genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.390.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  390  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119831218--119831403	80	2.3	81	81	8	220	26	27	20	24	1.99
119834929--119835135	53	3.8	54	81	3	247	19	24	19	36	1.95
119852461--119852512	27	2.0	26	84	3	68	19	25	21	34	1.96
119857263--119857455	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
119857293--119857455	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
119869033--119869135	29	3.6	28	81	5	125	29	32	16	22	1.96
119880146--119880313	40	4.2	40	78	3	178	26	26	21	25	1.99
119883800--119884163	47	7.7	47	72	11	201	26	19	29	23	1.98
119883805--119884163	94	3.8	93	76	8	323	27	20	29	23	1.98
119884931--119885049	55	2.2	54	79	8	125	25	25	24	25	2.00
119885584--119885691	48	2.2	50	77	14	127	26	22	17	33	1.96
119885603--119885747	48	3.0	49	84	6	188	27	22	19	30	1.98
119895161--119895326	40	4.2	40	79	3	169	25	21	27	25	2.00
119895161--119895326	80	2.1	78	82	3	190	25	21	27	25	2.00
119903453--119903624	40	4.3	40	80	3	195	26	20	26	26	1.99
119909878--119910011	29	4.6	29	95	0	241	38	13	23	25	1.91
119909851--119910011	58	2.7	58	92	1	259	36	13	24	26	1.92
119909851--119910013	29	5.6	29	86	6	213	36	12	24	25	1.91
119917907--119918036	29	4.5	29	95	1	235	37	14	23	23	1.92
119917907--119918036	57	2.3	58	98	1	253	37	14	23	23	1.92
119924423--119924506	29	2.9	29	90	0	132	27	29	14	28	1.95
119933765--119933974	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119937463--119937631	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
119945483--119945651	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
119950980--119951009	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51
119953836--119953888	24	2.2	24	78	15	56	47	13	28	11	1.77
119954264--119954325	27	2.3	28	80	8	74	41	17	16	24	1.89
119954315--119954642	27	12.1	27	78	8	276	27	12	18	41	1.86
119954328--119954639	81	3.9	81	78	7	310	27	12	17	42	1.86
119958430--119958692	27	9.8	26	78	6	215	28	13	17	41	1.87
119958430--119958687	80	3.2	78	80	7	275	28	12	17	41	1.86
119958467--119958692	54	4.2	54	80	4	242	27	13	16	42	1.86
119958618--119958713	27	3.6	27	85	2	86	27	12	18	41	1.86
119958429--119958712	81	3.5	80	75	9	272	28	12	17	40	1.86
119960146--119960188	21	2.0	21	95	0	77	27	20	23	27	1.99
119965176--119965464	48	5.9	48	75	8	221	26	27	18	26	1.98
119965179--119965480	146	2.1	143	83	6	367	25	27	20	26	1.99
119965176--119965511	96	3.5	96	79	7	342	26	27	19	26	1.99
119970759--119970915	43	3.7	42	75	10	131	23	18	25	32	1.97
119974893--119975018	36	3.6	34	80	11	132	36	35	11	15	1.85
119982215--119982460	49	4.9	50	82	4	291	27	17	26	28	1.98
119983092--119983478	50	7.7	50	77	5	343	30	26	17	25	1.98
119983096--119983485	150	2.6	151	90	1	631	30	26	17	25	1.97
119983833--119983879	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119986643--119986796	27	5.5	27	78	4	137	33	25	13	27	1.94
119986643--119986796	29	5.5	28	77	6	118	33	25	13	27	1.94
119986643--119986746	55	1.9	55	95	0	190	37	24	12	25	1.91
119990088--119990151	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
119991723--119991854	40	3.3	40	77	5	142	25	25	21	27	1.99
119993602--119993658	23	2.4	24	85	5	80	31	22	17	28	1.97
119993716--119993768	9	5.4	9	75	16	52	39	20	7	32	1.81
119993708--119993774	20	3.3	20	82	0	89	35	22	10	31	1.88
119996999--119997081	31	2.7	31	90	3	134	28	25	15	30	1.96
119997293--119997343	24	2.1	24	85	7	68	29	19	17	33	1.95
119997300--119997368	24	2.8	25	86	4	95	26	23	23	27	2.00
119997398--119997429	16	2.0	16	93	0	55	34	15	18	31	1.93
119998177--119998241	27	2.4	27	82	5	78	21	26	16	35	1.95
119998273--119998516	27	9.0	27	79	6	174	31	7	19	41	1.79
119998301--119998524	54	4.1	54	79	7	215	30	6	20	42	1.77
119998301--119998591	27	10.7	27	80	5	171	31	6	20	40	1.79
