genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.148.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  148  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43581952--43582102	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
43581989--43582118	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
43587107--43587435	40	8.2	40	92	2	536	22	29	23	25	1.99
43593867--43593940	28	2.6	28	89	4	105	31	24	13	31	1.93
43595489--43595664	46	3.8	46	80	10	223	20	21	29	28	1.98
43595485--43595656	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
43600978--43601003	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
43609449--43609480	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
43612678--43612741	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
43612757--43612808	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
43627069--43627104	10	3.6	10	88	0	54	33	13	30	22	1.93
43627062--43627103	20	2.1	20	90	0	66	35	19	23	21	1.96
43629455--43629517	31	2.0	31	100	0	126	15	12	6	65	1.46
43630448--43630492	20	2.2	20	96	0	81	26	8	28	35	1.87
43632772--43632811	19	2.1	19	85	0	53	47	0	0	52	1.00
43632789--43632818	15	1.9	16	93	6	53	46	0	0	53	1.00
43643063--43643102	20	2.0	20	85	0	53	30	7	20	42	1.79
43646549--43647312	277	2.8	277	90	1	1181	34	16	21	27	1.94
43649606--43649639	17	2.0	17	88	0	50	55	5	14	23	1.61
43657448--43657528	40	2.0	40	97	0	153	33	25	12	28	1.92
43666513--43666685	49	3.7	47	83	9	219	25	18	31	24	1.98
43667321--43667349	10	2.9	10	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43667333--43667379	13	3.5	13	82	14	51	46	0	0	53	1.00
43667310--43667391	23	3.5	23	75	19	80	50	0	1	48	1.08
43667352--43667396	11	4.1	10	81	18	54	46	0	2	51	1.13
43667310--43667401	25	4.0	23	78	17	93	47	0	1	51	1.07
43667270--43667443	60	2.9	60	72	15	169	41	1	1	55	1.17
43672747--43672778	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
43673850--43673972	51	2.4	52	87	2	178	26	18	12	42	1.86
43674830--43674879	16	3.1	16	79	2	55	58	0	0	42	0.98
43676437--43676561	49	2.5	50	88	2	173	29	28	16	25	1.97
43676631--43676812	50	3.6	50	83	4	181	26	17	26	29	1.98
43676679--43676762	28	3.2	27	65	25	72	23	15	29	30	1.95
43676603--43676806	49	4.1	49	80	6	216	26	18	25	29	1.98
43683266--43683388	51	2.4	52	83	2	142	26	19	13	40	1.88
43684244--43684293	16	3.1	16	79	2	55	58	0	0	42	0.98
43686257--43686354	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
43693937--43694034	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
43700227--43700368	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
43700266--43700394	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
43702423--43702624	38	5.3	38	89	2	296	21	22	26	30	1.99
43702423--43702624	78	2.6	76	86	3	296	21	22	26	30	1.99
43702567--43702684	43	2.9	41	83	6	125	16	21	30	32	1.95
43705149--43705294	42	3.5	42	76	5	143	28	12	28	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43709755--43709933	76	2.3	80	83	9	228	24	28	22	24	1.99
43709753--43709933	39	4.6	40	81	10	198	24	28	22	24	1.99
43717935--43718116	78	2.3	81	85	6	248	25	27	22	24	2.00
43717914--43718116	40	5.1	40	83	9	247	25	27	22	24	2.00
43721239--43721446	40	5.2	40	83	2	222	25	26	22	25	2.00
43723895--43724082	40	4.7	40	79	7	193	27	26	22	23	2.00
43740102--43740159	25	2.3	25	85	11	75	37	3	0	58	1.15
43743746--43743779	17	1.9	18	94	5	61	58	8	5	26	1.51
43744500--43744559	10	6.0	10	86	11	79	70	3	8	18	1.27
43745173--43745205	9	3.8	9	88	8	50	0	15	0	84	0.61
43746275--43746326	21	2.5	21	90	0	77	67	3	1	26	1.18
43746276--43746368	17	5.4	17	74	14	66	75	2	3	19	1.05
43746264--43746370	34	3.1	33	80	11	101	72	1	3	21	1.09
43746293--43746370	10	8.0	10	76	12	65	78	1	2	17	0.94
