genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.562.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  562  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175209266--175209346	41	1.9	43	95	5	148	41	12	9	35	1.76
175209311--175209384	27	2.8	26	86	6	89	40	18	8	32	1.80
175209368--175209442	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
175209434--175209673	27	8.9	27	90	1	331	27	23	9	39	1.85
175209407--175209700	81	3.6	81	80	6	301	29	23	8	37	1.85
175209407--175209736	27	12.2	27	85	3	182	31	23	8	36	1.86
175209407--175209699	54	5.4	54	81	4	250	29	23	8	37	1.85
175209743--175209798	27	2.1	26	83	9	69	37	10	12	39	1.78
175209852--175209916	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
175211074--175211121	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
175211165--175211223	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
175211274--175211440	24	7.0	24	93	3	257	28	22	22	26	1.99
175211274--175211441	71	2.3	71	90	4	257	29	22	22	26	1.99
175211632--175211725	31	3.1	31	93	1	154	38	15	21	24	1.92
175213732--175213782	26	2.0	26	92	7	86	47	1	11	39	1.52
175215852--175215902	26	2.0	26	92	7	86	47	1	11	39	1.52
175217971--175218021	26	2.0	26	92	7	86	47	1	11	39	1.52
175219855--175219891	14	2.6	15	79	16	51	16	24	5	54	1.63
175220088--175220138	26	2.0	26	92	7	86	47	1	11	39	1.52
175222206--175222256	26	2.0	26	92	7	86	47	1	11	39	1.52
175224325--175224375	26	2.0	26	92	7	86	47	1	11	39	1.52
175228475--175228525	26	2.0	26	92	7	86	47	1	11	39	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175230592--175230642	26	2.0	26	92	7	86	47	1	11	39	1.52
175234346--175234512	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
175234362--175234512	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
175242345--175242511	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
175242345--175242511	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
175243337--175243382	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
175246918--175247100	63	2.8	63	75	12	183	28	16	30	23	1.97
175248866--175249084	39	5.6	40	91	2	336	24	23	25	26	2.00
175248866--175249084	79	2.8	80	91	3	338	24	23	25	26	2.00
175256957--175257219	40	6.6	40	85	3	332	24	23	25	26	2.00
175256961--175257219	123	2.1	119	87	6	369	24	23	25	25	2.00
175265751--175265790	20	2.0	20	100	0	80	30	35	5	30	1.79
175269794--175269928	46	2.9	45	75	18	125	24	18	27	29	1.98
175269890--175269955	20	3.3	20	65	23	57	22	19	28	28	1.98
175280081--175280290	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
175284265--175284440	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
175284261--175284432	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
175287276--175287348	15	4.9	15	80	6	85	9	17	15	57	1.64
175287267--175287348	30	2.7	30	81	7	94	9	17	17	56	1.67
175288448--175288715	140	1.9	140	100	0	536	29	11	20	37	1.89
175289879--175290054	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
175289875--175290046	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175293200--175293362	39	4.2	39	89	0	236	25	31	20	23	1.98
175297549--175297759	40	5.3	40	84	3	257	25	27	23	23	2.00
175304768--175304987	40	5.6	40	80	5	232	25	27	22	24	2.00
175312955--175313054	40	2.5	41	80	6	98	25	30	23	22	1.99
175313002--175313106	40	2.7	38	76	12	104	24	26	24	23	2.00
175316587--175316770	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
175316627--175316815	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
175324683--175324866	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
175324723--175324911	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
175335699--175335737	20	2.0	20	89	0	60	25	7	20	46	1.77
175338393--175338672	48	5.9	48	76	2	285	27	17	28	26	1.97
175338390--175338671	95	2.9	96	86	1	368	27	17	28	26	1.98
175346586--175346761	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
175346583--175346754	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
