34	16	4	44	1.68
213633900--213636238	540	4.4	514	93	2	3450	36	18	10	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213636269--213636306	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
213644248--213644285	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
213645904--213645940	14	2.6	14	91	0	56	64	10	0	24	1.25
213647113--213651114	537	7.5	541	97	1	7466	36	18	11	33	1.86
213661978--213662105	40	3.2	40	80	2	132	27	22	26	23	2.00
213672491--213672689	39	5.2	39	90	1	303	23	32	20	24	1.98
213672491--213672689	78	2.6	78	94	1	339	23	32	20	24	1.98
213675892--213675936	23	2.0	23	91	4	74	46	17	4	31	1.68
213675889--213675946	22	2.6	22	86	7	82	43	18	3	34	1.68
213675902--213675959	19	2.8	20	84	10	64	39	17	6	36	1.76
213681987--213682169	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
213690051--213690233	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
213694575--213694776	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
213694574--213694725	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
213697430--213697496	25	2.7	25	81	9	91	49	11	17	20	1.79
213697613--213697692	26	3.0	26	83	3	97	38	21	22	17	1.93
213698342--213698862	27	19.3	27	84	4	558	24	20	18	37	1.94
213698342--213698853	54	9.5	54	82	4	622	24	20	18	36	1.94
213698343--213698853	81	6.3	80	87	3	657	24	20	18	36	1.94
213698845--213699109	54	4.9	54	80	2	239	32	10	18	38	1.85
213698892--213699109	27	8.1	27	79	6	205	33	11	17	38	1.85
213698845--213699109	81	3.3	81	81	3	223	32	10	18	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213698892--213699109	53	4.1	53	83	2	231	33	11	17	38	1.85
213698892--213699182	80	3.6	80	82	5	313	31	10	19	38	1.86
213701156--213701190	18	1.9	18	94	0	61	57	8	14	20	1.63
213701174--213701236	25	2.5	25	89	0	99	49	12	17	20	1.79
213701596--213701661	22	3.0	22	76	8	71	33	22	24	19	1.97
213702088--213702599	27	19.0	27	87	0	684	24	20	18	36	1.95
213702591--213702866	27	10.3	27	78	4	236	33	9	18	38	1.83
213702638--213702866	53	4.3	53	83	2	271	33	10	17	38	1.84
213702645--213702928	80	3.5	81	80	8	305	31	8	19	40	1.81
213706074--213706255	39	4.6	40	91	2	269	22	25	28	23	1.99
213706074--213706255	79	2.3	79	88	1	267	22	25	28	23	1.99
213706075--213706290	79	2.7	78	84	4	265	23	25	28	22	1.99
213706035--213706290	40	6.5	39	85	5	270	23	25	28	23	1.99
213710763--213710946	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
213710803--213710991	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
213718878--213719061	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
213718918--213719106	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
213728611--213729303	138	5.0	137	89	1	1030	45	5	8	40	1.58
213729279--213729426	75	2.0	75	89	2	226	32	10	8	47	1.69
213735558--213735661	29	3.6	29	81	2	120	22	16	32	28	1.95
213739138--213739322	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
213739137--213739343	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213739136--213739343	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
213747116--213747300	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
213747115--213747321	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
213747114--213747321	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
213755079--213755263	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
213755078--213755284	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
213755077--213755284	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
213763036--213763220	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
213763035--213763241	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
213763034--213763241	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
213769536--213769727	79	2.4	81	81	6	205	24	21	28	25	1.99
213769537--213769727	40	4.8	40	79	7	149	24	21	28	25	1.99
213773500--213773546	24	2.0	24	82	0	58	34	21	12	31	1.91
213773577--213773632	11	5.6	10	75	12	53	37	10	17	33	1.85
213773595--213773632	20	1.9	20	94	0	67	39	10	18	31	1.85
213773678--213773745	25	2.8	25	97	2	129	25	27	23	23	2.00
213783549--213783675	47	2.7	45	80	14	143	28	18	29	23	1.98
213786087--213786225	40	3.5	40	84	4	149	24	22	28	24	1.99
213796226--213796436	115	1.8	115	92	0	359	23	10	11	53	1.69
213796534--213796628	42	2.3	42	81	0	118	25	30	11	32	1.91
213796749--213796802	16	3.4	16	79	5	74	24	25	22	27	2.00
213796746--213796828	31	2.7	31	84	3	105	21	24	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213804205--213804239	16	2.2	16	94	0	61	8	5	34	51	1.56
213804314--213804360	21	2.3	21	85	7	62	14	19	31	34	1.92
213808465--213808613	78	1.9	78	88	2	228	26	24	22	26	2.00
213809339--213809484	72	2.0	72	100	0	292	26	15	10	47	1.77
213823174--213823202	13	2.2	13	100	0	58	17	6	41	34	1.76
213823260--213823439	40	4.5	40	89	2	265	25	21	26	26	2.00
213831029--213831155	40	3.2	40	89	2	193	25	22	25	25	2.00
213834846--213834875	15	2.0	15	93	0	51	50	13	0	36	1.42
213839810--213839975	80	2.1	81	88	1	244	25	26	22	25	2.00
213839810--213839976	40	4.2	40	85	2	210	25	26	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770