Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  533  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
165546749--165546937
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
165555447--165555630
40
4.6
39
74
9
131
26
23
27
22
2.00
165555492--165555639
80
1.9
80
81
2
181
22
24
30
22
1.99
165563535--165563718
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
165563575--165563763
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
165567636--165567679
19
2.3
19
84
7
54
22
38
25
13
1.91
165583927--165584102
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
165583924--165584095
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
165589030--165589132
29
3.6
29
92
2
154
26
15
32
26
1.96
165597102--165597204
29
3.6
29
92
2
154
26
15
32
26
1.96
165600488--165600658
40
4.3
39
77
10
159
28
21
26
23
1.99
165608392--165608562
40
4.3
39
77
10
159
28
21
26
23
1.99
165610061--165610239
49
3.6
49
83
3
241
27
24
18
29
1.98
165610048--165610236
100
1.9
100
93
0
324
28
23
18
29
1.98
165610487--165610540
27
2.0
27
81
0
63
40
14
7
37
1.74
165614032--165614091
21
2.9
21
85
2
77
26
31
30
11
1.92
165615218--165615485
46
5.8
46
71
16
169
23
28
19
29
1.98
165621085--165621110
9
2.9
9
100
0
52
11
0
76
11
1.01
165623466--165623672
53
3.8
54
80
1
227
19
24
18
37
1.94
165628773--165628828
29
1.9
29
85
7
78
35
23
5
35
1.78
165634396--165634571
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
165634393--165634564
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
165643495--165643533
19
2.1
19
85
0
51
71
7
5
15
1.26
165643972--165644059
28
3.1
29
79
10
94
35
21
22
20
1.96
165644168--165644224
27
2.1
27
93
0
96
31
8
26
33
1.87
165651747--165651834
28
3.1
29
79
10
94
35
21
22
20
1.96
165651940--165652004
28
2.3
28
94
0
112
30
7
27
33
1.85
165660180--165660223
8
5.5
8
78
10
54
84
0
4
11
0.77
165660180--165660218
12
3.4
11
83
13
51
84
0
5
10
0.76
165662434--165662545
27
4.1
27
80
10
122
39
22
22
16
1.92
165669622--165669864
40
6.1
40
80
4
226
26
20
27
25
1.99
165669622--165669878
79
3.2
80
86
3
333
27
20
26
25
1.99
165674531--165674680
77
1.9
78
91
4
250
24
20
32
23
1.98
165674520--165674680
38
4.2
39
91
3
245
23
19
32
24
1.98
165674520--165674711
38
4.9
39
85
2
208
23
21
31
23
1.98
165680432--165680541
37
2.9
37
84
9
132
22
28
23
25
2.00
165680435--165680582
40
3.8
37
78
7
143
22
27
22
27
2.00
165689105--165689202
28
3.5
28
84
4
108
29
16
24
29
1.96
165696773--165696870
28
3.5
28
84
4
108
29
16
24
29
1.96
165699378--165699565
27
7.0
27
85
0
223
24
21
19
35
1.96
165699397--165699573
81
2.2
81
90
0
282
23
19
19
36
1.95
165699488--165699654
54
3.1
53
81
8
160
28
11
19
40
1.87
165699558--165699655
27
3.6
27
83
5
117
31
5
20
42
1.74
165699614--165699671
27
2.2
27
84
3
73
32
5
18
43
1.73
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
165704683--165704853
43
4.0
43
80
7
186
25
18
25
30
1.98
165707301--165707497
39
5.0
39
85
1
207
24
30
18
25
1.98
165707343--165707499
39
4.0
39
86
4
217
22
31
18
28
1.97
165711465--165711572
47
2.3
46
92
4
180
29
30
16
23
1.96
165731562--165731729
40
4.2
40
80
4
169
23
27
23
25
2.00
165741786--165741953
40
4.2
40
80
4
169
23
27
23
25
2.00
165746582--165746760
40
4.4
40
83
3
207
25
24
26
24
2.00
165746582--165746760
80
2.2
81
86
3
245
25
24
26
24
2.00
165746703--165746786
40
2.1
40
82
4
98
26
27
26
20
1.99
165746616--165746795
80
2.2
80
80
3
200
27
24
23
23
2.00
165750493--165750612
60
2.0
60
98
0
231
30
9
25
35
1.87
165756248--165756415
56
3.0
56
89
1
239
33
22
14
29
1.93
165757354--165757396
21
2.0
21
86
0
59
55
9
2
32
1.44
165760487--165760563
33
2.3
33
77
14
79
27
19
22
31
1.98
165773851--165773898
16
2.9
16
79
11
51
43
10
14
31
1.79
