genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.343.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  343  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105168703--105168858	66	2.3	68	95	2	280	23	28	14	33	1.94
105168661--105168926	68	3.9	67	83	7	225	21	27	18	33	1.96
105170226--105170301	38	2.0	38	87	5	109	23	22	13	40	1.89
105170255--105170318	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
105170510--105170676	24	7.0	24	91	3	248	26	22	22	28	1.99
105170727--105170786	20	3.0	20	90	0	93	33	16	10	40	1.82
105170829--105170876	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
105182325--105182379	22	2.5	22	71	23	53	47	14	1	36	1.55
105182480--105182528	24	2.0	24	100	0	98	28	30	8	32	1.86
105188908--105188970	28	2.3	28	91	2	101	25	9	23	41	1.85
105190603--105190640	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
105199922--105200037	29	4.1	29	78	4	112	25	33	15	25	1.95
105207483--105207541	30	2.0	30	86	6	84	16	27	35	20	1.94
105219640--105219745	55	1.9	55	84	3	142	17	25	29	27	1.98
105219640--105219779	55	2.5	55	80	2	138	16	27	29	27	1.97
105221819--105221872	25	2.2	25	80	12	58	38	3	1	55	1.28
105226472--105226517	24	2.0	23	86	4	65	23	4	41	30	1.74
105229219--105229270	3	17.3	3	95	0	95	69	0	30	0	0.89
105234371--105234754	38	10.1	38	89	1	588	30	25	23	21	1.99
105236849--105237026	40	4.5	40	86	3	218	24	28	23	23	2.00
105240725--105240854	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
105248680--105248808	40	3.2	40	83	5	165	23	29	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105248696--105248805	39	2.8	40	86	8	145	20	30	26	22	1.99
105250126--105250195	27	2.6	27	90	2	113	31	25	14	28	1.95
105254390--105254558	52	3.3	52	81	9	181	29	13	27	29	1.94
105259748--105259797	25	2.0	25	100	0	100	20	12	32	36	1.89
105261357--105261388	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
105262617--105262664	24	2.0	24	100	0	96	54	20	0	25	1.45
105266067--105266111	22	2.1	21	87	4	63	68	8	6	15	1.36
105269025--105269067	21	2.0	21	82	8	52	34	11	2	51	1.51
105277759--105277811	26	2.1	26	89	3	81	26	16	22	33	1.96
105277859--105277919	21	2.9	21	85	4	88	32	19	11	36	1.88
105277859--105277919	10	5.9	10	77	11	61	32	19	11	36	1.88
105281706--105281805	29	3.4	29	100	0	200	30	15	28	27	1.96
105281706--105281865	29	5.5	30	87	5	188	27	16	30	25	1.96
105281898--105281924	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
105287183--105287291	39	2.8	39	87	0	137	34	23	14	26	1.94
105287351--105287404	27	2.0	27	100	0	108	29	29	18	22	1.97
105295396--105295433	13	2.9	13	96	0	67	31	26	39	2	1.70
105312197--105312246	26	1.9	27	84	8	68	24	16	22	38	1.93
105313735--105313844	26	4.2	26	92	0	175	37	23	5	33	1.78
105323140--105323172	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
105329397--105329494	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
105337057--105337154	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105348099--105348233	27	4.9	28	85	7	170	16	22	22	37	1.93
105348099--105348233	55	2.5	55	86	6	168	16	22	22	37	1.93
105355388--105355496	47	2.3	46	87	7	150	27	29	10	33	1.89
105358050--105358090	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
105363160--105363349	29	6.6	29	84	3	89	25	31	15	26	1.96
105363219--105363349	58	2.3	58	97	0	244	26	29	14	29	1.95
105363190--105363349	87	1.8	87	87	2	241	26	31	15	27	1.95
105371020--105371208	29	6.6	29	85	2	89	25	31	15	26	1.96
105371050--105371208	86	1.8	86	87	2	239	26	31	15	27	1.95
105371079--105371208	57	2.3	58	97	1	244	26	29	14	29	1.95
105373005--105373074	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
105381877--105381933	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
105381855--105381927	19	3.9	17	86	13	92	35	15	10	38	1.82
105381855--105381933	36	2.1	39	90	9	128	35	16	10	37	1.82
105382288--105382395	45	2.4	45	89	1	164	23	28	15	32	1.95
105382473--105383187	205	3.5	205	95	0	1241	28	22	19	30	1.98
