Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  189  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
56499394--56499501
26
4.2
26
92
0
180
32
8
24
35
1.85
56501100--56501230
27
4.9
27
82
11
171
18
26
22
32
1.97
56501097--56501230
54
2.5
54
95
1
234
17
26
22
32
1.96
56501099--56501258
81
2.0
79
82
10
191
20
26
20
33
1.97
56502743--56502791
22
2.3
21
75
3
53
51
16
0
32
1.45
56502952--56502997
20
2.2
21
80
7
58
23
6
19
50
1.71
56507539--56507584
20
2.2
21
80
7
58
26
4
17
52
1.63
56509282--56509311
2
15.0
2
100
0
60
50
0
50
0
1.00
56511569--56511612
16
2.6
17
82
7
54
43
0
2
54
1.12
56511565--56511605
14
2.7
16
81
7
50
39
0
2
58
1.11
56512749--56512804
26
2.2
26
93
0
94
28
7
26
37
1.83
56514283--56514334
25
2.0
26
85
3
70
38
23
13
25
1.91
56519768--56519821
26
2.1
26
100
0
108
31
7
25
35
1.84
56521301--56521353
26
2.0
26
85
7
72
37
22
15
24
1.92
56524572--56524738
40
4.2
40
82
2
185
24
26
22
26
2.00
56532991--56533070
41
2.0
41
89
0
124
35
27
22
15
1.94
56538024--56538128
26
4.0
26
96
0
192
37
25
6
30
1.82
56545132--56545239
26
4.2
26
96
0
198
37
25
6
30
1.81
56547604--56547780
31
5.7
31
84
1
239
27
18
27
26
1.98
56554176--56554274
41
2.4
41
82
1
126
32
27
22
18
1.97
56554664--56554715
21
2.5
22
84
9
72
34
3
5
55
1.42
56554700--56554750
4
13.5
4
76
12
54
41
0
1
56
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
56554674--56554754
11
7.7
11
72
22
68
37
1
3
58
1.24
56557759--56557798
21
2.0
20
90
5
62
20
20
40
20
1.92
56558141--56558219
20
4.2
19
81
15
85
35
10
20
34
1.86
56558265--56558388
53
2.4
51
91
4
196
26
24
22
26
2.00
56558265--56558388
26
4.8
26
91
3
180
26
24
22
26
2.00
56565675--56565713
19
2.1
19
85
0
51
71
7
5
15
1.26
56566372--56566436
28
2.3
28
94
0
112
30
7
27
33
1.85
56569078--56569131
12
4.8
12
73
8
51
27
3
0
68
1.06
56569266--56569300
15
2.3
15
90
0
52
42
2
5
48
1.41
56569287--56569354
24
2.8
23
76
8
64
27
10
7
54
1.61
56569287--56569353
23
2.7
23
77
11
62
26
10
7
55
1.60
56569504--56569568
29
2.3
29
76
5
71
33
3
4
58
1.34
56571636--56571771
41
3.3
40
80
7
150
26
14
27
31
1.95
56572881--56573016
65
2.1
65
83
2
166
22
29
26
21
1.99
56574561--56574661
31
2.9
35
81
17
129
22
22
14
39
1.91
56574584--56574665
31
2.6
31
98
0
155
24
20
13
41
1.88
56574853--56574995
24
6.0
24
91
4
209
26
22
22
28
1.99
56574853--56574994
47
3.0
48
90
5
207
26
22
22
28
1.99
56574852--56574995
71
2.0
72
89
4
220
26
22
22
29
1.99
56575046--56575105
20
3.0
20
90
0
102
33
20
11
35
1.88
56575148--56575195
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
56576435--56576780
27
12.8
27
87
3
401
40
8
22
28
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
56576730--56576956
27
8.4
27
82
7
178
31
8
21
38
1.84
56576776--56576961
81
2.3
82
84
3
225
30
8
21
39
1.83
56576830--56576961
27
4.9
27
93
0
210
31
7
20
40
1.80
56579764--56579823
30
2.0
31
93
3
104
25
23
15
36
1.93
56580027--56580169
24
6.0
24
92
4
218
26
22
22
28
1.99
56580219--56580272
11
5.4
11
70
20
55
31
20
11
37
1.88
56580219--56580277
19
3.0
20
95
5
111
33
20
10
35
1.86
56580320--56580367
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
56581595--56581935
27
12.9
27
84
7
333
40
8
22
28
1.83
56581596--56581935
54
6.4
54
83
6
383
40
8
22
28
1.83
56581595--56581935
81
4.3
82
82
9
368
40
8
22
28
1.83
56581986--56582075
25
3.5
26
88
7
132
33
6
20
40
1.78
56581986--56582090
25
4.2
25
83
9
117
32
5
18
43
1.73
56581986--56582079
51
1.9
50
87
10
140
32
6
19
41
1.76
56591562--56591706
40
3.6
40
86
4
202
22
26
25
25
2.00
56598011--56598142
40
3.3
39
82
10
133
28
25
18
27
