genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  268  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80751673--80751890	80	2.7	80	78	3	217	27	23	26	21	1.99
80753892--80753934	22	2.0	22	85	0	59	13	25	23	37	1.92
80756812--80756873	25	2.5	24	80	10	72	74	1	17	6	1.11
80757999--80758063	29	2.2	29	91	0	112	30	18	27	23	1.97
80761479--80761560	33	2.4	34	77	20	84	29	17	28	25	1.97
80767103--80767231	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
80767138--80767284	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
80767119--80767284	40	4.2	37	77	9	125	24	27	24	24	2.00
80779730--80779898	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
80783372--80783419	21	2.3	21	100	0	96	52	18	8	20	1.71
80785630--80785914	40	7.2	40	90	3	427	26	29	21	23	1.99
80785630--80785914	78	3.6	79	90	3	423	26	29	21	23	1.99
80785630--80785914	118	2.4	117	88	5	430	26	29	21	23	1.99
80793915--80794162	40	6.2	40	91	1	374	26	29	21	22	1.99
80805893--80805924	15	2.1	15	100	0	64	46	6	6	40	1.54
80809464--80809630	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
80817467--80817633	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
80819255--80819530	38	7.3	38	88	0	399	19	22	25	32	1.98
80822632--80822670	19	2.1	19	85	0	51	82	0	0	17	0.68
80828849--80828918	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
80833049--80833163	39	2.9	39	76	7	115	27	20	27	23	1.99
80833011--80833202	40	4.8	40	76	7	133	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80839158--80839227	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
80848719--80848749	13	2.4	13	94	0	53	29	19	29	22	1.98
80848727--80848757	13	2.4	13	94	0	53	25	19	29	25	1.99
80850379--80850501	24	5.1	23	75	12	88	35	21	21	21	1.96
80850380--80850471	24	3.9	23	78	4	94	36	20	23	18	1.94
80852528--80852785	27	9.7	25	78	11	187	38	20	10	29	1.86
80852549--80852784	54	4.4	52	80	6	226	38	20	11	30	1.87
80852549--80852811	134	2.0	134	90	3	413	37	19	12	30	1.88
80852765--80853205	27	16.4	27	87	1	589	36	17	19	26	1.94
80853597--80853658	22	2.9	21	80	7	70	20	25	22	30	1.98
80853817--80853924	27	4.0	27	80	8	87	18	20	21	39	1.92
80854042--80854095	6	8.8	6	76	11	56	16	20	12	50	1.78
80867013--80867051	21	1.9	20	84	5	51	28	5	23	43	1.75
80869976--80870147	27	6.4	27	90	2	229	20	14	23	41	1.89
80869976--80870183	81	2.6	81	82	1	247	21	15	21	41	1.89
80869976--80870174	54	3.7	54	85	2	177	21	14	22	42	1.88
80870463--80870508	11	3.9	12	72	16	51	17	17	15	50	1.79
80870460--80870529	18	3.9	18	84	3	97	18	17	15	48	1.81
80870463--80870529	35	1.9	35	87	0	98	19	17	14	47	1.82
80870463--80870508	6	7.8	6	76	13	51	17	17	15	50	1.79
80873731--80873902	27	6.4	27	82	4	179	29	15	15	40	1.87
80874269--80874333	18	3.7	18	85	4	87	26	21	6	46	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80879004--80879116	43	2.6	44	76	9	108	26	19	21	32	1.97
80881815--80881978	71	2.3	71	98	0	319	18	28	17	34	1.94
80881815--80882012	71	2.8	70	90	3	240	20	28	17	33	1.95
80891018--80891048	12	2.6	12	100	0	62	6	32	35	25	1.82
80901215--80901377	39	4.2	39	88	0	236	25	33	19	22	1.97
80906361--80906560	48	4.2	48	91	0	328	31	26	6	36	1.82
80906552--80906900	49	7.2	49	96	0	630	30	27	8	33	1.86
80915682--80915891	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
80923810--80924019	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
80927639--80927821	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
80927640--80927823	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
80927692--80927846	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
80931119--80931310	47	4.1	47	95	0	312	32	11	30	26	1.91
80931284--80931390	46	2.3	46	91	0	178	33	10	31	24	1.89
80932778--80933003	40	5.7	40	88	4	264	27	26	21	25	1.99
80934938--80935008	37	1.9	37	91	0	115	25	19	29	25	1.99
