Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  53  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15341695--15341821
35
3.6
33
73
10
85
40
30
9
18
1.83
15344015--15344072
25
2.3
25
76
5
64
58
3
6
31
1.41
15344146--15344203
14
4.4
13
79
14
57
72
1
3
22
1.09
15344146--15344203
9
6.6
9
72
16
50
72
1
3
22
1.09
15344146--15344203
4
13.2
4
76
16
53
72
1
3
22
1.09
15344152--15344245
33
2.9
32
84
12
88
65
2
3
28
1.19
15344144--15344215
26
2.9
25
76
17
69
69
1
2
26
1.10
15344143--15344249
8
12.8
8
73
16
58
66
1
2
28
1.16
15344188--15344258
33
2.2
33
100
0
142
60
2
4
32
1.30
15347124--15347156
17
2.0
17
88
5
50
57
0
3
39
1.14
15349970--15350000
16
1.9
16
100
0
62
74
0
6
19
1.03
15354332--15354389
22
2.6
23
81
10
75
36
20
25
17
1.94
15354713--15354750
16
2.5
15
84
16
51
44
18
0
36
1.50
15360558--15360642
40
2.2
39
86
2
116
23
17
29
29
1.97
15365027--15365067
9
4.8
9
77
22
52
36
12
9
41
1.76
15365240--15365360
23
5.2
23
74
16
72
35
17
23
23
1.95
15368239--15368308
36
1.9
36
91
5
115
51
10
8
30
1.65
15371694--15371803
25
4.4
25
82
1
123
30
20
28
20
1.97
15374774--15374866
25
3.7
25
73
2
80
25
22
22
29
1.99
15379089--15379211
42
2.9
42
83
7
153
22
25
32
19
1.97
15381398--15381450
24
2.2
24
86
0
70
50
7
3
37
1.49
15381756--15381831
25
3.0
25
98
0
143
36
32
7
22
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15382941--15382984
10
4.4
10
79
0
52
63
2
9
25
1.35
15389293--15389334
3
14.0
3
84
0
57
30
2
4
61
1.29
15391214--15391260
23
2.0
23
100
0
94
25
12
29
31
1.93
15396715--15396801
3
29.3
3
85
9
108
26
3
1
68
1.12
15403848--15404100
44
5.6
44
74
10
188
32
20
19
27
1.97
15403847--15404030
95
1.9
95
83
4
237
35
21
17
26
1.95
15403933--15404333
44
9.0
44
73
7
180
33
17
20
28
1.96
15404168--15404333
89
1.9
88
84
1
224
34
16
19
28
1.94
15406742--15406771
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
15410015--15410055
14
2.9
14
96
0
73
21
17
0
60
1.35
15410006--15410063
14
4.1
14
80
10
55
29
13
0
56
1.38
15410387--15410441
16
3.4
16
78
9
67
36
9
25
29
1.87
15413058--15413239
86
2.1
86
87
4
260
19
24
34
21
1.97
15424468--15424509
16
2.7
15
89
7
66
64
7
0
28
1.20
15424492--15424546
29
1.9
28
85
10
76
58
1
5
34
1.32
15424490--15424551
29
2.2
27
78
13
72
56
1
4
37
1.30
15431893--15431971
12
6.7
12
88
1
106
17
5
0
77
0.95
15431902--15431971
6
11.8
6
90
3
106
17
4
0
78
0.90
15431893--15431971
18
4.4
18
91
1
124
17
5
0
77
0.95
15437331--15437355
13
1.9
13
100
0
50
28
24
24
24
2.00
15445505--15445538
18
1.9
18
88
5
52
14
35
32
17
1.91
15449341--15449374
16
2.2
16
89
5
52
35
0
0
64
0.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15449339--15449389
27
2.0
26
85
11
70
33
1
0
64
1.05
15451689--15451723
17
2.1
17
88
0
52
37
2
8
51
1.47
15460900--15460929
14
2.1
14
100
0
60
66
0
13
20
1.24
15466051--15466094
21
2.1
21
91
0
70
6
20
0
72
1.07
15470109--15470335
62
3.6
62
79
4
190
18
25
27
28
1.98
15470178--15470359
63
2.9
63
83
2
206
22
26
23
26
2.00
15472532--15472664
26
5.2
26
93
1
232
32
7
24
36
1.83
15472532--15472664
51
2.6
52
96
1
241
32
7
24
36
1.83
15479551--15479658
26
4.2
26
93
0
189
32
7
24
36
1.83
15482702--15482865
57
2.9
57
88
1
231
28
6
15
50
1.68
15484315--15484626
46
7.0
46
86
7
387
22
23
15
38
1.92
15484539--15484614
38
2.0
38
94
5
136
22
26
18
32
1.97
15486761--15486812
11
4.7
11
76
9
52
63
3
0
32
1.12
15488473--15489268
421
1.9
417
86
3
1123
34
19
14
31
1.92
15490679--15490751
25
2.9
25
80
6
85
16
24
24
34
1.95
15490777--15490857
24
3.3
24
78
11
85
18
25
19
35
1.95
15490848--15490914