1.98
56598071--56598158
40
2.2
40
89
0
131
28
22
18
30
1.97
56601505--56601684
40
4.5
40
88
2
247
25
21
26
27
1.99
56603134--56603221
27
3.3
27
88
0
131
27
22
9
40
1.84
56603238--56603354
27
4.4
27
77
7
105
39
22
9
29
1.85
56603257--56603393
27
5.1
27
77
9
129
41
21
7
29
1.80
56603227--56603378
80
1.9
80
82
10
195
40
21
9
28
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
56603335--56603442
27
3.9
27
77
13
103
41
18
8
31
1.80
56604368--56604437
25
2.8
25
95
0
122
25
25
24
24
2.00
56604657--56604740
31
2.8
31
94
3
145
29
16
26
27
1.97
56606512--56606574
33
1.9
33
84
12
85
33
19
25
22
1.97
56637730--56637878
39
3.8
40
84
0
131
24
29
22
23
1.99
56637766--56637879
39
2.9
39
86
1
147
23
29
21
24
1.99
56648770--56648823
18
2.9
18
75
5
54
61
3
5
29
1.36
56651748--56651911
40
4.1
40
82
6
188
25
20
28
26
1.99
56651748--56651925
80
2.2
80
83
4
209
25
20
27
25
1.99
56659867--56660030
40
4.1
40
82
6
188
25
20
28
26
1.99
56659867--56660044
80
2.2
80
83
4
209
25
20
27
25
1.99
56662518--56662581
31
2.1
31
88
5
94
23
23
14
39
1.91
56662790--56662898
25
4.4
25
81
7
116
28
21
21
29
1.98
56662946--56663012
20
3.3
20
95
4
118
35
19
10
34
1.86
56662932--56663012
40
2.0
39
84
13
103
35
18
11
34
1.86
56662946--56663001
11
5.5
11
75
16
66
33
19
10
35
1.87
56665884--56666178
47
6.3
47
94
0
482
28
29
9
32
1.89
56675286--56675349
31
2.1
31
93
0
110
23
23
15
37
1.93
56675558--56675665
25
4.4
25
83
5
123
28
23
20
27
1.99
56675557--56675665
50
2.2
48
83
8
139
28
22
20
28
1.99
56675709--56675778
20
3.6
19
86
7
97
37
21
8
32
1.84
56675713--56675769
11
5.6
11
70
19
52
36
21
8
33
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
56680150--56680195
20
2.3
20
84
0
56
47
19
13
19
1.81
56683952--56684015
31
2.1
31
90
0
101
23
25
15
35
1.94
56684221--56684349
24
5.4
24
94
2
206
26
22
21
29
1.99
56684221--56684348
47
2.7
48
92
3
204
26
22
21
28
1.99
56684399--56684439
20
2.0
20
95
0
73
36
17
9
36
1.82
56684482--56684529
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
56686498--56686772
48
5.7
48
85
1
338
29
29
15
25
1.96
56686498--56686810
96
3.3
96
84
3
355
29
29
15
25
1.96
56687027--56687055
14
2.0
15
93
6
51
41
13
6
37
1.72
56689267--56689291
13
1.9
13
100
0
50
0
32
28
40
1.57
56690370--56690400
10
3.1
10
100
0
62
32
29
0
38
1.57
56691112--56691349
38
6.2
38
86
1
323
30
24
22
22
1.99
56691111--56691349
116
2.1
115
88
1
345
30
24
23
22
1.99
56695854--56695915
15
4.1
15
79
4
63
58
16
12
12
1.64
56695891--56695921
15
2.1
15
93
0
53
58
19
9
12
1.62
56698036--56698114
29
2.7
29
86
5
106
27
32
15
24
1.95
56704370--56704554
40
4.7
40
85
6
234
27
26
21
24
1.99
56704370--56704554
80
2.3
80
87
6
261
27
26
21
24
1.99
56710687--56710756
27
2.5
28
93
2
115
28
15
27
28
1.96
56710711--56710768
27
2.1
27
81
6
64
31
17
22
29
1.96
56714270--56714455
40
4.7
40
89
5
261
26
27
21
24
1.99
56719082--56719160
29
2.7
29
86
5
106
27
32
15
24
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
56725151--56725179
14
2.1
14
93
6
51
48
20
0
31
1.50
56725919--56726026
40
2.7
40
76
2
92
27
29
16
25
1.97
56733496--56733528
16
2.1
16
100
0
66
24
18
9
48
1.76
56734443--56734700
131
2.0
130
96
0
471
33
14
18
33
1.91
56735623--56735650
14
2.0
14
100
0
56
50
7
0
42
1.30
56736121--56736190
27
2.5
28
97
2
133
28
12
27
31
1.93
56743553--56743580
14
2.0
14
100
0
56
50
7
0
42
1.30
56744055--56744124
27
2.5
28
97
2
133
28
12
27
31
1.93
56746588--56746616
14
2.1
14
93
6
51
48
20
0
31
1.50
56748287--56748368
24
3.4
23
85
6
101
32
23
17
26
1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770