80944323--80944358	19	1.9	19	88	5	56	36	2	5	55	1.38
80950344--80950717	202	1.9	201	90	1	597	29	10	22	37	1.88
80953050--80953210	27	6.0	27	83	4	137	36	19	15	28	1.93
80953073--80953232	54	3.0	54	80	9	193	35	18	15	30	1.92
80953193--80953437	27	9.2	26	86	6	294	20	17	20	41	1.90
80953043--80953205	81	2.0	81	84	4	213	36	20	15	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80953193--80953434	53	4.5	53	88	4	335	20	18	19	41	1.90
80953193--80953437	80	3.1	79	85	5	332	20	17	20	41	1.90
80956616--80956677	30	2.1	30	96	0	115	37	32	12	17	1.88
80958624--80958883	141	1.8	141	86	0	376	23	30	22	24	1.99
80961600--80961781	79	2.3	80	84	6	237	25	28	22	24	2.00
80961579--80961781	39	5.1	40	81	9	229	25	28	22	24	1.99
80969623--80969754	40	3.3	40	90	3	205	25	28	21	23	1.99
80971109--80971449	47	7.3	47	93	0	576	28	29	8	34	1.86
80971324--80971399	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
80976604--80976719	40	2.8	42	83	12	125	29	24	13	32	1.94
80984124--80984419	27	11.0	27	88	0	421	38	21	8	31	1.84
80984124--80984509	54	7.1	54	86	0	441	37	21	9	31	1.85
80984124--80984498	27	13.9	27	83	3	387	37	21	9	32	1.85
80984474--80984545	27	2.7	27	73	4	74	38	25	6	29	1.82
80984530--80984911	27	14.3	27	88	2	520	33	20	20	24	1.97
80985337--80985401	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
80985560--80985661	27	3.8	27	83	5	107	19	22	20	37	1.95
80985798--80985900	31	3.3	31	86	4	127	20	15	13	50	1.77
80986666--80986792	68	1.9	68	83	6	168	31	15	29	23	1.96
80990472--80990569	40	2.5	40	79	3	108	28	25	14	31	1.95
80991648--80991711	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
80991905--80992070	24	7.0	24	87	4	221	25	22	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80991904--80992070	47	3.5	48	88	4	232	25	22	22	29	1.99
80991905--80992070	71	2.3	71	89	3	244	25	22	22	29	1.99
80992129--80992205	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
80992125--80992207	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
80992125--80992196	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
80993532--80994061	27	19.6	27	84	6	626	41	9	21	27	1.84
80996749--80996812	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
80997005--80997194	24	8.0	24	90	4	278	26	21	23	28	1.99
80997004--80997195	47	4.0	48	90	4	291	26	21	22	29	1.99
80997005--80997195	71	2.7	72	89	4	289	26	21	23	29	1.99
80997253--80997329	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
80997249--80997331	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
80997249--80997320	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
80998652--80999154	27	18.6	27	85	4	611	40	8	22	28	1.83
80998653--80999154	81	6.2	81	86	4	681	40	8	22	28	1.83
81006009--81006093	30	2.8	30	94	0	152	32	35	21	10	1.88
81011272--81011321	19	2.5	21	83	6	68	76	2	12	10	1.11
81011272--81011321	20	2.5	21	80	6	59	76	2	12	10	1.11
81011364--81011406	18	2.3	18	80	4	50	53	0	25	20	1.46
81018426--81018607	40	4.6	40	82	6	219	25	29	21	23	1.99
81018426--81018607	79	2.3	80	82	8	219	25	29	21	23	1.99
81023934--81024086	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81023935--81024115	39	4.6	39	89	1	247	23	22	30	23	1.99
81026942--81027094	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
81026911--81027093	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
81031428--81031580	39	3.9	39	88	4	227	23	20	30	24	1.99
81031429--81031580	78	1.9	79	93	4	263	23	21	30	25	1.99
81031435--81031610	39	4.5	40	85	3	153	23	22	30	23	1.99
81036999--81037039	17	2.3	18	95	4	75	41	9	19	29	1.83
81037362--81037541	79	2.3	81	84	7	235	25	28	22	23	2.00
81037362--81037541	40	4.5	40	83	8	233	25	28	22	23	2.00
81044665--81044853	38	4.8	40	88	1	199	23	31	21	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770