genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.158.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  158  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46490916--46491101	47	4.0	47	91	0	282	32	11	29	26	1.91
46490945--46491016	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
46490990--46491065	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
46491079--46491228	48	3.1	48	92	3	239	36	6	25	32	1.82
46494005--46494058	25	2.0	28	82	10	69	33	1	20	44	1.62
46494144--46494368	48	4.7	48	81	3	229	28	20	27	24	1.99
46501370--46501466	39	2.5	39	77	11	92	25	28	24	20	1.99
46501437--46501562	39	3.2	39	86	0	171	28	27	19	23	1.99
46507480--46507557	25	3.2	25	64	29	69	30	10	29	29	1.90
46507505--46507579	22	3.3	22	64	29	57	30	13	30	25	1.94
46507386--46507716	141	2.4	141	88	1	495	34	10	28	26	1.90
46507386--46507676	47	6.2	47	95	0	485	35	10	28	25	1.89
46507696--46507826	46	2.8	46	89	0	199	35	9	31	23	1.88
46509310--46509643	40	8.4	40	91	0	535	25	19	27	27	1.99
46509703--46509804	29	3.6	28	80	7	116	22	16	31	29	1.96
46509671--46509859	57	3.3	57	85	2	229	22	17	30	29	1.97
46509672--46509831	28	5.6	29	75	10	134	21	18	30	30	1.97
46512306--46512469	40	4.1	40	79	3	168	25	28	21	24	1.99
46512306--46512469	80	2.0	80	82	2	195	25	28	21	24	1.99
46516969--46517169	47	4.3	47	95	0	330	33	9	29	26	1.89
46516969--46517733	141	5.4	141	81	13	909	33	11	29	26	1.91
46517089--46517163	22	3.3	22	66	29	57	30	12	30	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46517110--46517290	62	3.0	62	89	3	278	32	9	28	28	1.89
46517172--46517353	47	3.6	47	84	10	229	32	10	28	27	1.91
46517115--46517421	59	5.1	59	74	20	283	32	10	28	27	1.90
46517324--46517383	30	2.0	30	100	0	120	33	6	26	33	1.83
46517277--46517426	77	1.9	77	100	0	300	33	10	28	28	1.90
46517354--46517733	47	8.1	47	94	0	636	33	11	29	25	1.91
46517615--46517690	22	3.3	22	66	28	59	34	11	28	25	1.91
46517707--46517843	46	3.0	46	86	0	202	33	8	30	27	1.86
46519737--46519867	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
46519736--46519867	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
46527690--46527820	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
46527689--46527820	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
46532338--46532385	23	2.0	23	88	4	69	20	20	10	47	1.79
46532454--46532708	55	4.8	53	81	7	236	21	25	17	36	1.95
46532501--46532701	108	1.8	110	89	4	318	22	25	17	34	1.96
46537595--46537668	29	2.6	29	93	0	121	25	16	31	27	1.96
46537655--46537765	24	4.6	24	97	0	204	19	18	27	35	1.95
46537655--46537787	48	2.8	48	90	2	160	22	18	25	33	1.96
46540361--46540528	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
46548765--46548903	24	5.8	24	98	0	260	20	17	26	35	1.94
46548764--46548925	72	2.2	72	90	2	245	22	17	25	34	1.96
46564343--46565036	49	14.5	48	92	3	1086	29	30	8	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46564343--46565036	96	7.3	95	93	3	1087	29	30	8	31	1.87
46564933--46565016	46	1.9	41	97	0	114	28	30	9	30	1.89
46567418--46567447	12	2.5	12	94	0	51	13	30	33	23	1.93
46571455--46571488	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
46583041--46583290	40	6.2	40	90	1	376	22	28	23	25	1.99
46591235--46591484	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
46597687--46597877	39	4.9	39	92	0	301	22	25	29	22	1.99
46603967--46604157	39	4.9	39	96	0	337	21	26	30	21	1.98
46613098--46613166	28	2.5	28	93	6	115	18	8	27	44	1.79
46614748--46614837	46	2.0	46	82	8	112	54	6	4	34	1.47
46617209--46617265	28	2.0	28	100	0	114	17	10	26	45	1.81
46618849--46618938	46	2.0	46	82	8	112	54	6	4	34	1.47
46623772--46623944	93	1.9	93	95	0	310	28	30	20	20	1.98
46623765--46623940	46	3.8	46	78	12	207	29	29	20	20	1.98
46629409--46629442	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
