Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  85  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24884414--24884518
21
4.7
21
64
24
54
71
1
4
21
1.14
24885561--24885588
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
24885960--24886109
78
1.9
78
94
0
264
26
22
22
28
1.99
24885960--24886110
39
3.9
39
92
0
239
26
23
21
28
1.99
24892705--24892851
39
3.8
39
87
1
215
27
23
21
27
1.99
24892705--24892851
77
1.9
78
92
1
251
27
23
21
27
1.99
24902334--24902451
31
3.5
35
89
9
135
22
23
16
37
1.94
24902357--24902451
31
3.1
31
98
0
181
23
22
15
38
1.92
24902643--24902759
24
5.0
24
87
9
161
26
23
21
29
1.99
24902643--24902759
46
2.5
47
87
8
159
26
23
21
29
1.99
24902810--24902869
20
3.0
20
95
0
111
33
20
10
36
1.86
24902810--24902864
11
5.4
11
70
16
55
30
20
10
38
1.87
24902912--24902959
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
24909413--24909530
31
3.5
35
89
9
135
22
23
16
37
1.94
24909436--24909530
31
3.1
31
98
0
181
23
22
15
38
1.92
24909743--24909837
23
4.1
23
93
4
156
27
22
22
28
1.99
24909722--24909838
46
2.5
47
89
8
168
26
23
22
28
1.99
24909889--24909948
20
3.0
20
95
0
111
33
20
10
36
1.86
24909889--24909943
11
5.4
11
70
16
55
30
20
10
38
1.87
24909991--24910038
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
24914586--24914641
28
2.0
28
96
0
103
37
10
16
35
1.83
24915349--24915419
4
17.8
4
73
23
53
74
0
1
23
0.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24915354--24915432
7
11.6
7
77
20
71
74
0
2
22
0.93
24915348--24915430
25
3.4
23
76
17
87
75
0
2
21
0.91
24916597--24916629
13
2.6
13
90
4
50
48
12
0
39
1.40
24923761--24923800
20
2.0
20
90
9
64
65
2
7
25
1.32
24928425--24928686
3
85.0
3
85
6
330
31
3
1
63
1.19
24928750--24928822
19
3.8
19
76
7
76
30
9
2
57
1.45
24928871--24928904
17
2.0
17
100
0
68
23
11
0
64
1.26
24929250--24929331
26
3.2
26
96
0
146
31
7
24
36
1.83
24932684--24932743
30
2.0
30
96
0
111
25
16
28
30
1.97
24932844--24932925
31
2.6
31
82
1
92
58
19
6
15
1.58
24938770--24938879
9
11.6
9
74
11
94
30
1
20
46
1.61
24938995--24939594
205
3.0
205
94
2
1040
32
15
18
33
1.92
24946110--24946155
20
2.3
20
81
3
58
28
19
26
26
1.99
24946212--24946317
32
3.4
33
74
20
120
22
21
29
26
1.99
24946148--24946346
60
3.3
60
90
4
296
26
20
26
26
1.99
24946184--24946345
28
5.5
27
71
22
121
24
20
28
25
1.99
24948815--24948841
7
3.9
7
100
0
54
14
0
44
40
1.46
24951445--24951554
26
4.2
26
97
0
184
33
5
24
36
1.79
24953178--24953317
27
5.2
27
86
2
174
17
23
22
35
1.95
24953178--24953317
54
2.6
55
88
4
196
17
23
22
35
1.95
24957403--24957480
23
3.5
22
84
10
95
48
6
3
41
1.47
24957495--24957580
44
2.0
44
90
2
138
45
19
10
24
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24967648--24968275
48
13.0
48
93
0
1013
35
6
27
30
1.82
24968171--24968251
28
3.2
28
60
26
70
35
6
29
28
1.81
24968416--24968518
37
2.8
37
83
2
136
24
19
31
25
1.98
24970161--24970267
40
2.7
40
95
0
196
23
25
23
28
2.00
24970315--24970407
39
2.4
37
87
7
123
22
21
23
32
1.98
24970469--24970576
40
2.7
40
91
1
164
25
24
21
28
1.99
24970161--24970734
155
3.7
154
88
3
814
27
21
21
30
1.98
24970161--24970726
309
1.8
310
88
4
867
26
20
21
31
1.98
24970770--24970816
21
2.1
24
84
11
64
46
0
0
53
1.00
24971347--24971391
14
3.2
14
81
6
56
26
0
24
48
1.51
24971410--24971475
21
3.1
21
80
2
69
16
1
36
45
1.57
24972029--24972070
14
2.9
14
85
3
57
76
4
0
19
0.96
24972030--24972062
7
4.7
7
96
0
57
75
3
0
21
0.93
24972210--24972301
41
2.2
41
80
0
103
51
15
9
23
1.73
24975851--24975932
35
2.4
35
85
2
112
20
48
8
21
1.76
24976301--24976344
12
3.6
