genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  274  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82679838--82679987	37	4.1	37	94	1	257	26	32	20	22	1.98
82679838--82679987	73	2.0	74	93	1	257	26	32	20	22	1.98
82680150--82680570	47	9.0	47	89	0	619	26	29	11	31	1.92
82680150--82680549	94	4.3	94	93	0	683	26	29	12	32	1.93
82685456--82685639	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
82685496--82685684	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
82693549--82693732	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
82693589--82693777	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
82700445--82700493	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
82701315--82701481	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
82705584--82705774	39	4.8	39	79	5	179	23	28	23	24	2.00
82705591--82705774	79	2.3	81	84	6	234	23	27	23	24	2.00
82710288--82710325	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
82715388--82715445	3	19.3	3	100	0	116	65	0	0	34	0.93
82715955--82715993	17	2.4	16	86	4	51	43	0	15	41	1.46
82716747--82716776	14	2.1	14	93	0	51	20	6	10	63	1.47
82719260--82719333	27	2.8	27	83	2	87	16	24	22	36	1.94
82726308--82726457	40	3.8	40	75	15	125	26	24	26	22	2.00
82726345--82726473	40	3.2	40	76	5	129	24	24	27	24	2.00
82733024--82733135	57	2.0	57	82	3	136	40	17	14	27	1.89
82734319--82734469	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
82734356--82734485	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82737306--82737354	19	2.6	19	81	15	57	12	20	42	24	1.86
82737795--82737860	27	2.4	27	82	0	69	18	27	21	33	1.96
82739224--82739399	46	3.8	46	77	12	198	19	21	28	29	1.98
82739221--82739392	93	1.8	93	93	0	299	20	22	29	28	1.98
82742959--82743149	48	4.0	48	78	0	193	34	26	17	21	1.96
82748257--82748464	40	5.3	40	84	6	198	25	27	22	25	2.00
82748257--82748464	80	2.7	78	80	8	219	25	27	22	25	2.00
82752445--82752657	40	5.3	40	89	3	272	26	26	22	24	2.00
82752409--82752652	80	3.1	80	85	4	300	26	26	22	24	2.00
82756636--82756849	40	5.3	40	90	3	281	26	26	22	24	2.00
82756600--82756849	80	3.2	80	85	3	319	26	26	22	24	2.00
82760827--82761040	40	5.3	40	90	3	281	26	26	22	24	2.00
82760791--82761040	80	3.2	80	85	3	319	26	26	22	24	2.00
82765018--82765231	40	5.3	40	90	3	281	26	26	22	24	2.00
82764982--82765231	80	3.2	80	85	3	319	26	26	22	24	2.00
82769518--82769547	15	1.9	16	93	6	53	33	3	6	56	1.42
82773758--82773797	18	2.4	16	87	8	53	2	15	0	82	0.77
82775557--82775587	11	2.8	11	90	0	53	22	32	19	25	1.97
82775467--82775684	112	2.0	110	85	3	294	27	24	15	32	1.96
82778678--82778741	32	2.0	32	93	0	110	51	17	14	17	1.76
82779549--82779582	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
82779647--82779705	30	2.0	30	86	3	84	50	10	5	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82782028--82782132	47	2.2	47	89	5	158	32	23	19	24	1.97
82782230--82782330	50	2.0	50	84	0	130	30	19	6	42	1.78
82783625--82783888	47	5.6	47	70	12	132	24	27	20	28	1.99
82786843--82787050	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
82786869--82787050	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
82794893--82795100	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
82794919--82795100	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
82801887--82802014	49	2.6	49	83	8	138	21	27	21	29	1.98
82808071--82808236	27	6.2	26	87	6	190	18	15	23	42	1.88
82808081--82808236	81	1.9	80	88	1	231	17	16	23	42	1.88
82808236--82808322	27	3.2	27	90	6	140	40	13	17	28	1.88
82811110--82811165	18	3.1	18	74	5	60	42	14	21	21	1.88
82811430--82811473	23	2.0	22	86	13	63	40	18	15	25	1.90
82811516--82811618	27	3.8	26	81	7	100	21	14	18	45	1.85
82811513--82811631	54	2.2	54	83	5	152	20	18	18	42	1.89
82811543--82811631	27	3.3	27	90	3	135	19	17	19	43	1.88
