genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.165.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  165  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48808067--48808130	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
48808164--48808314	27	5.6	27	72	10	103	28	8	21	41	1.83
48808164--48808294	54	2.4	54	80	0	136	30	9	19	40	1.83
48808346--48808437	27	3.4	27	90	0	139	36	7	27	28	1.84
48808346--48808448	27	3.8	27	86	0	107	34	7	26	31	1.85
48812801--48812935	43	3.1	41	86	6	164	25	27	18	28	1.98
48815953--48816181	126	1.8	127	83	2	309	35	15	15	33	1.89
48818523--48818575	3	17.7	3	92	0	88	67	28	0	3	1.07
48818521--48818584	6	10.7	6	94	0	65	67	23	0	9	1.20
48820944--48821046	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
48826192--48826335	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
48826193--48826375	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
48829623--48829761	40	3.5	40	86	4	176	24	30	21	23	1.99
48837644--48837782	40	3.5	40	86	4	176	24	30	21	23	1.99
48843634--48843801	40	4.2	40	82	3	178	24	27	22	25	2.00
48846742--48846844	29	3.6	29	89	2	145	27	15	31	26	1.96
48851186--48851246	29	2.1	28	96	3	113	26	21	27	24	1.99
48854633--48854657	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
48857608--48857671	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
48857886--48858027	23	6.1	23	94	0	239	30	22	20	26	1.98
48858078--48858144	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
48858181--48858228	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48865761--48865824	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
48867007--48867184	46	3.9	46	93	0	284	24	30	8	35	1.86
48867208--48867546	47	7.1	47	94	2	579	25	27	12	34	1.92
48867258--48867375	22	5.1	22	63	25	64	25	28	13	32	1.94
48867208--48867546	145	2.4	141	92	3	579	25	27	12	34	1.92
48867403--48867525	22	5.3	22	63	30	60	23	28	14	33	1.94
48870804--48870970	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
48870804--48870970	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
48871796--48871841	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
48873675--48873793	23	5.1	23	95	1	202	30	22	21	26	1.99
48873844--48873910	20	3.3	20	87	0	98	32	23	11	31	1.91
48873947--48873994	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
48877257--48877401	40	3.7	40	86	3	204	25	27	24	22	2.00
48877894--48877932	20	2.0	20	100	0	78	38	20	5	35	1.75
48885320--48885565	40	6.2	39	81	4	208	25	27	23	23	2.00
48885343--48885521	79	2.2	80	84	1	225	26	26	23	24	2.00
48885343--48885567	79	2.8	79	80	5	213	25	27	23	24	2.00
48887583--48887735	42	3.7	42	92	3	265	24	20	22	32	1.98
48887585--48887784	42	4.9	38	81	8	130	23	20	24	32	1.98
48887583--48887777	82	2.4	82	90	3	304	23	20	23	32	1.98
48892348--48892465	49	2.4	49	81	5	132	31	20	24	23	1.98
48899514--48899590	25	3.2	25	63	17	63	31	11	29	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48899500--48899694	47	4.1	47	87	1	266	31	11	29	27	1.92
48899505--48899742	94	2.5	94	81	6	286	32	10	28	27	1.90
48899664--48900271	48	12.7	48	92	0	1000	35	6	25	31	1.82
48900316--48900423	37	2.9	37	91	0	171	23	18	33	25	1.97
48918289--48918497	55	3.9	53	80	6	224	22	24	17	35	1.95
48918289--48918489	108	1.8	110	89	4	318	22	24	17	35	1.95
48926116--48926340	124	1.8	124	85	1	317	30	11	23	34	1.90
48926335--48926464	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
48926297--48926464	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
48934145--48934369	124	1.8	124	86	1	326	30	10	23	35	1.89
48934364--48934493	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
48934326--48934493	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
48936692--48936890	39	5.1	39	90	0	290	23	22	28	25	1.99
48941109--48941139	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
48941106--48941145	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