12
93
6
79
77
6
2
13
1.07
24976301--24976345
13
3.5
13
90
3
74
77
6
2
13
1.05
24976427--24976461
11
3.2
11
88
11
54
0
54
0
45
0.99
24976941--24976986
3
15.3
3
95
0
83
30
0
2
67
1.03
24977090--24977155
3
22.0
3
100
0
132
33
0
0
66
0.92
24977193--24977224
14
2.1
16
88
11
50
28
6
0
65
1.16
24977371--24977433
33
2.0
31
84
6
81
38
6
3
52
1.43
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24989805--24989833
14
2.1
14
100
0
58
13
13
6
65
1.45
24989756--24990062
166
1.8
166
96
0
569
27
18
20
32
1.96
24990074--24990270
53
3.5
53
71
18
184
25
14
22
36
1.93
24990002--24990333
115
2.9
116
96
0
594
26
14
23
34
1.94
24990353--24990381
14
2.1
14
100
0
58
13
13
6
65
1.45
24990386--24990609
77
2.8
78
80
11
245
29
17
21
32
1.96
24990299--24990609
165
1.9
165
97
0
586
26
18
21
33
1.96
24992380--24992432
3
17.3
3
92
3
88
30
0
1
67
1.01
24992536--24992595
3
20.0
3
100
0
120
33
0
0
66
0.92
24992633--24992664
14
2.1
16
88
11
50
28
6
0
65
1.16
24992813--24992885
33
2.3
30
80
11
83
35
5
2
56
1.37
24994847--24995095
23
10.9
23
80
4
220
33
4
21
40
1.74
24995334--24995380
19
2.5
19
76
10
51
21
2
4
72
1.12
24995644--24995871
43
5.3
43
84
5
300
25
19
29
25
1.99
24995644--24995869
85
2.6
86
90
2
348
25
19
29
25
1.98
24996060--24996187
43
3.0
43
95
0
229
11
21
32
34
1.89
24999800--25000329
48
11.0
48
91
0
808
36
6
26
30
1.81
25000470--25000568
37
2.7
37
89
4
139
24
21
30
24
1.99
25002046--25002163
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
25002016--25002177
71
2.3
71
97
2
310
35
17
27
19
1.94
25009593--25009710
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
25009561--25009724
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25012092--25012285
64
3.0
64
99
0
379
32
16
20
30
1.95
25015811--25015986
46
3.8
46
76
7
176
20
19
28
31
1.97
25015807--25015979
93
1.9
93
91
0
283
20
20
28
30
1.98
25021459--25021491
2
16.5
2
93
0
57
48
0
0
51
1.00
25024169--25024228
30
2.0
30
86
0
84
13
13
15
58
1.64
25024169--25024207
15
2.6
15
79
0
51
10
10
17
61
1.55
25024619--25024662
18
2.4
18
92
0
70
15
9
34
40
1.79
25026968--25027105
46
3.0
46
73
8
154
23
18
26
31
1.97
25031484--25031642
43
3.7
43
78
10
164
24
19
26
29
1.98
25031939--25032030
46
2.0
46
97
2
177
29
8
16
45
1.77
25036200--25036303
43
2.4
43
90
3
156
26
13
25
34
1.93
25036200--25036359
43
3.8
42
77
12
141
27
13
26
32
1.94
25036293--25036368
40
2.0
40
84
5
102
30
13
27
28
1.94
25038211--25038317
55
1.9
55
87
7
155
22
21
27
28
1.99
25038898--25038929
16
1.9
17
93
6
57
37
15
3
43
1.63
25040679--25040878
27
7.4
27
83
5
208
25
22
19
32
1.97
25040679--25040847
81
2.1
81
87
2
241
26
22
18
31
1.97
25040803--25040909
54
2.0
54
83
7
137
21
25
20
32
1.97
25043265--25043355
46
2.0
46
82
8
114
30
16
27
25
1.97
25052569--25052683
55
2.1
55
83
3
142
19
25
35
20
1.95
25054225--25054264
21
2.0
20
90
5
62
12
40
27
20
1.88
25057724--25057838
43
2.7
43
80
9
128
31
25
17
26
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25057724--25057860
43
3.2
44
70
17
108
33
24
16
25
1.95
25063146--25063312
83
2.0
83
97
0
316
30
17
11
40
1.85
25064211--25064236
7
3.7
7
100
0
52
26
11
0
61
1.30
25077748--25077964
111
2.0
111
89
0
335
30
27
14
27
1.95
25089036--25089101
21
3.2
19
73
12
51
22
18
19
39
1.92
25089092--25089219
39
3.3
39
94
0
220
14
27
23
35
1.93
25090234--25090278
15
3.0
15
100
0
90
60
0
6
33
1.23
25101330--25101391
21
2.9
21
73
2
61
33
22
24
19
1.97
25101330--25101596
42
6.6
42
75
9
180
35
19
22
22
1.96
25101400--25101466
33
2.0
33
91
0
107
41
23
16
17
1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770