genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  213  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63596585--63596634	16	2.8	17	85	11	57	36	8	0	56	1.29
63598367--63598403	18	2.1	18	89	0	56	54	0	24	21	1.45
63601256--63601289	17	2.0	17	94	0	59	38	2	11	47	1.55
63610260--63610312	24	2.2	25	86	10	74	41	0	0	58	0.98
63610259--63610328	24	3.0	23	73	20	65	41	0	0	58	0.98
63610293--63610328	15	2.5	14	86	8	54	41	0	0	58	0.98
63610500--63610538	21	1.9	21	94	5	71	30	25	10	33	1.89
63613065--63613089	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
63624822--63624861	13	2.8	15	85	14	66	35	0	0	65	0.93
63627629--63627657	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
63631824--63631892	21	3.3	21	87	2	95	11	24	8	55	1.64
63634258--63634351	18	5.4	18	92	3	131	28	9	25	36	1.87
63642598--63642625	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
63642622--63642700	5	14.2	6	80	17	66	32	2	16	48	1.60
63642623--63642704	11	7.5	11	69	23	50	32	2	17	47	1.60
63642659--63642704	20	2.2	21	92	7	85	32	0	19	47	1.50
63650877--63650938	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
63655056--63655099	22	2.0	22	100	0	88	54	4	22	18	1.61
63657332--63657375	21	2.1	21	83	8	54	63	2	9	25	1.35
63667280--63667307	13	2.2	13	100	0	56	50	14	7	28	1.69
63674603--63674664	32	1.9	32	96	0	115	29	9	22	38	1.86
63682839--63682917	5	14.2	6	77	19	66	48	16	2	32	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63682835--63682880	20	2.2	21	92	7	85	47	19	0	32	1.50
63682835--63682881	11	4.5	11	87	12	73	46	19	0	34	1.50
63682914--63682941	14	2.0	14	100	0	56	71	0	14	14	1.15
63690171--63690312	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
63690209--63690338	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
63694791--63694901	27	4.1	27	86	5	145	37	21	24	16	1.93
63695317--63695357	16	2.6	16	88	0	64	7	24	21	46	1.77
63695317--63695364	8	6.0	8	78	9	53	8	22	20	47	1.77
63696325--63696376	25	2.1	25	92	3	88	23	38	1	36	1.66
63699393--63699442	24	2.1	24	92	0	82	30	26	14	30	1.94
63702882--63702910	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
63704061--63704161	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
63708867--63709049	24	7.6	24	92	0	258	21	18	25	34	1.96
63708867--63709071	72	2.8	72	80	5	236	22	18	24	34	1.96
63713980--63714080	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
63717243--63717294	18	2.8	19	77	16	72	9	26	0	63	1.25
63717360--63717415	21	2.5	22	77	8	60	7	23	1	67	1.24
63730067--63730111	23	1.9	24	95	4	83	24	26	15	33	1.95
63730323--63730466	52	2.8	51	80	10	145	43	13	11	31	1.80
63730358--63730466	50	2.1	52	85	6	143	42	13	12	31	1.82
63743596--63744048	46	9.6	47	77	14	268	27	18	30	23	1.97
63743597--63743902	139	2.2	137	86	4	411	27	18	31	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63743873--63744048	50	3.6	50	87	5	234	27	18	28	25	1.98
63747419--63747584	40	4.1	40	84	0	197	23	26	23	26	2.00
63755557--63755715	40	4.0	40	85	4	198	23	22	28	25	1.99
63761429--63761621	40	4.8	39	81	7	183	25	27	21	24	1.99
63761464--63761621	79	2.0	81	86	5	223	26	27	20	24	1.99
63770612--63770649	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
63773793--63774005	27	7.9	27	78	7	182	31	8	19	39	1.82
63773793--63774011	81	2.7	81	82	4	257	31	9	20	39	1.84
63774147--63774211	22	3.0	22	79	4	69	36	21	20	21	1.95
63774578--63774708	27	4.9	27	83	3	122	30	10	19	39	1.85
63776391--63776420	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
63776453--63776504	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
63778512--63778730	40	5.5	40	92	3	352	25	29	24	21	1.99
63778473--63778730	80	3.2	80	89	4	362	25	29	23	22	1.99
63784373--63784558	81	2.3	81	83	6	225	26	23	25	24	2.00
63784373--63784558	40	4.6	40	80	6	214	26	23	25	24	2.00
63793261--63793375	27	4.3	27	77	8	108	27	9	22	40	1.85