119998369--119998623	27	9.4	27	78	3	163	33	6	20	39	1.78
120000834--120000918	31	2.8	31	89	3	129	29	27	15	28	1.96
120002256--120002419	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
120002256--120002453	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
120013045--120013254	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
120018754--120018961	40	5.2	39	82	1	209	25	25	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120018754--120018959	80	2.6	81	84	3	247	24	26	23	25	2.00
120023070--120023223	27	5.5	27	82	4	173	28	14	25	31	1.95
120023120--120023223	55	1.9	55	100	0	208	26	13	24	35	1.92
120030852--120031005	27	5.5	27	82	4	173	28	14	25	31	1.95
120030902--120031005	55	1.9	55	100	0	208	26	13	24	35	1.92
120036186--120036367	39	4.6	39	84	1	213	24	20	30	23	1.99
120041600--120041964	46	7.7	47	74	9	257	25	20	30	23	1.99
120041785--120041960	99	1.8	96	87	6	264	24	20	31	23	1.98
120043367--120043465	40	2.5	40	84	0	126	24	22	26	27	2.00
120044864--120044949	46	1.9	45	88	4	129	30	29	19	20	1.97
120045361--120045420	30	2.0	30	87	6	86	31	25	6	36	1.82
120052314--120052488	46	3.8	46	78	10	221	29	26	21	22	1.99
120052319--120052489	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
120052909--120052968	30	2.0	30	87	6	86	31	25	6	36	1.82
120055340--120055563	47	4.7	48	83	8	237	28	16	31	24	1.96
120063834--120063904	35	2.0	35	91	0	115	32	19	12	35	1.90
120067514--120067586	35	2.1	35	100	0	146	35	5	19	39	1.75
120069980--120070111	29	4.6	29	76	7	117	25	16	34	23	1.96
120078397--120078427	15	2.1	15	100	0	62	54	0	38	6	1.26
120086359--120087138	204	3.8	204	92	3	1222	29	18	22	29	1.97
120087236--120087759	87	6.0	88	74	10	486	31	18	25	25	1.97
120087206--120087751	132	4.2	133	92	2	883	31	17	24	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120087236--120087758	44	12.0	44	75	10	475	31	17	25	25	1.97
120087741--120087765	13	1.9	13	100	0	50	48	16	28	8	1.74
120088213--120088255	22	2.0	22	90	4	70	30	4	30	34	1.78
120088815--120088857	22	2.0	22	86	4	61	41	2	11	44	1.53
120088873--120089025	39	3.9	39	92	2	236	47	3	18	30	1.65
120089546--120089598	2	28.0	2	81	11	67	45	1	1	50	1.23
120094570--120094617	24	2.0	24	95	0	87	22	4	45	27	1.70
120094980--120095025	9	5.0	9	89	2	56	30	15	15	39	1.88
120095500--120095870	27	13.7	27	87	2	460	28	22	8	40	1.83
120095847--120095933	27	3.2	27	79	8	88	40	25	6	27	1.81
120095483--120095933	54	8.4	54	80	5	277	31	22	8	38	1.83
120095739--120095922	81	2.3	81	81	0	206	33	23	7	35	1.83
120095940--120095995	27	2.1	26	83	9	69	37	10	12	39	1.78
120096048--120096113	27	2.5	26	80	11	80	37	19	22	19	1.94
120097358--120097460	20	5.2	20	95	0	188	36	11	18	33	1.87
120097514--120097725	24	9.0	24	89	4	272	28	23	21	26	1.99
120097919--120097982	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
120100808--120101174	27	13.6	28	84	6	395	28	21	8	40	1.83
120101151--120101290	27	5.1	27	72	11	97	41	20	7	30	1.80
120100805--120101174	81	4.6	81	84	4	451	28	21	8	40	1.84
120101043--120101226	81	2.3	81	79	0	188	33	23	7	34	1.84
120101244--120101298	27	2.1	26	83	12	69	38	10	10	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120101351--120101416	27	2.5	26	80	11	80	37	19	22	19	1.94
120102658--120102734	9	7.9	9	70	16	55	36	9	19	35	1.84
120102667--120102738	11	7.1	11	67	17	57	37	12	18	31	1.88
120102656--120102738	20	4.2	20	93	0	148	37	12	18	32	1.87
120102794--120102960	23	7.1	23	92	2	253	28	23	20	26	1.99
120102793--120102982	24	8.0	23	89	5	256	28	23	21	26	1.99
120102792--120102981	71	2.7	70	88	4	283	28	23	21	26	1.99
120102793--120102982	47	4.0	46	87	5	265	28	23	21	26	1.99
120103176--120103239	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
120105224--120105263	18	2.2	18	86	0	53	75	7	12	5	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770