genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.166.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  166  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49161389--49161596	40	5.2	40	77	8	111	26	26	20	25	1.99
49161436--49161545	39	2.8	40	79	5	125	27	27	17	28	1.97
49162304--49162335	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
49164540--49164609	25	2.8	25	95	0	122	24	24	25	25	2.00
49166483--49166707	40	5.6	39	81	7	222	24	20	27	27	1.99
49173645--49173830	40	4.7	40	89	2	270	25	29	21	23	1.99
49173625--49173830	80	2.6	79	88	5	301	27	29	20	22	1.99
49176938--49177090	40	3.8	40	80	4	173	26	22	25	26	2.00
49176946--49177094	80	1.9	81	85	4	212	27	21	24	26	1.99
49176938--49177118	40	4.5	40	79	8	172	27	23	24	24	2.00
49176940--49177118	80	2.2	80	79	8	202	26	23	25	24	2.00
49181245--49181469	40	5.7	40	85	4	278	24	22	27	25	2.00
49181301--49181502	80	2.5	79	85	6	239	26	20	26	26	1.99
49182992--49183269	27	10.3	27	85	3	362	24	19	18	37	1.94
49182963--49183268	81	3.8	81	88	0	416	24	20	18	36	1.95
49182992--49183328	81	4.2	78	82	7	297	26	17	18	38	1.92
49182992--49183301	54	5.7	51	82	9	232	25	18	17	38	1.93
49183257--49183357	27	3.8	27	74	8	82	31	8	19	39	1.83
49183350--49183587	27	8.8	27	88	0	323	40	7	21	30	1.82
49183350--49183614	81	3.3	80	82	3	298	39	8	21	30	1.83
49188839--49188952	57	2.0	57	94	3	203	38	26	7	27	1.84
49191807--49191921	37	3.1	37	97	0	221	23	31	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49191974--49192077	48	2.2	48	92	0	172	30	27	6	34	1.83
49192070--49192306	49	4.9	49	91	4	372	29	28	9	32	1.89
49192069--49192306	96	2.5	97	92	2	390	28	28	9	33	1.89
49210796--49210904	44	2.5	44	98	0	209	36	25	10	27	1.88
49220134--49220277	42	3.4	42	89	0	198	30	14	25	29	1.95
49224868--49225026	29	5.5	29	88	5	223	27	25	13	33	1.94
49224868--49225026	59	2.8	57	90	3	230	27	25	13	33	1.94
49227979--49228145	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
49235986--49236152	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
49244308--49244522	81	2.7	81	89	0	304	35	19	19	25	1.95
49244308--49244513	27	7.6	27	84	0	241	36	18	19	24	1.95
49244880--49244931	27	1.9	27	88	0	77	26	21	23	28	1.99
49245219--49245243	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
49247452--49247628	48	3.7	47	78	7	180	28	19	29	22	1.98
49247452--49247628	98	1.8	94	83	9	232	28	19	29	22	1.98
49249008--49249175	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
49249024--49249173	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
49257010--49257177	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
49257026--49257175	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
49261141--49261258	22	5.7	20	75	10	103	14	20	22	43	1.87
49261134--49261258	42	3.0	41	85	3	151	16	20	20	43	1.88
49261250--49261313	25	2.5	27	70	14	64	17	15	21	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49262327--49262358	16	1.9	17	93	6	57	25	6	9	59	1.52
49265410--49265452	22	2.0	22	90	0	68	23	13	6	55	1.62
49265479--49265541	30	2.1	30	90	0	99	25	1	14	58	1.45
49265653--49265685	2	17.0	2	87	6	50	51	0	0	48	1.00
49273682--49273783	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
49281548--49281649	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
49283319--49283352	7	4.7	7	89	7	50	11	2	2	82	0.89
49283319--49283358	14	2.7	15	84	7	55	10	7	2	80	1.00
49285457--49285489	6	5.5	6	96	0	57	15	3	0	81	0.80
49285457--49285496	18	2.2	18	86	0	53	20	2	0	77	0.88
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49310789--49310850	25	2.5	25	86	0	88	19	19	14	46	1.83
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49310851--49310912	25	2.5	25	91	0	97	20	19	12	46	1.83
49310789--49310975	62	3.0	62	87	2	261	19	18	13	48	1.81
49310867--49310954	37	2.4	37	90	0	140	20	19	12	47	1.81
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49323481--49323608	43	3.0	43	77	2	132	29	24	18	27	1.98
49323923--49323956	17	1.9	18	94	5	61	23	29	11	35	1.90
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49339824--49339874	22	2.3	23	86	10	70	60	0	0	39	0.97
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49362230--49362271	15	2.9	14	82	6	57	19	52	2	26	1.58
49362364--49362399	15	2.4	15	90	0	54	33	0	2	63	1.08
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49365234--49365555	43	7.5	43	81	2	362	25	14	28	31	1.95
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49413198--49413300	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
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49415863--49416058	20	9.8	20	87	1	232	12	20	28	38	1.89
49415859--49416058	60	3.3	60	85	1	258	13	21	27	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49416060--49416141	26	3.2	26	80	3	94	21	21	23	32	1.98
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49424550--49424695	43	3.4	43	79	6	136	31	27	17	23	1.97
49431176--49431416	49	4.8	50	83	2	297	29	27	19	24	1.98
49431178--49431421	100	2.5	99	87	2	346	29	27	19	24	1.98
49433439--49433580	38	3.7	39	90	4	225	25	21	31	21	1.98
49434798--49435247	225	2.0	225	97	0	846	25	17	25	31	1.97
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49449116--49449213	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
49456781--49456878	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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