48941368--48941584	55	4.0	54	80	6	242	22	24	15	37	1.93
48949117--48949185	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
48950805--48950842	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
48954954--48955022	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
48956653--48956690	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
48957138--48957194	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
48957136--48957206	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48957147--48957201	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
48957253--48957325	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
48957252--48957346	24	4.0	24	89	6	140	28	21	22	28	1.99
48961223--48962031	402	2.0	403	94	0	1404	37	20	11	30	1.88
48974547--48974728	41	4.5	41	76	12	185	21	21	29	26	1.99
48979646--48979817	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
48979639--48979814	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
48987238--48987397	46	3.5	46	78	14	193	28	29	20	21	1.98
48987273--48987416	46	3.1	44	76	15	141	29	28	20	22	1.98
48992855--48992999	40	3.6	40	81	7	170	28	24	22	24	1.99
48995371--48995408	17	2.2	17	100	0	76	23	28	23	23	1.99
49000932--49001076	40	3.6	40	83	7	188	27	25	22	24	2.00
49006129--49006295	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
49006145--49006293	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
49014085--49014252	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
49014101--49014250	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
49016974--49017007	17	2.0	17	100	0	68	52	0	17	29	1.45
49024924--49025182	68	3.9	64	76	14	233	30	16	29	24	1.96
49029327--49029493	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
49037314--49037480	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
49042782--49042848	20	3.3	20	89	0	98	31	13	22	32	1.92
49042899--49042994	47	2.1	47	96	2	176	28	20	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49042898--49043015	23	5.0	24	91	5	179	27	21	22	28	1.99
49043209--49043272	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
49050891--49050957	20	3.3	20	76	0	80	32	11	19	35	1.88
49051008--49051080	23	3.1	23	92	3	119	28	19	20	31	1.97
49051007--49051101	24	4.0	24	86	6	131	28	20	22	29	1.98
49051295--49051358	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
49052779--49052904	59	2.1	59	92	2	209	19	14	31	34	1.92
49055472--49055536	28	2.3	28	86	0	94	38	9	23	29	1.85
49055608--49055830	39	5.7	39	92	1	349	17	21	30	30	1.97
49061975--49062039	28	2.3	28	89	0	103	40	9	21	29	1.84
49062112--49062333	39	5.7	39	90	2	331	18	21	28	31	1.97
49064963--49065048	40	2.2	40	91	0	136	24	15	27	32	1.95
49066756--49066803	24	2.0	24	100	0	96	29	20	20	29	1.98
49066896--49067084	54	3.5	54	82	7	215	35	19	23	21	1.95
49073917--49073994	37	2.1	37	95	0	138	28	17	32	21	1.96
49084870--49084931	31	2.0	31	96	0	115	59	3	4	32	1.34
49092167--49092310	40	3.6	40	87	5	202	25	22	26	26	2.00
49092205--49092353	40	3.8	40	84	2	140	26	20	27	24	1.99
49100490--49100665	40	4.4	40	88	2	219	26	22	27	24	2.00
49106297--49106329	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
49110181--49110306	46	2.7	46	96	0	225	20	22	27	29	1.98
49113789--49113894	6	19.8	5	78	18	83	20	3	0	75	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49113788--49113850	15	4.2	15	80	11	76	19	1	0	79	0.82
49113788--49113893	23	4.7	23	74	12	87	20	3	0	75	0.96
49114023--49114087	31	2.1	31	100	0	130	38	12	24	24	1.90
49116836--49116868	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
49117469--49117557	44	2.0	44	97	0	169	41	7	15	34	1.76
49117659--49117781	60	2.0	60	95	0	219	34	4	26	34	1.78
49147942--49147986	7	6.9	7	84	5	51	71	0	4	24	1.05
49150747--49151052	151	2.0	151	100	0	612	42	19	15	21	1.89
49151339--49151501	39	4.2	39	87	0	236	23	31	20	23	1.98
49159285--49159447	39	4.2	39	87	0	236	23	32	20	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770