genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.502.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  502  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155356346--155356485	39	3.5	40	80	7	135	27	24	17	30	1.97
155356299--155356501	40	5.1	39	78	9	155	26	26	20	27	1.99
155357213--155357238	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
155358896--155358998	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
155366908--155367010	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
155374926--155375028	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
155380583--155380751	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
155383849--155383890	12	3.4	12	86	3	57	23	30	28	16	1.96
155387362--155387401	14	3.0	14	86	13	50	52	22	0	25	1.47
155387709--155387770	22	2.9	22	83	11	67	40	20	3	35	1.69
155387969--155388062	42	2.2	42	86	5	127	31	22	18	27	1.97
155387963--155388062	43	2.3	43	84	5	132	32	22	19	27	1.97
155391767--155391867	28	3.5	28	84	4	103	28	13	27	29	1.95
155391796--155391867	29	2.5	29	91	6	112	30	13	26	29	1.94
155399760--155399859	28	3.5	28	84	5	103	29	14	27	30	1.95
155399788--155399859	29	2.5	29	91	6	112	30	13	26	29	1.94
155407726--155407885	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
155415186--155415352	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
155415202--155415352	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
155423189--155423355	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
155423205--155423355	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
155426490--155426709	24	9.6	24	87	10	318	20	16	25	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155426586--155426623	16	2.4	16	100	0	76	21	13	23	42	1.88
155426516--155426693	40	4.1	40	85	13	221	20	15	24	38	1.92
155426516--155426693	86	2.1	86	94	3	313	20	15	24	38	1.92
155426540--155426669	64	2.1	61	95	4	233	20	15	24	39	1.91
155426602--155426731	47	2.7	48	86	4	174	23	16	23	35	1.95
155433122--155433304	24	7.6	24	97	0	330	20	17	25	36	1.94
155442724--155442769	23	2.0	23	100	0	92	30	13	17	39	1.87
155444264--155444328	29	2.2	30	78	8	80	40	4	9	46	1.57
155446566--155446617	20	2.5	20	84	3	68	26	13	9	50	1.72
155446876--155446953	39	2.1	39	80	9	90	61	2	8	26	1.39
155447127--155447157	15	2.1	15	93	0	53	64	0	3	32	1.09
155448871--155449397	132	4.0	132	78	7	480	23	25	19	31	1.98
155450878--155450906	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
155452061--155452262	48	4.2	48	92	0	332	35	6	25	32	1.82
155452395--155452465	37	1.9	37	94	0	124	21	21	32	25	1.98
155454161--155454363	43	4.8	42	98	1	388	12	24	32	31	1.92
155454531--155454629	29	3.4	29	69	13	78	23	19	27	30	1.98
155454528--155454692	57	2.9	57	88	4	244	23	18	29	29	1.97
155454560--155454691	29	4.6	29	70	12	85	22	16	30	30	1.96
155454553--155454689	28	4.9	27	70	10	96	23	17	29	29	1.97
155454621--155454713	28	3.3	28	70	7	71	20	16	34	29	1.94
155456921--155456947	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155458099--155458308	50	4.3	50	83	8	281	35	5	26	32	1.80
155458110--155458299	46	4.0	46	85	7	265	35	6	26	31	1.82
155458099--155458308	96	2.2	96	90	3	323	35	5	26	32	1.80
155458434--155458543	37	3.0	37	93	0	193	23	19	31	25	1.98
155464788--155464936	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
155464829--155464936	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
155468825--155468899	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
155468883--155468956	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
155475710--155475858	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
155475751--155475858	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
155483785--155483933	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
155483826--155483933	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
155485822--155485863	22	1.9	22	85	0	57	45	7	4	42	1.52
155490267--155490367	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
155495730--155495842	27	4.1	27	86	8	149	36	22	23	17	1.95