105383174--105383266	44	2.1	44	88	4	134	26	24	16	32	1.96
105383241--105383428	43	4.3	43	76	8	166	28	23	18	28	1.98
105383261--105383427	43	3.8	43	78	7	176	27	24	18	29	1.98
105384284--105384329	20	2.4	19	88	3	65	8	13	0	78	0.97
105384286--105384331	14	3.4	14	77	11	51	6	10	0	82	0.83
105384286--105384360	17	4.5	16	75	23	66	4	13	0	82	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105384292--105384349	22	2.6	21	75	24	57	5	12	0	82	0.82
105384286--105384358	8	8.6	8	73	20	60	4	13	0	82	0.81
105389883--105389968	19	4.7	19	92	7	151	37	13	11	37	1.82
105389894--105389950	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
105389883--105389968	36	2.3	36	90	9	138	37	13	11	37	1.82
105395998--105396173	39	4.5	39	93	3	282	23	21	27	26	1.99
105404078--105404243	40	4.2	40	93	0	271	22	21	27	28	1.99
105410260--105410389	49	2.7	47	84	3	170	30	19	27	22	1.98
105424179--105424349	39	4.3	39	91	3	229	25	29	21	24	1.99
105424179--105424402	40	5.7	40	84	6	235	25	28	21	24	1.99
105432027--105432127	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
105439980--105440080	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
105441810--105441895	28	3.0	29	84	3	122	30	29	15	25	1.96
105448155--105448523	48	7.7	49	77	11	182	27	19	28	23	1.99
105448206--105448525	96	3.3	96	81	9	375	27	18	29	24	1.98
105448196--105448525	144	2.3	144	86	3	466	27	18	29	24	1.98
105448196--105448525	48	6.9	47	82	7	328	27	18	29	24	1.98
105459181--105459364	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
105465675--105465763	40	2.2	40	87	0	133	25	28	23	22	1.99
105473411--105473528	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
105473379--105473542	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
105481278--105481445	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105485607--105485655	21	2.3	21	85	3	62	16	34	34	14	1.89
105485971--105486029	18	3.3	18	85	0	64	32	22	18	27	1.97
105485986--105486033	18	2.7	18	90	0	69	39	18	14	27	1.90
105488786--105488843	18	3.4	16	82	15	64	20	0	6	72	1.07
105488978--105489002	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
105494940--105495057	60	2.0	60	81	6	141	38	12	5	44	1.65
105497891--105497943	17	3.0	18	84	13	58	60	0	0	39	0.97
105508794--105508848	3	18.3	3	92	0	92	69	0	30	0	0.89
105511501--105511757	40	6.7	40	85	11	322	26	27	21	24	1.99
105511608--105511750	71	2.0	72	85	6	193	26	25	20	27	1.99
105519659--105519832	38	4.5	38	88	9	221	28	26	18	27	1.98
105524751--105524934	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
105524791--105524979	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
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105531092--105531131	21	2.0	20	85	5	53	35	0	20	45	1.51
105537031--105537140	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
105537031--105537180	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
105544469--105544578	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
105544469--105544618	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
105549828--105549944	6	19.7	6	99	0	227	68	15	0	16	1.22
105552341--105552396	20	2.8	20	100	0	112	35	10	19	33	1.87
105552341--105552396	11	5.5	11	75	16	66	35	10	19	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105552446--105552542	27	3.8	26	90	4	137	26	20	23	28	1.99
105553115--105553149	18	1.9	18	88	0	52	34	25	8	31	1.86
105554557--105554605	18	2.8	18	84	3	55	77	4	4	14	1.06
105554557--105554588	6	5.5	6	96	3	57	84	0	0	15	0.63
105575487--105575672	40	4.7	40	84	5	209	25	25	22	26	2.00
105580457--105580559	29	3.6	29	76	7	102	21	17	32	29	1.96
105585562--105585680	59	2.0	59	96	0	220	31	20	15	32	1.93
105592044--105592126	42	2.0	43	88	7	125	21	19	27	31	1.97
105592046--105592163	43	2.8	42	80	14	111	23	17	27	31	1.97
105598856--105598909	27	2.0	27	100	0	108	44	7	3	44	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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