genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.577.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  577  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179904926--179905092	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
179904942--179905092	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
179916181--179916312	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
179923526--179923657	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
179926835--179926904	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
179934632--179934701	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
179937036--179937165	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
179945090--179945219	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
179951081--179951200	42	2.8	43	93	2	206	21	33	19	25	1.97
179952935--179953105	45	3.8	44	75	14	152	29	28	19	22	1.98
179952942--179953110	92	1.8	91	89	3	268	28	28	20	22	1.99
179955485--179955545	14	4.3	14	79	10	70	60	14	14	9	1.58
179955494--179955560	14	4.7	14	71	15	57	56	13	17	11	1.66
179958463--179958591	46	2.8	46	91	0	204	29	27	22	20	1.99
179958468--179958610	46	3.1	46	75	14	134	28	27	22	21	1.99
179969389--179969431	22	1.9	23	85	4	61	25	11	46	16	1.80
179981995--179982097	29	3.6	28	82	5	125	30	33	15	21	1.94
179988854--179988956	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
179997343--179997493	38	3.9	38	89	3	223	23	31	21	23	1.98
180002620--180002785	79	2.1	79	82	4	192	25	21	27	25	1.99
180002620--180002785	39	4.2	40	78	9	178	25	21	27	25	1.99
180007464--180007613	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180007488--180007671	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
180015251--180015408	43	3.7	43	87	0	228	30	21	26	21	1.98
180018456--180018530	31	2.4	31	93	0	123	29	25	16	29	1.96
180018558--180018645	42	2.1	42	91	0	140	36	19	13	30	1.90
180018790--180018938	26	5.8	26	90	0	221	27	23	22	26	2.00
180018790--180018938	52	2.9	52	92	2	248	27	23	22	26	2.00
180019741--180019807	27	2.5	26	79	11	73	22	22	17	37	1.94
180019859--180019992	27	4.9	27	73	12	76	31	8	19	41	1.81
180019921--180020045	27	4.7	25	81	6	115	28	8	22	41	1.82
180019947--180020048	27	3.8	27	79	8	118	28	8	22	40	1.84
180019943--180020085	27	5.3	26	72	14	103	28	11	22	37	1.90
180020077--180020222	27	5.4	27	89	0	220	41	8	22	27	1.83
180020077--180020247	54	3.2	54	88	0	225	38	9	23	28	1.86
180020065--180020222	81	2.0	80	89	3	246	40	10	21	27	1.85
180021818--180021970	39	3.9	39	90	2	227	24	19	32	24	1.98
180021826--180022001	39	4.5	39	87	0	226	23	22	31	22	1.98
180026558--180026713	39	4.0	40	88	0	217	25	31	20	23	1.98
180026558--180026713	79	2.0	79	88	2	233	25	31	20	23	1.98
180038298--180038398	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
180038298--180038479	40	4.6	40	82	4	181	28	22	26	23	1.99
180041950--180042116	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
180041950--180042116	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180042941--180042986	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
180049948--180050114	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
180049948--180050114	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
180050939--180050984	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
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180067470--180067600	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
180075330--180075507	40	4.5	40	91	3	254	23	23	27	25	2.00
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180100366--180100549	40	4.8	40	82	6	163	22	26	24	26	2.00
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180126968--180127134	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
180126984--180127134	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
180130618--180130801	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
180130658--180130846	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
180132310--180132445	27	5.0	27	86	0	200	30	20	8	40	1.81
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180132453--180132544	27	3.4	27	78	0	103	40	22	8	28	1.84
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180132526--180132800	80	3.4	79	84	7	324	32	19	22	25	1.97
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180135185--180135334	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
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180143154--180143318	40	4.2	40	78	5	149	23	27	23	26	2.00
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180145939--180146122	85	2.2	84	90	5	273	28	14	30	26	1.95
180145939--180146096	56	2.8	58	94	3	284	29	14	29	26	1.95
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180149208--180149615	27	15.2	27	80	5	389	40	21	7	30	1.81
180149100--180149256	81	1.9	81	81	0	188	31	21	7	38	1.82
180149222--180149613	80	4.9	81	83	3	427	41	20	7	29	1.81
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180159022--180159082	28	2.2	28	78	0	68	34	18	16	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180159420--180159481	28	2.3	27	77	2	70	19	24	25	30	1.98
180159443--180159514	33	2.1	34	84	2	92	23	22	27	26	1.99
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180169257--180169349	32	2.9	32	83	3	107	24	20	35	19	1.96
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180184651--180184748	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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