genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.761.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  761  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241563713--241563772	29	2.0	30	96	3	113	23	21	26	28	1.99
241566246--241566347	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
241575154--241575338	79	2.3	82	83	7	229	24	23	27	24	2.00
241575155--241575346	40	4.8	40	79	7	151	24	23	28	23	2.00
241583172--241583356	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
241583173--241583364	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
241586326--241586432	43	2.5	44	80	4	110	28	14	26	29	1.95
241588438--241588619	79	2.3	79	85	8	246	25	23	26	24	2.00
241588438--241588619	40	4.6	40	83	7	239	25	23	26	24	2.00
241596535--241596717	40	4.6	40	80	4	210	26	22	25	25	2.00
241596535--241596754	79	2.8	78	82	5	248	25	22	25	25	2.00
241596535--241596740	40	5.2	40	78	5	204	25	22	26	26	2.00
241599746--241599808	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
241600000--241600141	23	6.0	24	87	12	204	27	21	20	30	1.98
241600199--241600255	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
241600195--241600257	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
241600293--241600340	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
241601484--241601576	27	3.5	26	91	7	143	21	25	20	32	1.98
241601608--241601826	54	3.9	54	74	7	170	31	9	19	40	1.83
241601607--241601795	27	7.0	26	72	9	94	31	10	19	38	1.85
241601814--241602079	27	9.8	27	76	12	170	40	8	22	28	1.83
241601815--241602079	79	3.3	77	75	13	255	40	8	21	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241601956--241602079	26	4.8	26	81	8	128	39	8	22	29	1.84
241601815--241602079	139	1.9	139	83	6	349	40	8	21	29	1.83
241601956--241602076	25	4.7	25	82	8	111	39	9	22	28	1.84
241601970--241602073	28	3.9	27	82	6	115	41	9	21	27	1.84
241604638--241604699	31	2.1	30	87	6	90	24	24	14	37	1.93
241604902--241605028	24	5.4	23	85	7	168	29	22	17	31	1.96
241604907--241605028	46	2.6	48	82	12	171	29	21	17	31	1.96
241605086--241605142	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
241605082--241605144	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
241605181--241605228	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
241606370--241606453	27	3.1	27	87	3	116	20	23	22	33	1.97
241606575--241606673	26	3.8	24	75	16	83	28	8	21	42	1.81
241606492--241606678	27	7.0	26	73	9	101	31	10	19	39	1.85
241606696--241606964	27	9.8	27	77	12	226	40	8	23	28	1.83
241606696--241606941	53	4.5	54	75	13	189	41	8	21	28	1.82
241606881--241606928	23	2.1	23	92	0	78	45	10	18	25	1.81
241612355--241612497	61	2.4	61	97	1	270	33	24	16	25	1.95
241613843--241614064	40	5.7	40	87	7	264	27	26	20	26	1.99
241613843--241614064	78	2.8	78	84	9	258	27	26	20	26	1.99
241621887--241622104	77	2.8	77	86	8	293	26	27	21	24	1.99
241621887--241622104	39	5.7	38	88	6	282	26	27	21	24	1.99
241628988--241629157	46	3.7	46	77	12	177	22	18	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241628982--241629152	93	1.8	93	88	2	263	22	19	28	30	1.98
241630713--241630783	33	2.1	34	86	5	99	26	46	7	19	1.75
241635783--241635910	45	2.8	46	80	11	156	22	19	27	30	1.98
241648014--241648117	29	3.6	28	77	10	102	27	18	25	27	1.98
241652763--241653101	123	2.8	123	95	0	597	30	10	25	33	1.90
241653070--241653313	40	6.1	40	88	1	301	24	21	26	27	1.99
241660156--241660488	122	2.7	122	93	2	553	30	10	25	34	1.89
241661806--241661923	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
241661774--241661937	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
241666345--241666394	24	2.1	24	88	7	75	36	4	4	56	1.37
241669601--241669711	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
241680032--241680130	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
241687650--241687748	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
241691403--241691532	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
241699393--241699522	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
241704393--241704560	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
