Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  551  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
171417589--171417761
43
4.0
43
76
10
165
24
20
25
29
1.99
171420091--171420162
37
1.9
37
91
0
117
27
29
19
23
1.98
171420302--171420501
48
4.2
48
92
0
337
31
28
5
35
1.80
171423310--171423353
19
2.4
18
85
7
54
40
9
0
50
1.34
171425291--171425473
24
7.6
24
96
0
303
20
18
25
36
1.95
171425291--171425495
48
4.3
48
90
2
243
21
18
24
35
1.96
171425291--171425495
72
2.8
72
83
5
263
21
18
24
35
1.96
171432537--171432566
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
171433013--171433170
24
6.6
24
95
0
255
20
17
25
36
1.94
171433013--171433192
48
3.8
48
90
2
247
22
17
25
35
1.96
171433013--171433192
72
2.5
72
88
2
220
22
17
25
35
1.96
171436080--171436160
24
3.2
24
64
16
65
45
2
24
27
1.66
171436067--171436168
51
2.0
51
100
0
204
43
1
27
27
1.66
171436504--171436542
15
2.5
15
87
4
51
15
15
15
53
1.73
171439297--171439540
51
4.9
50
82
6
298
26
17
25
31
1.97
171439297--171439527
100
2.3
100
96
0
435
25
17
25
31
1.97
171448470--171448632
70
2.3
71
97
1
310
34
18
28
19
1.95
171455168--171455364
70
2.8
70
88
6
267
32
17
28
21
1.96
171455202--171455364
70
2.3
71
96
1
301
34
17
28
19
1.95
171462645--171462762
40
3.0
40
93
0
200
22
18
28
29
1.98
171471437--171471616
48
3.8
47
90
1
243
36
27
17
19
1.94
171471439--171471616
96
1.9
96
89
0
275
36
26
17
19
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
171472997--171473039
21
2.0
21
86
0
59
58
11
16
13
1.64
171478570--171478670
28
3.5
30
79
6
109
29
13
26
29
1.94
171482164--171482190
2
13.5
2
100
0
54
51
0
0
48
1.00
171484183--171484243
30
2.0
30
83
0
77
31
22
8
37
1.84
171492965--171493170
40
5.2
40
88
4
278
23
21
27
27
1.99
171492961--171493170
79
2.7
80
84
3
291
23
21
27
27
1.99
171500978--171501045
27
2.5
27
95
0
118
41
17
8
32
1.80
171501036--171501110
27
2.8
27
91
0
114
37
18
14
29
1.91
171501037--171501123
27
3.2
27
88
0
75
39
17
16
27
1.90
171503856--171503939
28
3.0
28
79
8
98
25
16
34
23
1.95
171505535--171505666
29
4.6
29
84
1
149
24
15
33
26
1.95
171507324--171507797
27
17.7
26
80
8
393
38
18
10
32
1.85
171507345--171507797
81
5.6
80
81
5
445
38
18
10
32
1.85
171507324--171507797
54
8.8
54
80
6
448
38
18
10
32
1.85
171507749--171507840
27
3.4
27
92
0
130
36
18
17
27
1.93
171511699--171511729
13
2.4
13
100
0
62
19
54
12
12
1.70
171513292--171513357
19
3.4
19
95
4
114
36
16
9
37
1.81
171524713--171524880
40
4.2
39
75
7
133
27
23
26
22
1.99
171524757--171524905
80
1.9
80
80
2
174
22
24
29
22
1.99
171528323--171528355
16
2.1
16
100
0
66
45
12
6
36
1.66
171530470--171530513
18
2.4
18
84
3
52
43
0
2
54
1.12
171539929--171540007
5
14.2
6
77
19
66
48
16
2
32
1.60
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
171539925--171539970
20
2.2
21
92
7
85
47
19
0
32
1.50
171539925--171539971
11
4.5
11
87
12
73
46
19
0
34
1.50
171540004--171540031
14
2.0
14
100
0
56
71
0
14
14
1.15
171548273--171548366
18
5.4
18
92
3
131
36
25
9
28
1.87
171548273--171548353
9
9.0
9
70
0
54
34
27
9
28
1.89
171550731--171550819
21
4.1
21
84
5
90
53
10
23
12
1.68
171550731--171550799
21
3.3
21
87
2
95
55
8
24
11
1.64
171554966--171554994
14
2.1
14
100
0
58
51
6
13
27
1.66
171560679--171560711
16
2.1
16
94
0
57
39
9
12
39
1.74
171561177--171561210
15
2.3
15
89
0
50
35
2
23
38
1.70
171564288--171564319
15
2.0
17
88
11
50
43
31
0
25
1.55
171565832--171565891
27
2.3
26
82
2
66
36
20
21
21
1.95
171568206--171568237
16
2.0
16
100
0
64
37
25
6
31
1.81
171570067--171570165
42
2.3
43
80
11
114
32
28
16
23
1.96
171570067--171570173
43
2.5
44
78
14
125
33
27
15
23
1.95
171571718--171571773
28
2.0
28
92
0
94
33
16
12