175357541--175357723	40	4.6	39	75	7	138	26	23	27	22	1.99
175357580--175357768	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
175365657--175365840	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
175365697--175365885	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
175367840--175367978	74	1.9	74	92	0	233	28	17	22	30	1.97
175368076--175368108	16	2.1	16	94	5	59	33	36	18	12	1.88
175368959--175369121	57	2.8	57	81	2	193	33	20	18	28	1.96
175373094--175373123	15	1.9	16	93	6	53	20	40	0	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175375192--175375377	40	4.7	38	77	9	158	27	22	27	22	1.99
175383269--175383456	40	4.8	38	77	9	155	27	22	27	22	1.99
175387584--175387747	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
175387584--175387781	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
175394374--175394537	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
175394374--175394571	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
175396944--175397162	39	5.6	39	81	11	204	23	23	28	24	1.99
175396982--175397162	40	4.7	40	90	6	264	23	23	28	24	2.00
175405051--175405307	40	6.5	41	75	13	207	23	24	28	23	2.00
175405091--175405274	79	2.3	80	86	0	253	22	25	28	23	2.00
175405091--175405307	119	1.8	118	84	4	294	23	25	28	23	2.00
175405091--175405297	79	2.6	79	82	3	247	23	24	28	24	2.00
175419800--175419846	22	2.1	22	100	0	94	25	12	29	31	1.93
175421542--175421658	43	2.8	42	85	6	157	24	17	28	29	1.98
175421542--175421752	41	4.9	42	75	13	178	25	18	26	30	1.97
175421542--175421750	92	2.4	84	80	14	251	25	18	26	30	1.98
175421569--175421802	92	2.5	92	89	1	353	25	17	25	32	1.97
175421612--175421797	51	3.9	50	70	16	151	25	18	24	31	1.97
175422519--175422560	17	2.4	18	84	11	52	23	0	33	42	1.55
175425589--175425773	40	4.6	40	93	1	309	22	23	28	24	1.99
175428655--175428847	39	4.9	39	90	1	271	24	31	20	23	1.98
175428655--175428847	77	2.5	78	88	2	271	24	31	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175431259--175431462	40	5.1	40	89	1	284	22	21	29	26	1.99
175431255--175431466	80	2.7	80	89	2	320	23	21	28	26	1.99
175439526--175439733	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
175439527--175439733	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
175447685--175447892	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
175447686--175447892	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
175449968--175450066	45	2.2	45	88	0	162	22	18	27	32	1.97
175453215--175453364	27	5.6	27	79	3	167	42	19	8	30	1.80
175453215--175453368	81	1.9	82	81	4	186	40	20	7	31	1.80
175453376--175453556	27	6.7	27	87	5	258	28	22	8	40	1.82
175453376--175453601	54	4.2	54	85	4	224	31	20	8	38	1.83
175453376--175453601	81	2.8	81	82	2	213	31	20	8	38	1.83
175453565--175453693	27	4.8	27	81	0	132	41	20	8	29	1.82
175453524--175453693	54	3.2	53	77	3	151	38	21	8	31	1.83
175453675--175453924	27	9.3	27	89	0	358	33	20	21	24	1.97
175453621--175453908	81	3.6	81	79	8	291	35	20	18	26	1.95
175454329--175454424	25	3.6	25	80	14	93	18	19	15	45	1.85
175454326--175454396	31	2.3	31	97	0	133	19	16	15	47	1.82
175454326--175454429	6	16.8	6	70	16	70	19	19	14	47	1.83
175456709--175456807	45	2.2	45	90	0	171	22	19	27	31	1.98
175459954--175460103	27	5.6	27	79	3	167	42	19	8	30	1.80
175459954--175460107	81	1.9	82	81	4	186	40	20	7	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175460115--175460295	27	6.7	27	87	5	258	28	22	8	40	1.82
175460115--175460340	54	4.2	54	85	4	224	31	20	8	38	1.83
175460115--175460340	81	2.8	81	82	2	213	31	20	8	38	1.83
175460304--175460432	27	4.8	27	81	0	132	41	20	8	29	1.82
175460263--175460432	54	3.2	53	77	3	151	38	21	8	31	1.83
175460414--175460662	27	9.3	27	88	1	340	33	19	21	25	1.97
175460360--175460645	81	3.6	79	83	6	299	35	19	18	26	1.95
175460418--175460645	80	2.8	80	88	3	332	34	20	21	24	1.97
175461067--175461162	25	3.6	25	80	14	93	18	19	15	45	1.85
175461064--175461134	31	2.3	31	97	0	133	19	16	15	47	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770