genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.743.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  743  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235435255--235435302	25	1.9	25	83	8	62	37	4	0	58	1.18
235437192--235437321	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
235437208--235437357	40	3.8	39	80	6	144	22	27	22	27	1.99
235442177--235442374	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
235442243--235442360	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
235442211--235442374	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
235449747--235449944	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
235449813--235449930	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
235449781--235449944	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
235454217--235454325	27	4.0	27	84	8	123	37	22	23	15	1.93
235459274--235459403	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
235467183--235467283	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
235470449--235470578	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
235478098--235478196	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
235480098--235480167	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
235485563--235485601	19	2.1	19	100	0	78	23	5	20	51	1.67
235487432--235487480	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
235488299--235488449	40	3.8	40	80	6	164	26	22	27	23	2.00
235497925--235497951	14	1.9	14	100	0	54	7	51	18	22	1.70
235501028--235501179	39	3.9	39	92	1	234	24	20	31	23	1.98
235501029--235501210	39	4.6	39	88	1	231	24	21	30	23	1.99
235501038--235501248	78	2.7	78	82	5	203	24	21	30	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235509115--235509259	39	3.7	39	93	0	245	24	21	31	22	1.98
235509122--235509333	78	2.7	77	82	8	200	24	23	29	22	1.99
235520244--235520353	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
235527982--235528091	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
235532954--235533126	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
235532951--235533121	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
235540520--235540692	45	3.8	46	78	17	198	21	21	28	27	1.99
235540520--235540689	93	1.8	92	94	1	304	21	21	29	27	1.99
235548047--235548159	47	2.8	38	85	14	138	23	17	29	30	1.97
235549336--235549376	17	2.5	17	96	4	75	39	9	29	21	1.86
235552870--235552943	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
235552927--235553002	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
235552870--235553002	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
235554548--235554598	26	2.0	26	84	7	68	50	13	1	33	1.53
235559018--235559166	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
235559059--235559166	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
235567115--235567263	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
235567156--235567263	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
235574544--235574675	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
235579190--235579223	14	2.2	16	90	10	54	29	5	17	47	1.71
235584614--235584678	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
235585137--235585232	49	2.0	49	100	0	192	30	8	23	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235591124--235591205	20	4.2	20	95	3	148	35	10	20	32	1.88
235591126--235591201	9	7.9	9	70	18	55	34	7	22	35	1.83
235591124--235591205	39	2.1	40	95	2	148	35	10	20	32	1.88
235591258--235591353	47	2.1	46	94	5	167	29	20	20	29	1.98
235591257--235591374	23	5.0	24	87	11	172	28	21	22	27	1.99
235591565--235591646	31	2.6	32	86	7	114	35	17	25	21	1.95
235597143--235597206	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
235597398--235597516	24	5.0	24	85	9	154	26	24	21	27	1.99
235597398--235597516	47	2.5	48	89	8	172	26	24	21	27	1.99
235597567--235597626	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
235597669--235597716	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
235605427--235605490	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
235605682--235605797	23	4.9	24	87	8	150	26	24	21	27	1.99
235605682--235605798	46	2.5	48	89	8	170	26	23	21	28	1.99
235605849--235605908	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
235605951--235605998	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
235615120--235615246	40	3.2	41	85	9	158	22	24	29	23	1.99
235621182--235621237	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
235621171--235621237	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
235621286--235621361	24	3.2	24	92	3	127	30	19	18	31	1.96
235621288--235621360	23	3.1	23	92	3	119	28	20	19	31	1.97
235621575--235621636	29	2.1	30	90	3	99	37	14	24	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235623555--235623703	27	5.5	27	88	0	217	42	18	8	30	1.79
235623555--235623733	81	2.2	81	85	2	234	40	18	8	31	1.82
235623555--235623733	27	6.6	27	81	7	159	40	18	8	31	1.82
235623555--235623733	54	3.3	52	85	4	214	40	18	8	31	1.82
235623717--235623777	27	2.2	28	82	8	81	39	21	9	29	1.85
235623783--235623955	27	6.4	27	80	5	206	27	22	8	41	1.83
235623783--235623955	54	3.2	54	90	0	238	27	22	8	41	1.83
235623960--235624154	27	7.2	27	84	2	230	35	18	19	26	1.95
235624203--235624250	22	2.1	22	85	11	62	16	12	31	39	1.86
235624320--235624402	27	3.1	26	84	5	103	18	21	21	38	1.93
235624490--235624548	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
235624713--235624786	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
235624904--235625090	6	30.8	6	73	18	156	20	16	13	49	1.79
235624904--235625090	30	6.4	30	82	9	215	20	16	13	49	1.79
235624904--235625090	85	2.2	85	93	0	320	20	16	13	49	1.79
235629702--235629868	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
235637625--235637754	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
235637641--235637791	40	3.8	40	78	6	146	22	26	23	27	2.00
235637641--235637789	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
235644279--235644534	40	6.5	40	90	4	378	25	23	26	25	2.00
235644282--235644534	79	3.2	79	91	3	386	25	22	26	25	2.00
235644275--235644501	119	1.9	119	92	3	386	24	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235651959--235652061	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
235657726--235657778	26	2.0	26	100	0	106	11	30	3	54	1.53
235658945--235659047	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
235663052--235663155	42	2.5	42	78	7	104	25	17	26	29	1.97
235665433--235665640	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
235665435--235665640	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
235668364--235668530	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
235675777--235675943	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
235684318--235684409	45	2.0	45	95	4	168	43	2	17	36	1.61
235686637--235686661	12	2.1	12	100	0	50	36	16	24	24	1.94
235694532--235694649	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
235694500--235694663	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
235701642--235701759	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
235701610--235701773	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
235703197--235703271	30	2.5	29	85	10	89	18	22	16	42	1.88
235706995--235707169	40	4.4	40	90	5	250	23	21	28	26	1.99
235706995--235707169	79	2.2	79	87	6	239	23	21	28	26	1.99
235722442--235722697	40	6.4	40	94	2	394	23	22	27	25	2.00
235729484--235729623	27	5.2	27	85	4	167	34	15	22	27	1.94
235729484--235729620	54	2.6	54	88	2	188	34	15	22	27	1.94
235730180--235730231	27	2.0	28	81	11	65	19	19	19	42	1.90
235730190--235730266	27	2.9	26	82	5	82	19	23	19	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235730225--235730297	27	2.7	26	81	10	76	23	24	15	36	1.93
235730418--235730789	25	14.6	26	82	10	432	19	20	14	45	1.85
235730416--235730794	31	12.5	31	68	23	138	20	20	13	45	1.85
235733464--235733565	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
235740692--235740716	12	2.1	12	100	0	50	40	24	8	28	1.83
235741234--235741335	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
235745612--235745680	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
235751956--235751993	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
235753622--235753690	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
235760074--235760261	40	4.7	40	85	2	225	27	26	21	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770