82811660--82811785	27	4.7	27	77	9	116	43	17	11	26	1.84
82812050--82812225	89	2.0	89	93	0	298	28	29	16	25	1.97
82819714--82819905	40	4.8	40	81	9	221	26	28	21	23	1.99
82819705--82819906	79	2.5	80	82	7	241	26	27	21	24	1.99
82822288--82822479	40	4.8	40	80	9	212	26	28	20	24	1.99
82838762--82838951	40	4.8	40	84	1	220	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82838763--82838998	40	5.9	39	79	9	181	27	22	26	24	2.00
82838762--82838993	120	1.9	120	79	5	254	26	21	26	24	2.00
82847576--82847746	41	4.2	41	80	0	180	22	25	17	34	1.96
82851051--82851222	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
82851075--82851258	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
82852344--82852374	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
82855485--82855607	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
82855710--82855786	37	2.1	37	97	2	147	28	18	32	20	1.96
82859202--82859321	31	3.7	31	83	14	154	28	27	16	27	1.97
82859345--82859436	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
82859584--82859653	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
82860619--82860755	27	5.1	27	80	7	138	31	7	19	41	1.79
82860660--82860755	27	3.6	26	86	9	140	30	7	20	41	1.79
82860658--82860788	27	4.9	26	77	14	108	30	10	19	38	1.86
82860775--82860861	26	3.3	26	80	4	95	42	11	18	27	1.85
82860813--82860877	27	2.4	27	89	0	103	44	10	20	24	1.83
82866293--82866500	40	5.2	40	81	2	211	25	26	22	25	2.00
82868782--82868809	12	2.3	12	100	0	56	28	35	21	14	1.92
82870921--82871103	40	4.6	39	78	11	194	24	26	22	26	2.00
82870921--82871103	79	2.3	80	84	10	232	24	26	22	26	2.00
82878247--82878413	40	4.2	40	92	2	284	25	31	21	21	1.98
82878254--82878411	79	2.0	80	94	1	282	26	31	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82886413--82886547	40	3.5	40	89	4	213	24	31	22	22	1.99
82891853--82891893	20	2.1	20	86	4	57	39	9	12	39	1.76
82895038--82895194	40	3.9	40	82	6	201	28	27	20	23	1.99
82906331--82906367	14	2.8	13	88	11	58	21	5	10	62	1.48
82914347--82914429	32	2.6	32	92	0	130	24	18	28	28	1.98
82918551--82918620	27	2.5	28	90	2	106	28	25	15	30	1.96
82929498--82929567	27	2.6	27	90	2	104	28	25	15	30	1.96
82936735--82936938	41	5.0	39	73	6	165	36	16	25	22	1.94
82936735--82936936	82	2.5	83	84	7	254	36	16	25	21	1.94
82940058--82940102	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
82947500--82947838	27	12.7	26	80	6	261	39	19	9	31	1.83
82947502--82947839	54	6.3	53	87	5	344	39	19	9	31	1.83
82947475--82947812	81	4.2	81	78	4	290	39	20	9	31	1.84
82947833--82947938	27	3.9	27	89	0	149	33	20	23	22	1.98
82948085--82948154	25	2.8	25	88	0	95	27	24	21	27	1.99
82948110--82948181	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
82953381--82953481	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
82953410--82953481	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
82961183--82961283	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
82961212--82961283	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
82967023--82967097	29	2.6	29	80	2	87	21	33	17	28	1.96
82975015--82975070	29	1.9	30	88	3	87	23	30	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82976804--82976885	7	11.9	7	78	18	84	1	17	0	81	0.75
82976803--82976886	8	10.9	8	77	19	72	1	16	0	82	0.74
82976805--82976876	6	11.8	6	81	12	69	1	16	0	81	0.75
82982488--82982534	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
82982505--82982583	19	4.2	19	88	9	117	35	17	10	36	1.84
82982505--82982577	36	2.0	38	91	5	123	35	16	10	36	1.84
82982527--82982564	17	2.5	15	87	12	51	34	15	10	39	1.82
82982506--82982593	36	2.4	35	83	14	108	35	17	10	37	1.83
82984696--82984729	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
82998458--82998560	29	3.6	29	80	2	109	21	16	32	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770