genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.298.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  298  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90927283--90927488	80	2.6	81	83	3	238	24	25	22	27	2.00
90929632--90929692	30	2.0	30	87	0	86	37	8	24	29	1.84
90930426--90930609	67	2.8	64	79	8	203	29	16	30	22	1.96
90932796--90932921	40	3.2	40	87	0	180	26	26	23	23	2.00
90939029--90939190	84	1.9	85	82	3	202	27	17	25	30	1.97
90942230--90942330	47	2.1	48	90	7	170	32	12	11	42	1.80
90943118--90943276	45	3.6	45	83	3	198	23	20	28	27	1.99
90950747--90950951	27	7.6	27	82	6	218	29	21	8	40	1.83
90950747--90950953	81	2.5	80	86	4	272	29	22	8	39	1.83
90950856--90951032	54	3.3	53	82	4	176	37	22	6	33	1.81
90950939--90951071	27	4.9	27	85	1	160	41	22	8	27	1.82
90950747--90950980	81	2.9	81	83	3	222	31	22	8	38	1.83
90950728--90950988	81	3.2	81	80	4	197	32	22	7	36	1.83
90950944--90951088	27	5.4	27	81	6	109	42	21	10	26	1.85
90952930--90953025	47	2.0	47	93	0	165	30	13	12	43	1.81
90953832--90954003	45	3.9	44	87	6	217	24	19	28	27	1.99
90955721--90955796	33	2.3	34	82	8	86	30	25	22	22	1.99
90959732--90959865	56	2.4	56	82	5	171	36	26	8	28	1.86
90963060--90963111	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
90963764--90963882	27	4.4	27	84	4	150	24	21	18	36	1.95
90969470--90969685	40	5.4	40	83	4	195	24	20	27	27	1.99
90969462--90969685	80	2.8	80	78	4	227	24	20	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90977187--90977302	48	2.4	48	89	1	180	35	8	26	29	1.86
90977461--90977541	37	2.2	37	93	0	135	20	22	32	24	1.98
90981337--90981552	40	5.4	40	82	4	177	25	21	27	25	2.00
90981330--90981589	80	3.3	80	77	8	264	24	21	26	26	2.00
90983741--90983841	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
90987500--90987551	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
90988203--90988318	27	4.3	27	83	0	142	25	19	19	35	1.96
90994374--90994424	26	2.0	26	88	0	75	33	21	27	17	1.96
91001708--91001786	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
91002885--91002922	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
91007945--91007982	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
91013664--91013881	40	5.5	40	87	2	262	25	22	26	25	2.00
91016747--91016847	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
91016776--91016851	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
91023566--91023666	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
91023595--91023670	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
91029622--91029893	27	10.3	26	81	8	273	38	20	9	31	1.85
91029633--91029893	79	3.3	79	84	8	341	38	19	9	32	1.83
91029874--91029993	27	4.4	27	83	4	134	39	14	17	29	1.89
91030431--91030494	32	2.0	32	81	0	74	29	21	18	29	1.97
91033450--91033509	20	3.2	20	77	15	56	13	28	38	20	1.90
91033958--91034244	27	10.9	26	80	5	308	37	19	11	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91033947--91034326	27	14.3	26	78	7	264	38	19	11	29	1.87
91033947--91034244	79	3.8	78	84	3	355	37	20	11	30	1.87
91034227--91034339	27	4.2	27	87	0	145	44	16	13	25	1.84
91041831--91041855	11	2.3	11	100	0	50	32	24	12	32	1.91
91054865--91054963	42	2.3	42	81	8	112	30	24	19	26	1.98
91054846--91055010	43	3.8	43	77	4	154	30	25	20	24	1.98
91059448--91059529	28	2.9	27	80	7	92	25	28	14	31	1.95
91062881--91063084	40	5.1	40	82	4	232	24	20	26	27	1.99
91066461--91066573	43	2.6	43	84	5	140	32	25	14	27	1.94
91071866--91071894	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
91073053--91073117	28	2.3	28	83	0	85	16	15	40	27	1.89
91073434--91073498	27	2.4	27	85	14	98	41	15	9	33	1.79
91074912--91075054	40	3.6	40	88	2	191	25	27	21	25	1.99
91087864--91088071	40	5.2	40	79	4	163	25	26	21	26	1.99
91094791--91094917	63	2.0	63	85	0	173	21	17	32	29	1.96
91097122--91097223	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
91105007--91105108	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
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91108678--91108844	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
91109668--91109713	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
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91116703--91116745	16	2.4	18	88	11	63	4	0	32	62	1.15
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91118634--91118797	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
91133078--91133103	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
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91141963--91142115	81	1.9	81	86	5	220	30	9	19	40	1.83
91141992--91142115	27	4.6	27	85	2	169	30	7	20	41	1.79
91142099--91142169	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
91141992--91142115	54	2.3	54	92	0	203	30	7	20	41	1.79
91141989--91142142	81	1.9	81	79	2	175	31	7	21	38	1.82
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91146091--91146241	54	2.8	54	85	2	151	29	8	19	41	1.81
91146089--91146241	81	1.9	81	86	5	220	30	8	19	41	1.81
91146118--91146241	27	4.6	27	84	2	160	30	6	20	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91146118--91146243	54	2.3	54	90	0	180	30	7	19	42	1.78
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91156151--91156195	22	2.1	21	83	4	54	22	33	0	44	1.53
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91160953--91161034	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
91168876--91168945	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
91168876--91168957	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
91172103--91172183	42	1.9	42	84	0	108	24	20	20	33	1.97
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91181054--91181098	19	2.3	20	88	3	65	42	2	8	46	1.47
91181101--91181150	20	2.5	21	77	6	59	64	0	2	34	1.05
91186852--91186881	15	2.0	15	93	0	51	20	0	23	56	1.42
91187481--91187593	41	2.7	43	79	4	122	24	17	27	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91191810--91191916	40	2.7	41	77	9	114	25	28	22	23	1.99
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91193548--91193698	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
91197043--91197091	19	2.3	21	86	13	66	55	0	0	44	0.99
91197160--91197228	9	7.2	9	76	11	57	69	2	0	27	1.02
91197166--91197210	20	2.3	19	88	7	72	68	2	0	28	1.01
91197153--91197240	29	3.1	28	85	4	113	63	3	0	32	1.11
91197083--91197371	156	1.9	152	82	7	368	57	3	2	36	1.30
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91197346--91197417	35	2.1	34	89	5	110	59	0	0	40	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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