genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.657.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  657  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206479056--206479157	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
206486943--206487044	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
206493956--206494023	27	2.5	28	90	7	113	44	26	10	19	1.82
206500684--206500850	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
206500700--206500850	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
206509457--206509532	22	3.3	22	67	16	64	30	10	31	27	1.90
206509435--206509607	47	3.7	47	93	0	283	32	6	31	28	1.84
206509449--206509521	25	3.0	25	66	18	73	31	8	30	30	1.86
206512081--206512419	43	7.9	43	94	0	570	11	24	33	30	1.91
206512588--206512746	29	5.5	28	68	10	106	23	20	27	28	1.99
206512585--206512750	58	2.9	58	93	0	280	24	19	27	28	1.99
206516689--206516761	35	2.1	35	100	0	146	35	5	19	39	1.75
206527769--206527935	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
206528756--206528801	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
206535768--206535934	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
206535784--206535934	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
206536755--206536800	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
206541456--206541563	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
206543028--206543090	26	2.4	27	84	7	85	31	22	14	31	1.93
206543193--206543332	27	5.2	27	84	10	189	17	25	22	34	1.96
206543190--206543332	54	2.7	54	95	1	252	17	25	23	34	1.96
206551104--206551350	40	6.2	40	89	2	356	22	21	29	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206551104--206551350	79	3.1	80	90	2	356	22	21	29	26	1.99
206551104--206551350	119	2.1	120	88	3	365	22	21	29	26	1.99
206552960--206553067	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
206554801--206555008	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
206554901--206555008	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
206562903--206563109	79	2.6	79	77	8	188	23	29	23	22	1.99
206563003--206563109	40	2.7	39	86	1	133	21	29	25	23	1.99
206562972--206563115	39	3.7	40	82	1	139	23	28	23	24	2.00
206566106--206566261	27	5.8	26	78	10	154	21	24	19	34	1.96
206566100--206566242	54	2.6	54	88	2	207	20	24	20	34	1.96
206566103--206566261	81	2.0	80	81	8	189	21	24	19	34	1.96
206568139--206568165	7	3.9	7	100	0	54	14	55	0	29	1.40
206568138--206568172	14	2.5	14	85	0	52	20	48	0	31	1.50
206571146--206571218	29	2.5	29	88	4	103	26	24	17	31	1.97
206571232--206571276	15	3.0	15	96	0	81	20	40	17	22	1.92
206579212--206579284	29	2.5	29	88	4	103	26	24	17	31	1.97
206579298--206579342	15	3.0	15	96	0	81	20	40	17	22	1.92
206581321--206581361	21	2.0	21	100	0	82	29	21	9	39	1.86
206583807--206583974	55	3.1	53	77	10	151	35	17	26	20	1.95
206586626--206586952	49	6.8	49	93	2	509	32	7	30	29	1.85
206588362--206588632	40	6.8	40	93	0	445	26	19	27	26	1.99
206592042--206592206	71	2.3	72	98	1	323	19	27	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206592042--206592240	71	2.8	70	90	4	251	21	28	17	33	1.95
206603276--206603460	40	4.6	40	80	5	180	26	23	27	22	2.00
206603276--206603463	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
206612263--206612426	40	4.1	40	78	6	179	25	21	27	25	2.00
206613247--206613297	22	2.3	22	96	0	93	43	11	25	19	1.85
206613861--206613899	20	2.0	20	89	0	60	38	12	10	38	1.78
206614052--206614170	24	5.1	22	76	13	89	36	20	21	21	1.96
206618650--206618867	40	5.5	40	88	2	289	22	21	28	27	1.99
206621221--206621430	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
206629356--206629563	40	5.2	40	87	3	287	21	28	24	25	1.99
206633628--206633735	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
206638345--206638386	20	2.1	20	86	0	57	50	7	7	35	1.57
206643895--206644098	53	3.8	53	77	4	185	37	17	23	21	1.94
206644188--206644219	16	2.0	16	93	0	55	53	25	0	21	1.46
206645442--206645472	16	1.9	16	93	0	53	45	22	19	12	1.84