155495730--155495842	55	2.1	54	90	5	174	36	22	23	17	1.95
155499022--155499063	19	2.0	22	86	13	63	30	33	11	23	1.91
155503601--155503706	27	3.9	27	81	10	117	36	20	23	18	1.95
155503594--155503706	55	2.1	54	83	5	138	37	21	23	18	1.94
155507643--155507757	29	4.0	28	81	8	133	26	15	30	27	1.96
155509506--155509553	23	2.1	23	96	0	87	47	0	16	35	1.47
155511475--155511508	2	17.0	2	87	0	50	52	2	0	44	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155513116--155513313	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
155513182--155513299	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
155513150--155513313	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
155520676--155520873	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
155520742--155520859	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
155520710--155520873	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
155523926--155524091	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
155523942--155524091	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
155525277--155525388	57	2.0	56	82	5	136	26	16	16	40	1.90
155525277--155525387	55	2.1	52	81	10	125	27	16	17	39	1.90
155531933--155532099	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
155533293--155533401	56	2.0	53	82	12	132	28	16	18	36	1.92
155544027--155544202	46	3.8	44	78	12	203	31	27	18	22	1.97
155544035--155544206	93	1.8	93	93	2	301	30	28	19	22	1.98
155547140--155547377	73	3.3	74	63	20	174	28	20	21	30	1.98
155547129--155547419	146	2.0	146	96	0	537	29	19	22	29	1.98
155555126--155555186	24	2.5	24	86	5	79	34	29	16	19	1.94
155555696--155555737	17	2.4	19	80	15	54	28	21	4	45	1.72
155560713--155560910	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
155560779--155560896	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
155560747--155560910	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
155568313--155568472	69	2.3	70	95	4	290	36	18	26	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155573828--155573955	39	3.2	40	87	3	188	28	29	18	22	1.98
155573824--155573988	78	2.1	78	83	6	201	27	27	20	23	1.99
155573845--155573988	78	1.8	78	85	5	202	26	28	20	24	1.99
155579668--155579876	53	3.9	53	81	3	247	37	16	23	22	1.93
155585581--155585624	23	2.0	22	82	13	54	38	9	29	22	1.85
155592714--155592818	41	2.5	42	83	6	124	20	26	21	31	1.98
155596687--155596721	8	4.4	8	96	0	61	25	28	22	22	1.99
155607109--155607146	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
155608771--155608839	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
155615115--155615152	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
155616768--155616836	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
155623821--155623981	29	5.5	29	97	1	304	24	24	14	37	1.92
155623821--155624011	58	3.2	59	93	2	312	25	24	14	36	1.93
155623820--155624011	88	2.2	89	90	2	307	25	25	14	35	1.93
155627268--155627398	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
155627268--155627398	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
155629874--155629908	7	5.0	7	89	0	52	51	0	0	48	1.00
155629882--155629937	21	2.6	21	80	2	67	41	0	1	57	1.09
155629874--155629938	14	4.6	14	86	1	67	43	0	1	55	1.09
155629893--155629963	7	8.9	8	76	17	60	35	0	4	60	1.16
155630601--155630633	13	2.5	13	95	5	57	45	36	0	18	1.49
155630798--155630836	20	2.0	20	85	10	53	64	7	5	23	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155630843--155630992	40	3.7	40	75	3	167	28	22	20	30	1.98
155632036--155632083	24	2.0	24	95	0	87	52	12	18	16	1.75
155636302--155636476	94	1.9	94	93	0	305	46	6	10	37	1.63
155638171--155638279	51	2.2	50	90	3	173	47	5	22	23	1.72
155645298--155645395	19	5.2	19	90	7	155	38	10	15	35	1.81
155645288--155645395	36	2.9	36	82	10	121	38	10	14	36	1.80
155651051--155651128	14	5.9	13	78	14	63	83	0	15	1	0.72
155651052--155651128	22	3.5	22	74	12	54	83	0	15	1	0.72
155651065--155651127	23	2.8	23	86	11	94	82	0	15	1	0.74
155651053--155651121	31	2.2	30	84	7	84	82	0	15	1	0.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770