63797689--63797742	27	2.0	27	100	0	108	25	29	18	25	1.98
63810653--63810764	56	2.0	56	96	0	206	23	25	22	28	1.99
63820289--63820381	39	2.3	39	90	3	141	35	21	17	25	1.95
63820289--63820442	41	3.8	41	81	10	174	37	22	13	25	1.91
63824146--63824200	21	2.6	20	80	11	56	20	0	25	54	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63824438--63824551	21	5.4	21	74	8	79	21	2	30	44	1.66
63824482--63824572	42	2.2	42	91	0	146	17	4	35	42	1.69
63824503--63824572	21	3.3	21	76	7	79	17	5	37	40	1.73
63826005--63826029	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
63828031--63828091	30	2.0	30	83	0	77	31	22	9	36	1.87
63830332--63830394	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
63833166--63833258	27	3.1	27	68	21	78	26	12	9	50	1.71
63833141--63833264	62	2.0	62	98	0	239	27	13	11	47	1.77
63833513--63833553	20	2.0	20	90	0	64	34	9	19	36	1.85
63834545--63834711	9	19.1	9	74	8	105	44	18	0	35	1.54
63834555--63834622	33	2.1	33	88	0	100	51	14	1	32	1.52
63834529--63834702	45	4.0	45	79	7	223	45	17	0	36	1.53
63836501--63836526	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
63838559--63838689	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
63838558--63838689	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
63843371--63843434	31	2.1	31	90	0	101	25	25	15	34	1.95
63843648--63843793	24	6.2	24	91	3	233	28	21	20	29	1.98
63843648--63843793	71	2.1	71	93	0	247	28	21	20	29	1.98
63843648--63843793	47	3.1	48	90	3	233	28	21	20	29	1.98
63843842--63843908	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
63843842--63843897	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
63843945--63843992	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63846248--63846400	39	3.9	39	88	0	216	23	30	21	24	1.99
63846217--63846399	78	2.3	79	89	1	269	22	29	22	24	1.99
63849319--63849499	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
63849321--63849491	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
63852450--63852518	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
63852441--63852528	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
63854898--63855073	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
63854894--63855065	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
63868007--63868173	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
63871148--63871522	48	7.9	47	71	14	195	27	18	30	24	1.98
63871106--63871415	46	6.6	46	76	13	201	29	17	28	24	1.97
63871107--63871417	48	6.6	49	73	17	177	29	17	28	24	1.97
63873045--63873082	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
63873292--63873466	47	3.8	49	78	15	167	29	28	21	21	1.99
63873297--63873466	93	1.8	92	92	1	286	28	28	21	21	1.98
63873291--63873475	45	4.0	46	71	19	143	29	29	20	21	1.98
63888588--63888688	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
63890153--63890190	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
63890419--63890540	46	2.7	45	89	2	172	31	26	20	22	1.98
63892269--63892362	42	2.2	42	86	1	125	19	24	38	18	1.93
63893442--63893593	42	3.6	41	78	7	162	29	25	16	28	1.97
63897245--63897276	17	1.9	16	93	6	55	62	0	18	18	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63901510--63901610	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
63901539--63901610	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
63903584--63903703	6	19.3	6	69	19	77	48	14	17	20	1.81
63903593--63903703	31	3.5	31	92	1	159	48	13	18	19	1.80
63904111--63904332	27	8.3	27	85	2	234	26	19	20	33	1.96
63904261--63904361	27	3.8	26	85	5	112	25	7	24	41	1.82
63904263--63904393	27	4.9	27	81	0	109	29	7	22	40	1.82
63904290--63904794	54	9.4	54	75	3	175	32	8	21	37	1.83
63904352--63904496	27	5.4	27	82	3	157	38	7	20	33	1.81
63904508--63904815	27	11.6	27	80	6	297	29	9	21	39	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770