25
2.7
25
75
9
73
26
23
14
34
1.94
15494270--15494295
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
15496914--15496961
26
1.9
26
83
8
64
50
2
4
43
1.33
15497120--15497185
3
22.0
3
100
0
132
66
0
0
33
0.92
15501604--15501631
14
2.0
14
100
0
56
71
0
0
28
0.86
15503402--15503620
46
4.7
46
78
15
225
22
29
20
27
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15503402--15503623
94
2.4
93
82
10
258
22
29
20
27
1.98
15514289--15514495
46
4.4
47
76
12
178
24
29
18
28
1.98
15519926--15519990
3
21.7
3
100
0
130
67
0
0
32
0.91
15528944--15529007
32
2.0
32
82
11
78
48
0
4
46
1.23
15529084--15529113
2
15.5
2
93
6
53
50
0
0
50
1.00
15531107--15531154
19
2.7
18
87
6
62
33
12
12
41
1.80
15530971--15531266
18
16.1
18
74
8
175
35
12
15
36
1.85
15531361--15531403
17
2.5
17
100
0
86
30
9
18
41
1.82
15532975--15533012
20
1.9
20
94
0
67
47
0
7
44
1.32
15540684--15540719
2
18.0
2
94
0
63
47
0
2
50
1.15
15540862--15541005
72
2.0
72
100
0
288
38
11
12
37
1.79
15541099--15541163
29
2.2
30
86
5
87
43
12
7
36
1.71
15543927--15543972
21
2.2
21
84
3
67
47
6
4
41
1.49
15543937--15543998
21
2.9
22
83
9
67
58
3
4
33
1.36
15543965--15544021
28
2.0
29
83
10
73
61
1
1
35
1.17
15548183--15548392
92
2.3
93
79
8
232
24
30
15
29
1.96
15548177--15548395
46
4.7
46
77
12
182
24
30
16
28
1.96
15552082--15552129
24
2.0
25
87
4
71
50
2
14
33
1.55
15557282--15557337
21
2.7
21
88
0
85
26
8
37
26
1.86
15562295--15562331
18
2.1
18
89
0
56
62
0
2
35
1.10
15568107--15568172
31
2.1
31
83
10
82
63
3
3
30
1.24
15568060--15568188
5
27.6
5
65
18
55
64
2
3
30
1.21
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15568219--15568281
16
3.7
16
76
15
63
61
1
4
31
1.26
15569801--15570062
83
3.1
83
88
0
362
28
19
18
33
1.96
15569986--15570585
119
5.0
119
89
2
916
29
19
17
33
1.94
15569986--15570580
241
2.5
238
90
1
942
29
19
16
33
1.94
15579110--15579401
24
12.1
24
84
11
366
21
18
25
34
1.96
15579181--15579223
10
4.2
10
77
16
52
20
18
30
30
1.97
15579191--15579388
68
2.9
69
90
8
289
21
18
25
34
1.96
15579108--15579395
92
3.0
94
87
9
372
21
18
25
34
1.96
15587165--15587502
24
14.1
24
96
0
588
20
18
25
36
1.95
15597858--15597978
43
2.8
44
74
9
124
28
18
23
30
1.97
15605326--15605478
43
3.6
43
76
5
139
26
16
25
31
1.96
15606398--15606426
14
2.0
15
93
6
51
27
0
20
51
1.47
15613672--15613839
49
3.4
49
76
6
194
30
25
17
26
1.97
15613662--15613844
100
1.8
100
93
0
321
30
24
18
26
1.98
15618683--15618825
40
3.6
40
85
3
180
25
26
20
27
1.99
15618654--15618825
40
4.3
40
81
5
179
26
26
19
27
1.99
15620589--15620632
14
3.1
14
100
0
88
13
27
29
29
1.94
15622735--15622919
40
4.7
40
82
6
207
26
21
24
27
1.99
15622735--15622952
80
2.8
80
78
10
191
27
21
24
26
1.99
15630273--15630455
40
4.6
40
87
5
237
24
20
27
26
1.99
15634496--15634538
21
2.1
21
83
12
54
41
2
0
55
1.12
15635590--15635653
9
6.8
9
75
7
56
25
4
1
68
1.17
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15638362--15638431
21
3.4
21
79
16
67
55
0
4
40
1.19
15638382--15638462
21
3.9
21
78
13
69
58
1
1
39
1.14
15638895--15638975
31
2.7
30
82
3
108
48
13
6
32
1.67
15642396--15642551
43
3.7
42
77
8
138
26
18
26
28
1.98
15652426--15652523
40
2.5
40
91
3
153
47
8
18
25
1.76
15656384--15656424
20
2.0
20
90
0
64
29
4
9
56
1.53
15660360--15660531
93
1.8
93
93
0
299
27
28
20
23
1.99
15660352--15660527
46
3.8
46
78
10
205
28
27
20
23
1.99
15660403--15660546
46
3.1
44
71
21
116
29
28
20
22
1.98
15660938--15660969
16
1.9
17
93
6
57
37
6
12
43
1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770