Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  156  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45842791--45842904
27
4.2
26
80
10
122
35
17
21
26
1.95
45842798--45842901
54
1.9
53
86
1
145
34
17
23
25
1.96
45847353--45847385
2
16.5
2
100
0
66
51
0
0
48
1.00
45851479--45851593
27
4.3
27
85
2
142
34
20
20
24
1.96
45851699--45851729
15
2.1
15
100
0
62
25
6
29
38
1.81
45852490--45852618
6
21.2
6
67
17
61
18
17
13
51
1.77
45852490--45852567
30
2.5
31
81
4
86
19
17
12
50
1.78
45852518--45852609
37
2.5
37
84
7
116
18
17
11
52
1.75
45853610--45853671
30
2.1
30
96
0
115
32
4
35
27
1.78
45854754--45854867
27
4.2
26
82
10
131
34
17
21
26
1.96
45854761--45854864
54
1.9
53
88
1
154
33
17
24
25
1.96
45855578--45855607
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
45855838--45855878
6
6.8
6
82
0
55
17
17
9
56
1.67
45855838--45855878
18
2.3
18
91
0
64
17
17
9
56
1.67
45858230--45858279
18
2.8
18
82
8
59
12
30
2
56
1.47
45858248--45858314
30
2.2
30
84
5
82
11
23
1
62
1.37
45858272--45858323
18
2.9
18
82
0
59
15
19
0
65
1.27
45858290--45858319
12
2.6
12
94
5
53
10
13
0
76
1.01
45858383--45858444
5
12.0
5
80
16
65
1
17
1
79
0.90
45858385--45858451
16
4.4
15
78
14
66
1
16
2
79
0.94
45860457--45860581
46
2.7
46
91
0
196
21
20
27
30
1.98
45863071--45863105
10
3.5
10
88
0
52
37
22
25
14
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45866578--45866752
46
3.8
46
78
13
196
28
29
21
20
1.98
45866586--45866756
93
1.8
93
92
0
288
28
29
21
20
1.98
45870126--45870383
46
5.6
44
77
12
195
23
31
20
24
1.98
45870166--45870385
92
2.4
91
80
4
237
23
31
20
24
1.98
45872900--45873074
46
3.8
46
78
13
196
28
29
21
20
1.98
45872908--45873078
93
1.8
93
92
0
288
28
29
21
20
1.98
45875326--45875509
40
4.6
40
81
6
221
25
23
26
25
2.00
45875326--45875545
80
2.8
80
84
5
270
25
23
26
25
2.00
45882139--45882271
59
2.2
60
90
1
205
35
14
24
25
1.93
45882169--45882271
29
3.5
29
96
2
188
36
14
24
24
1.93
45889674--45889806
59
2.2
60
90
1
205
35
14
24
25
1.93
45889704--45889806
29
3.5
29
96
2
188
36
14
24
24
1.93
45895665--45895971
49
6.3
49
92
0
483
31
8
30
29
1.86
45902127--45902333
40
5.2
39
85
2
236
25
27
22
24
2.00
45907332--45907379
23
2.3
20
78
21
62
31
16
6
45
1.72
45907338--45907382
23
2.0
23
100
0
90
31
13
6
48
1.68
45909701--45909741
21
2.0
21
85
0
55
39
12
7
41
1.70
45909749--45909789
21
2.0
21
90
0
64
31
12
0
56
1.36
45909829--45909880
20
2.7
18
78
21
52
71
3
3
21
1.18
45910011--45910051
21
2.0
21
85
0
55
36
12
9
41
1.76
45910059--45910098
21
1.9
21
84
0
53
30
12
2
55
1.50
45911171--45911210
21
1.9
21
89
0
62
57
0
12
30
1.36
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45913188--45913238
16
3.2
16
94
0
84
19
13
13
52
1.73
45914156--45914188
16
2.1
16
94
0
57
39
12
9
39
1.74
45919123--45919153
16
2.0
15
93
6
53
77
0
0
22
0.77
45928936--45929066
50
2.6
51
79
8
158
38
11
13
35
1.81
45929071--45929159
39
2.3
39
86
0
124
47
16
8
26
1.77
45929134--45929184
22
2.3
21
75
18
50
62
13
3
19
1.46
45929776--45929815
15
2.8
15
88
7
57
75
0
20
5
0.99
45929775--45929817
13
3.2
13
84
12
59
72
0
23
4
1.04
45930266--45930351
39
2.2
39
87
0
118
30
6
13
48
1.69
45934712--45934879
40
4.2
40
77
3
151
23
26
23
27
2.00
45942165--45942332
40
4.2
40
77
3
151
23
26
23
27
2.00
45944542--45944616
39
1.9
39
91
0
123
32
10
12
45
1.75
45948305--45948365
20
3.0
20
92
0
104
34
11
21
32
1.89
45948415--45948557
24
6.0
24
91
4
209
28
22
22
26
1.99
45948415--45948557
47
3.0
47
90
5
207
28
22
22
26
1.99
45948415--45948558
71
2.0
72
89
4
220
29
22
22
26
1.99
45948749--45948812
31
2.1
31
90
0
101
35
15
25
