genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  167  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49459637--49459691	18	3.0	18	80	19	69	76	1	16	5	1.06
49460848--49460930	29	2.9	29	98	0	157	30	15	27	26	1.96
49460844--49460972	59	2.2	58	80	5	145	29	16	30	24	1.96
49466785--49466918	67	2.0	67	100	0	268	34	7	17	40	1.78
49466898--49466994	20	4.8	20	97	0	185	35	11	19	34	1.88
49466910--49466986	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
49467311--49467395	38	2.5	33	85	14	102	36	18	22	22	1.95
49474245--49474275	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
49482740--49482774	16	2.2	16	94	0	61	60	20	11	8	1.57
49482996--49483072	29	2.7	28	84	7	102	23	14	33	28	1.94
49485108--49485243	27	5.1	26	82	5	112	36	20	11	31	1.89
49485192--49485279	27	3.3	27	82	3	88	38	22	6	31	1.81
49486565--49486616	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
49489757--49489924	40	4.2	40	82	0	185	26	26	21	25	1.99
49496583--49496755	27	6.4	27	82	2	141	36	20	9	32	1.86
49502482--49502540	30	2.0	29	86	3	82	30	25	6	37	1.82
49509414--49509583	93	1.8	92	94	1	304	28	28	21	21	1.99
49509409--49509580	46	3.7	46	77	13	201	29	27	20	22	1.99
49509994--49510053	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
49517365--49517507	40	3.5	40	81	6	155	25	23	27	23	2.00
49521153--49521223	25	2.9	25	89	6	101	25	22	25	26	2.00
49521164--49521223	24	2.4	25	91	2	95	23	25	23	28	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49521268--49521337	9	6.9	11	73	18	71	35	18	8	37	1.82
49521268--49521344	20	4.0	20	94	3	131	36	18	7	37	1.80
49521278--49521344	9	7.0	9	75	12	62	37	19	5	37	1.76
49523964--49523996	13	2.5	13	100	0	66	21	27	45	6	1.75
49533287--49533338	16	3.2	16	100	0	104	5	32	38	23	1.78
49533287--49533338	8	6.5	8	75	0	50	5	32	38	23	1.78
49538793--49538894	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
49544988--49545089	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
49546821--49547122	40	7.5	40	78	6	288	25	24	22	27	2.00
49546859--49547122	121	2.2	121	97	0	501	25	25	22	26	2.00
49547828--49547853	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
49551324--49551670	47	7.4	47	91	0	523	33	8	30	27	1.87
49553524--49553795	40	6.8	40	93	0	465	20	22	31	25	1.98
49557345--49557495	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
49557382--49557511	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
49560077--49560707	47	13.4	47	91	0	983	32	8	30	28	1.87
49560077--49560707	94	6.7	94	96	0	1082	32	8	30	28	1.87
49572336--49572374	20	1.9	21	89	5	62	71	0	7	20	1.10
49573428--49573537	49	2.3	48	84	7	134	27	17	29	26	1.97
49573451--49573539	24	3.7	24	86	7	119	29	16	29	24	1.97
49573451--49573563	49	2.3	48	82	13	133	30	15	28	24	1.96
49585964--49586143	40	4.6	40	82	2	159	23	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49585999--49586143	40	3.6	40	85	4	202	24	25	24	26	2.00
49588931--49589061	66	2.0	64	95	2	235	27	22	20	29	1.99
49589945--49590129	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
49589938--49590129	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
49596980--49597159	79	2.3	78	85	4	231	24	21	31	23	1.98
49596979--49597128	39	3.9	39	87	5	216	24	19	32	24	1.98
49596980--49597159	39	4.6	39	85	4	213	24	21	31	23	1.98
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49734587--49734643	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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