43746325--43746370	24	1.9	24	91	8	76	82	0	4	13	0.81
43746292--43746359	21	3.1	21	71	26	61	79	1	1	17	0.88
43749135--43749204	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
43749213--43749321	42	2.6	42	95	0	200	22	33	15	29	1.95
43753311--43753370	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
43763603--43763661	29	2.0	29	100	0	118	20	27	10	42	1.84
43769031--43769192	43	3.8	42	68	9	112	32	25	20	20	1.97
43771393--43771468	37	2.1	37	100	0	152	40	10	21	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43773190--43773227	18	2.2	18	86	9	53	68	0	7	23	1.16
43778355--43778508	27	5.7	27	79	3	132	39	20	9	31	1.83
43778355--43778536	81	2.3	80	81	4	197	39	19	10	30	1.85
43778498--43778712	27	8.0	27	80	1	218	35	16	21	26	1.94
43778490--43778713	81	2.8	81	83	0	259	36	17	20	25	1.94
43778926--43778987	25	2.5	25	86	0	88	25	27	17	29	1.98
43781358--43781590	27	8.7	27	73	0	117	39	22	9	29	1.85
43781438--43781591	81	1.9	80	84	4	202	40	22	9	28	1.84
43781438--43781592	54	2.9	53	81	4	159	40	21	9	28	1.85
43781581--43781767	27	6.9	27	84	6	204	35	16	21	25	1.94
43781577--43781767	54	3.5	54	89	2	269	35	17	21	25	1.95
43781577--43781767	81	2.4	81	86	3	260	35	17	21	25	1.95
43781982--43782043	25	2.5	25	91	0	97	24	27	19	29	1.98
43782952--43783076	39	3.2	38	84	4	144	30	25	20	23	1.99
43790927--43791052	39	3.2	39	86	0	180	29	26	21	23	1.99
43793057--43793124	29	2.3	29	97	0	127	25	14	27	32	1.95
43798457--43798532	24	3.2	24	94	3	136	32	3	42	21	1.71
43799943--43800053	27	4.2	26	82	5	123	15	23	22	38	1.92
43806301--43806353	24	2.2	24	96	0	97	32	3	43	20	1.70
43807765--43807875	27	4.2	26	87	5	141	16	25	22	36	1.94
43815735--43815791	28	2.1	27	86	3	78	56	0	1	42	1.10
43818599--43818786	40	4.7	40	88	3	281	26	26	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43832098--43832162	27	2.4	27	92	0	103	26	18	16	38	1.92
43839219--43839375	39	4.0	39	90	4	226	26	20	31	21	1.98
43839238--43839419	39	4.6	40	86	0	145	23	21	31	22	1.98
43847146--43847307	39	4.2	39	90	3	220	24	20	32	22	1.98
43852516--43852548	15	2.4	14	90	10	50	75	3	3	18	1.06
43863701--43863754	25	2.2	25	93	0	90	24	38	24	12	1.90
43866799--43866853	12	4.5	12	82	13	60	65	1	5	27	1.25
43869192--43869294	29	3.6	28	88	5	143	28	16	27	28	1.97
43871500--43872424	334	2.8	331	84	3	1126	37	15	13	32	1.87
43876461--43876684	76	3.0	75	82	3	263	27	22	18	32	1.97
43880878--43881031	27	5.5	27	82	4	164	31	25	14	28	1.95
43880878--43881031	29	5.5	28	81	6	145	31	25	14	28	1.95
43880878--43880981	55	1.9	55	100	0	208	35	24	13	26	1.92
43888732--43888885	27	5.5	27	82	4	164	31	25	14	28	1.95
43888732--43888885	29	5.5	28	81	6	145	31	25	14	28	1.95
43888732--43888835	55	1.9	55	100	0	208	35	24	13	26	1.92
43889519--43889548	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
43898785--43898823	16	2.5	16	87	4	53	76	0	7	15	0.99
43905317--43905358	12	3.5	12	90	0	57	57	14	0	28	1.38
43908548--43908732	51	3.6	51	78	2	203	31	26	16	24	1.96
43908549--43908632	28	3.2	28	64	25	74	30	29	15	23	1.95
43913833--43913875	17	2.4	18	84	7	61	39	0	16	44	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43919626--43919706	26	3.2	26	89	1	128	29	6	24	39	1.80
43921234--43921342	27	4.0	26	82	8	119	17	22	23	35	1.95
43926579--43926634	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
43928229--43928321	27	3.4	27	81	1	105	18	23	22	35	1.96
43928268--43928338	27	2.6	26	80	10	79	19	25	15	39	1.91
43928229--43928340	54	2.1	54	83	3	136	18	23	21	36	1.95
43933975--43934240	56	4.8	56	91	0	381	28	16	22	31	1.96
43933975--43934240	111	2.4	112	88	0	381	28	16	22	31	1.96
43935736--43935763	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
43943993--43944160	40	4.2	40	80	6	178	25	22	27	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770