241712688--241712855	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
241718003--241718192	39	4.8	39	81	5	161	24	22	28	24	1.99
241718054--241718192	40	3.5	39	87	4	174	24	23	28	23	1.99
241718003--241718192	78	2.4	80	83	6	228	24	22	28	24	1.99
241718053--241718218	79	2.1	79	82	4	201	24	22	27	25	2.00
241725996--241726133	39	3.5	39	88	3	181	23	21	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241732080--241732140	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
241736092--241736152	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
241756691--241756791	29	3.5	29	81	9	116	28	26	13	30	1.94
241756690--241756791	28	3.5	29	81	6	109	28	27	13	30	1.94
241764534--241764693	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
241764534--241764693	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
241769361--241769544	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
241777446--241777615	39	4.3	39	75	9	130	22	23	29	24	1.99
241777486--241777631	78	1.9	78	81	2	177	20	23	30	25	1.99
241782228--241782445	40	5.4	40	85	3	253	24	21	27	26	1.99
241790444--241790660	40	5.4	40	83	4	244	24	20	27	26	1.99
241790454--241790660	79	2.6	80	85	2	274	24	21	28	26	1.99
241793997--241794071	38	2.2	30	69	30	78	26	20	30	22	1.98
241793963--241794113	77	1.9	78	94	1	268	25	21	29	23	1.99
241793962--241794104	39	3.7	39	90	2	234	26	20	30	22	1.99
241801834--241802014	78	2.3	78	89	1	265	24	21	29	23	1.99
241801833--241801975	39	3.7	39	91	1	234	26	20	30	23	1.98
241810056--241810230	44	3.9	44	79	12	210	29	29	20	21	1.98
241810063--241810232	93	1.8	91	94	2	304	28	29	21	21	1.98
241817591--241817765	46	3.8	45	79	13	205	28	29	21	20	1.98
241820264--241820450	38	4.8	40	74	12	131	26	26	21	25	2.00
241820209--241820397	79	2.4	79	86	9	253	26	26	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241828307--241828488	69	2.5	74	86	10	241	24	29	21	24	1.99
241828313--241828488	39	4.7	39	80	14	219	24	29	22	23	1.99
241828255--241828488	39	6.2	39	75	16	217	25	28	20	25	1.99
241833759--241833968	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
241841816--241842065	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
241846396--241846576	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
241846398--241846568	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
241849526--241849594	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
241849517--241849604	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
241851966--241852141	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
241851963--241852133	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
241854701--241854771	30	2.3	31	95	4	135	52	16	14	16	1.76
241859003--241859169	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
241859986--241860031	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
241867000--241867166	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
241867989--241868034	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
241871955--241872024	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
241879814--241879882	26	2.5	28	86	4	97	27	14	26	31	1.95
241884645--241884723	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
241884595--241884848	47	5.3	49	91	4	376	29	31	8	31	1.86
241888899--241889169	40	6.8	40	93	0	436	25	27	21	26	1.99
241891341--241891419	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241891291--241891591	47	6.3	49	90	6	440	29	31	8	30	1.87
241891291--241891591	95	3.2	95	88	7	416	29	31	8	30	1.87
241896518--241896615	28	3.5	28	77	6	92	27	14	28	29	1.95
241897994--241898066	36	2.0	36	100	0	146	19	30	26	24	1.98
241904151--241904224	28	2.6	28	89	4	105	29	14	24	31	1.95
241909639--241909822	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
241909679--241909867	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
241924197--241924273	39	2.0	39	100	0	154	16	28	15	38	1.90
241925604--241925783	40	4.6	39	83	10	224	24	21	27	26	1.99
241925604--241925781	78	2.2	80	85	6	238	24	21	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770