165781621--165781660
13
2.8
15
85
14
66
35
0
0
65
0.93
165784427--165784455
14
2.1
14
100
0
58
27
13
6
51
1.66
165788622--165788690
21
3.3
21
87
2
95
11
24
8
55
1.64
165791056--165791149
18
5.4
18
92
3
131
28
9
25
36
1.87
165799397--165799424
14
2.0
14
100
0
56
14
14
0
71
1.15
165799421--165799499
5
14.2
6
80
17
66
32
2
16
48
1.60
165799422--165799503
11
7.5
11
69
23
50
32
2
17
47
1.60
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
165799458--165799503
20
2.2
21
92
7
85
32
0
19
47
1.50
165807676--165807737
32
1.9
32
96
0
115
38
22
9
29
1.86
165811855--165811898
22
2.0
22
100
0
88
54
4
22
18
1.61
165814128--165814171
21
2.1
21
83
8
54
63
2
9
25
1.35
165820811--165820884
29
2.6
29
95
0
139
27
31
14
27
1.95
165820752--165820884
58
2.3
58
80
2
133
24
33
17
24
1.96
165827669--165827810
40
3.5
40
83
1
124
27
23
26
22
1.99
165827708--165827836
40
3.2
39
84
6
152
24
22
27
25
2.00
165829870--165830092
47
4.7
47
87
3
293
28
30
8
33
1.86
165829870--165830092
96
2.3
94
85
3
293
28
30
8
33
1.86
165834947--165835084
40
3.5
39
88
5
181
24
27
23
23
2.00
165842661--165842874
40
5.4
40
92
3
328
25
27
22
24
2.00
165842661--165842874
79
2.7
78
91
4
324
25
27
22
24
2.00
165851562--165851630
28
2.5
28
95
2
122
18
10
27
43
1.82
165853258--165853295
20
1.9
20
88
0
58
52
10
2
34
1.50
165859571--165859639
28
2.5
28
95
2
122
18
10
27
43
1.82
165861268--165861305
20
1.9
20
88
0
58
52
10
2
34
1.50
165875838--165875882
19
2.4
19
96
0
81
26
35
26
11
1.90
165877453--165877511
30
2.0
30
83
6
75
23
27
23
25
2.00
165877451--165877516
30
2.3
28
78
14
71
22
27
25
24
2.00
165879616--165879685
27
2.6
27
97
2
131
31
27
12
28
1.93
165884795--165884902
41
2.7
41
89
1
155
25
22
18
34
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
165884837--165885129
113
2.6
112
86
4
379
30
20
20
28
1.98
165885563--165885606
14
3.1
14
84
9
54
20
0
34
45
1.51
165885570--165885630
14
4.4
13
80
13
59
21
0
29
49
1.50
165885570--165885630
28
2.2
28
82
5
70
21
0
29
49
1.50
165886179--165886236
7
8.1
7
80
3
71
20
1
36
41
1.63
165889304--165890991
363
4.7
363
99
0
3342
36
14
9
39
1.79
165891028--165891260
9
25.4
9
74
9
150
48
12
0
38
1.47
165891018--165891260
18
13.3
18
77
9
188
48
12
0
38
1.47
165891013--165891260
71
3.4
73
77
10
245
47
12
0
38
1.48
165891053--165891284
114
2.0
114
85
3
315
47
12
0
38
1.47
165891013--165891284
36
7.2
38
74
13
128
47
12
0
38
1.47
165897398--165897500
29
3.6
27
81
5
98
29
33
16
21
1.95
165905195--165905297
29
3.6
27
81
5
98
29
33
16
21
1.95
165909165--165909349
79
2.3
81
83
7
227
23
27
24
24
2.00
165909158--165909349
40
4.8
39
76
8
163
23
28
23
24
2.00
165917199--165917338
40
3.5
40
84
4
142
22
27
25
25
2.00
165917207--165917389
79
2.3
81
83
7
223
23
27
24
24
2.00
165918377--165918430
26
2.1
26
100
0
108
37
35
7
20
1.81
165923078--165923185
55
2.0
55
94
0
189
26
21
22
29
1.99
165924066--165924099
15
2.2
15
89
5
50
79
8
5
5
1.05
165924286--165924344
26
2.2
25
80
16
66
8
15
3
72
1.21
165929978--165930028
16
2.9
17
82
11
59
52
0
1
45
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
165929977--165930012
8
4.4
8
89
3
54
58
0
0
41
0.98
165929976--165930032
22
2.4
23
80
16
64
56
0
1
42
1.10
165933050--165933253
40
5.1
40
87
1
275
22
21
29
26
1.99
165933046--165933257
80
2.7
80
88
2
311
23
21
28
26
1.99
165937938--165938004
33
2.0
33
100
0
134
53
8
11
25
1.66
165941086--165941268
100
1.8
100
89
0
285
30
25
16
26
1.97
165941082--165941270
49
3.8
49
81
2
207
30
26
16
26
1.97
165945721--165945890
46
3.7
45
80
9
202
28
28
21
21
1.99
165945726--165945894
92
1.8
92
94
1
304
27
28
21
21
1.99
165946312--165946371
30
2.0
30
90
0
93
30
25
8
36
1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770