46635430--46635471	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
46636111--46636251	27	5.2	27	85	5	169	25	17	19	37	1.93
46636110--46636251	54	2.6	53	85	7	187	25	17	19	37	1.94
46636109--46636278	54	3.1	54	81	6	168	24	15	20	38	1.92
46656071--46656124	27	2.0	27	85	3	74	33	24	20	22	1.97
46656126--46656296	27	6.4	26	85	4	200	26	22	15	34	1.95
46656125--46656296	54	3.2	53	85	4	238	26	22	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46660608--46660660	27	2.0	27	84	0	70	22	15	22	39	1.91
46663833--46663889	30	1.9	30	85	0	78	43	7	21	28	1.78
46666246--46666299	28	2.0	28	92	3	92	35	25	9	29	1.87
46676657--46676703	22	2.1	22	92	0	76	46	25	19	8	1.77
46677410--46677681	27	10.0	27	78	7	221	30	7	20	41	1.80
46677410--46677707	81	3.7	79	77	7	269	31	7	20	40	1.80
46677721--46677796	27	2.8	27	89	0	107	27	23	15	32	1.95
46680555--46680629	34	2.2	34	95	2	134	28	22	21	28	1.99
46681197--46681253	27	2.1	27	96	0	105	26	28	7	38	1.82
46682305--46682423	43	2.8	43	83	1	123	25	31	16	26	1.97
46686843--46686929	39	2.2	39	91	0	138	28	25	24	21	1.99
46695828--46695930	29	3.6	29	77	7	102	27	32	17	23	1.97
46697238--46697276	21	2.0	20	85	14	55	7	15	0	76	0.99
46697737--46697957	39	5.6	39	90	0	316	23	23	31	21	1.99
46699946--46700071	27	4.7	26	78	5	110	36	9	17	36	1.82
46699946--46700065	54	2.2	54	79	4	136	37	9	15	37	1.80
46704636--46704705	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
46711323--46711410	39	2.2	40	85	2	115	23	27	23	25	2.00
46711323--46711462	40	3.5	40	79	9	135	24	27	23	25	2.00
46719318--46719463	40	3.6	40	77	2	114	26	27	22	23	1.99
46719354--46719465	41	2.7	40	80	4	116	25	26	22	25	2.00
46724078--46724151	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46727654--46727826	46	3.7	46	77	10	190	23	21	27	28	1.99
46727651--46727821	93	1.8	93	91	0	279	22	21	28	27	1.99
46734793--46734840	19	2.5	18	80	10	51	12	22	41	22	1.88
46735696--46735749	23	2.3	23	93	0	90	20	20	20	38	1.93
46738941--46738994	27	2.0	27	100	0	108	29	25	11	33	1.91
46751625--46751788	42	3.8	42	75	3	148	29	20	18	30	1.97
46754877--46754940	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
46755134--46755324	24	8.0	24	89	2	269	25	20	23	29	1.99
46755383--46755459	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
46755379--46755461	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
46755379--46755450	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
46756788--46757372	27	21.7	27	84	5	565	41	9	21	27	1.84
46756788--46757372	81	7.2	81	84	4	691	41	9	21	27	1.84
46756790--46757372	54	10.8	54	86	2	663	40	9	21	27	1.84
46759789--46759837	24	2.0	24	88	0	71	40	2	16	40	1.60
46776208--46776370	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
46777845--46777939	44	2.2	41	83	9	111	31	27	16	24	1.97
46784287--46784470	40	4.6	39	81	6	194	23	21	26	27	1.99
46784287--46784470	78	2.3	80	82	9	216	23	21	26	27	1.99
46792955--46793006	26	2.0	26	100	0	104	42	15	0	42	1.47
46794906--46794969	31	2.1	31	84	0	83	26	21	12	39	1.89
46795238--46795304	27	2.4	28	97	2	127	28	11	26	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46795238--46795316	27	2.9	27	88	5	79	29	13	24	32	1.94
46804186--46804213	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
46804476--46804597	23	5.2	23	89	3	181	30	21	19	28	1.98
46804457--46804596	70	2.0	71	88	4	212	30	22	20	27	1.98
46804478--46804597	47	2.6	47	94	1	206	30	20	20	28	1.97
46804649--46804713	20	3.2	20	88	0	94	32	21	13	32	1.93
46806424--46806493	27	2.5	28	95	2	124	28	12	25	32	1.93
46806424--46806505	27	3.0	27	87	5	76	29	14	23	32	1.94
46815574--46815674	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
46815603--46815678	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770