206645705--206645804	29	3.5	29	79	1	112	26	17	29	28	1.97
206649279--206649393	29	4.0	28	78	8	115	28	15	27	27	1.96
206658939--206659079	46	3.0	45	76	20	123	28	29	19	21	1.98
206661421--206661480	14	4.3	14	71	14	52	61	13	15	10	1.56
206661421--206661497	15	5.4	15	75	16	74	59	12	16	10	1.60
206661432--206661506	15	5.2	15	72	15	68	57	14	16	12	1.66
206663532--206663663	29	4.5	29	97	1	237	24	23	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206663532--206663663	59	2.3	59	95	1	239	24	23	14	37	1.92
206664142--206664166	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
206665013--206665048	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
206671226--206671387	29	5.5	29	92	2	252	25	24	13	35	1.92
206671226--206671387	59	2.7	58	92	2	252	25	24	13	35	1.92
206672656--206672691	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
206673820--206673882	27	2.4	26	81	5	72	77	4	15	1	1.01
206674570--206674606	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
206675600--206675920	40	8.2	40	68	10	187	31	20	20	28	1.97
206675964--206676004	21	2.0	21	85	9	57	43	4	2	48	1.37
206676160--206676209	14	3.6	14	81	2	66	22	0	28	50	1.49
206676246--206676385	7	19.0	7	70	12	50	20	0	37	41	1.57
206676324--206676364	14	2.9	14	85	0	64	19	2	24	53	1.57
206676727--206676773	21	2.2	21	92	0	76	17	4	34	44	1.68
206677575--206677682	42	2.6	42	86	1	146	34	12	25	27	1.92
206677575--206677702	42	3.1	42	81	6	145	39	12	23	24	1.89
206679790--206679824	15	2.3	15	95	0	61	5	0	31	62	1.18
206679820--206679858	14	2.8	13	88	7	51	0	7	2	89	0.56
206679820--206679858	20	2.0	20	90	10	62	0	7	2	89	0.56
206679768--206679871	47	2.2	48	84	5	131	3	5	18	72	1.21
206680670--206680731	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
206680827--206680861	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206680879--206681412	72	6.8	73	73	14	381	32	18	17	30	1.94
206681076--206681555	165	2.9	168	88	5	695	31	20	18	29	1.96
206681251--206681395	74	1.9	75	88	5	222	28	22	18	31	1.97
206681416--206681555	74	1.9	75	89	3	219	27	23	20	28	1.99
206681620--206681785	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
206681660--206682148	122	3.9	122	80	12	560	37	22	14	25	1.92
206681785--206682047	69	3.7	71	83	5	347	38	22	14	25	1.91
206681588--206683030	535	2.7	538	91	6	2396	37	22	14	25	1.93
206682089--206682249	85	1.9	85	87	2	234	38	21	16	23	1.93
206682155--206682320	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
206682195--206682428	122	1.9	126	89	3	368	36	23	14	24	1.93
206681888--206683030	280	4.3	271	94	4	1786	37	22	14	25	1.92
206682435--206682600	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
206682600--206682863	70	3.7	71	84	4	356	37	22	14	25	1.92
206682600--206682863	71	3.7	69	84	4	339	37	22	14	25	1.92
206688053--206688088	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
206690021--206690152	39	3.3	40	73	8	117	52	4	6	37	1.47
206690659--206690692	15	2.4	14	95	5	59	5	0	29	64	1.17
206690688--206690724	1	37.0	1	88	0	56	0	5	0	94	0.30
206695562--206695639	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
206703214--206703291	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
206706354--206706407	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206710662--206710838	40	4.4	40	85	4	234	23	22	27	25	2.00
206718873--206718975	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
206721934--206722101	40	4.2	40	86	3	223	23	22	27	26	1.99
206726089--206726230	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
206726128--206726256	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
206734112--206734253	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
206734151--206734279	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
206741275--206741409	40	3.4	40	94	0	234	22	19	28	29	1.98
206741285--206741433	80	1.9	80	86	0	217	24	20	27	27	1.99
206743137--206743194	27	2.1	28	80	3	64	20	22	18	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770