37
1.86
171575377--171575543
40
4.2
40
78
6
160
25
22
27
24
2.00
171583386--171583552
40
4.2
40
78
6
160
25
22
27
24
2.00
171590735--171590845
24
4.6
24
97
0
213
21
17
25
36
1.95
171590735--171590867
24
5.5
24
92
1
196
24
17
24
34
1.96
171596544--171596592
17
2.8
18
74
22
50
24
18
22
34
1.96
171597414--171597580
40
4.2
40
79
6
169
25
21
27
25
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
171599621--171599658
18
2.1
18
100
0
76
31
21
36
10
1.87
171607868--171607970
29
3.6
29
89
0
152
25
32
15
27
1.96
171607839--171607970
58
2.3
58
81
0
156
25
33
15
25
1.95
171616022--171616054
16
2.1
16
94
0
57
27
15
18
39
1.90
171619008--171619152
40
3.6
40
88
7
206
22
24
28
24
2.00
171622127--171622229
29
3.6
29
81
2
118
23
16
32
28
1.96
171629265--171629413
40
3.7
40
87
3
219
26
20
27
25
1.99
171635900--171636124
40
5.7
41
88
5
270
25
25
21
27
1.99
171642181--171642355
45
3.8
46
80
13
225
29
29
20
21
1.98
171642189--171642358
93
1.8
92
96
1
313
28
29
21
21
1.98
171644711--171644799
30
3.0
30
80
8
101
57
15
16
10
1.65
171644711--171644790
15
5.4
15
80
7
92
58
13
17
10
1.62
171644722--171644799
15
5.2
15
78
9
79
56
15
16
11
1.67
171652303--171652453
40
3.8
40
87
1
187
25
27
22
25
2.00
171652287--171652456
40
4.2
40
83
4
166
26
26
21
25
2.00
171658242--171658310
28
2.5
28
90
2
104
21
8
26
43
1.81
171660101--171660144
19
2.4
18
85
7
54
40
9
0
50
1.34
171662524--171662592
28
2.5
28
90
2
104
21
8
26
43
1.81
171670076--171670100
12
2.1
12
100
0
50
52
8
0
40
1.31
171670114--171670157
19
2.4
18
85
7
54
40
9
0
50
1.34
171672527--171672593
28
2.5
27
90
7
109
19
10
25
44
1.82
171674381--171674424
19
2.4
18
85
7
54
40
9
0
50
1.34
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
171676080--171676126
23
2.0
23
100
0
94
44
12
21
21
1.85
171676316--171676536
46
4.8
44
74
13
180
21
28
20
29
1.98
171676521--171676597
38
2.0
38
97
0
145
18
22
25
33
1.96
171678682--171678741
26
2.4
25
75
8
59
13
33
33
20
1.91
171683004--171683171
40
4.2
40
81
4
178
23
27
23
24
2.00
171697998--171698204
73
2.9
71
86
5
283
30
16
24
28
1.97
171697908--171698363
233
2.0
233
96
0
840
29
17
21
30
1.96
171698231--171698364
71
1.9
71
90
0
214
30
16
23
29
1.96
171698077--171698522
159
2.8
160
92
1
716
28
17
22
31
1.96
171698390--171698700
74
4.5
71
81
10
286
31
16
22
28
1.96
171698534--171698656
62
2.0
62
90
0
192
30
17
25
27
1.97
171699588--171699622
10
3.5
10
92
7
54
91
0
8
0
0.42
171699588--171699623
16
2.2
16
95
0
63
91
0
8
0
0.41
171700966--171700998
2
16.5
2
93
0
57
45
0
3
51
1.16
171705396--171705639
40
6.2
40
84
4
275
25
27
22
23
2.00
171705425--171705639
117
1.8
117
84
5
292
25
28
22
23
1.99
171713505--171713729
40
5.7
39
87
4
290
24
28
23
24
2.00
171713505--171713729
79
2.8
78
85
4
290
24
28
23
24
2.00
171716880--171716969
46
2.0
45
86
6
128
33
16
23
26
1.96
171716880--171716989
45
2.4
46
80
7
109
37
16
22
23
1.94
171717606--171717904
45
6.7
44
73
10
187
31
21
20
26
1.98
171717603--171717904
135
2.2
135
91
1
489
31
21
20
26
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
171719881--171720045
77
2.1
78
94
2
289
26
10
7
55
1.62
171723935--171724042
26
4.2
26
93
0
189
36
24
7
32
1.83
171736721--171736830
40
2.8
40
85
0
148
26
23
26
23
2.00
171736721--171736870
40
3.8
39
80
7
133
26
22
26
24
2.00
171741987--171742087
28
3.5
28
86
6
114
29
13
26
29
1.94
171749941--171750041
28
3.5
28
86
6
114
29
13
26
29
1.94
171755328--171755383
15
3.7
15
86
9
87
60
10
16
12
1.58
171758303--171758476
46
3.8
45
77
12
167
29
29
20
21
1.98
171765611--171765675
29
2.2
29
91
0
103
47
12
7
32
1.69
171768434--171768593
29
5.5
30
88
8
213
33
14
25
26
1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770