23
1.94
45953827--45953918
19
5.0
19
71
12
75
31
11
11
44
1.78
45953801--45953920
54
2.2
54
89
0
186
33
11
13
41
1.80
45953945--45954008
33
1.9
33
100
0
128
31
6
10
51
1.62
45953949--45954015
33
2.0
33
88
0
98
34
7
10
47
1.66
45954014--45954059
9
4.9
9
86
7
65
23
0
21
54
1.45
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45954014--45954059
19
2.4
19
89
7
67
23
0
21
54
1.45
45965885--45965980
34
2.9
33
80
10
106
23
20
26
29
1.99
45969701--45969773
29
2.6
28
75
8
69
41
16
12
30
1.85
45972698--45972879
40
4.6
40
81
4
215
24
24
23
26
2.00
45983849--45983997
39
3.8
40
79
7
153
23
28
22
26
1.99
45990482--45990599
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
45990450--45990613
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
45997990--45998186
70
2.8
69
90
3
281
34
16
28
20
1.95
45998056--45998172
40
3.2
40
60
28
94
32
17
29
21
1.96
45998024--45998186
70
2.3
71
98
1
319
35
17
28
19
1.94
46006246--46006290
12
3.7
12
84
3
63
31
0
44
24
1.54
46011287--46011480
47
4.1
47
95
0
334
32
11
29
26
1.92
46011312--46011434
22
5.3
22
63
30
60
30
13
31
25
1.93
46011334--46011408
23
3.2
23
66
23
66
29
10
32
28
1.90
46011450--46011584
48
2.8
48
93
0
225
33
7
28
30
1.85
46011731--46011876
37
3.9
37
96
0
265
22
19
31
26
1.98
46021053--46021129
40
2.0
39
94
5
138
38
48
0
12
1.42
46021068--46021129
19
3.1
20
69
17
65
37
51
0
11
1.38
46022733--46022785
26
2.0
26
100
0
106
35
18
15
30
1.92
46025609--46025866
40
6.5
40
90
2
362
26
27
22
22
1.99
46035815--46035884
27
2.5
28
93
2
115
27
14
28
30
1.95
46035815--46035896
27
3.0
27
84
8
69
28
15
25
30
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
46040940--46041094
40
3.8
40
84
5
188
24
21
27
25
1.99
46040938--46041110
80
2.2
81
82
6
210
25
21
26
26
1.99
46048422--46048539
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
46048390--46048553
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
46053768--46053885
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
46053736--46053899
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
46055720--46055771
14
3.6
15
72
27
58
55
9
0
34
1.32
46060610--46060662
20
2.8
18
77
11
52
62
0
1
35
1.06
46060607--46060725
36
3.2
36
74
8
96
62
1
3
32
1.22
46060922--46060947
10
2.6
10
100
0
52
46
0
0
53
1.00
46060930--46060998
27
2.5
26
81
6
66
30
4
1
63
1.22
46060958--46061003
18
2.5
19
82
10
60
26
4
4
65
1.30
46060941--46060997
9
6.5
8
75
16
51
26
5
1
66
1.22
46061068--46061111
10
4.7
9
83
8
52
25
0
2
72
0.96
46061068--46061111
19
2.3
19
92
0
70
25
0
2
72
0.96
46062285--46062339
28
2.0
28
100
0
110
36
10
12
40
1.79
46062287--46062347
28
2.2
28
91
2
97
39
11
8
40
1.71
46066775--46066933
38
4.1
37
80
10
117
47
11
9
32
1.71
46067583--46067648
24
2.7
23
77
15
62
6
22
0
71
1.08
46072582--46072676
35
2.7
35
83
0
136
40
29
14
15
1.88
46075951--46076030
20
4.0
20
75
8
81
17
2
36
43
1.63
46076044--46076082
20
2.0
20
84
0
51
12
2
38
46
1.56
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
46076079--46076234
79
2.0
78
94
1
276
43
7
17
30
1.77
46077898--46078010
27
4.2
26
86
8
145
36
23
23
16
1.94
46077898--46078010
55
2.1
54
88
5
165
36
23
23
16
1.94
46085369--46085463
27
3.5
26
83
8
127
38
22
23
15
1.92
46085369--46085480
27
4.1
26
80
8
116
36
23
23
16
1.94
46085369--46085480
55
2.1
54
88
5
163
36
23
23
16
1.94
46088245--46088307
30
2.1
30
87
0
90
34
11
25
28
1.90
46088647--46089009
47
7.7
46
69
14
156
29
20
27
22
1.98
46088647--46089003
94
3.8
92
74
10
251
29
20
27
22
1.98
46089795--46090192
193
2.1
192
93
0
679
20
21
33
24
1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770