genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.561.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  561  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174810653--174810792	54	2.6	55	89	2	203	17	24	22	35	1.96
174815424--174815471	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
174816359--174816398	19	2.1	19	95	0	71	15	12	0	72	1.12
174823089--174823219	38	3.4	40	78	6	119	24	27	22	25	2.00
174835866--174835891	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
174837273--174837435	40	4.1	40	92	2	249	23	22	26	28	1.99
174840423--174840632	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
174848556--174848765	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
174852262--174852319	29	2.0	29	100	0	116	55	6	10	27	1.59
174852590--174852854	56	4.7	56	90	0	404	26	13	24	35	1.93
174857008--174857108	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
174866288--174866327	22	1.9	22	85	10	57	40	7	27	25	1.82
174875957--174876158	39	5.2	39	92	0	323	23	20	32	23	1.98
174883915--174884077	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
174883915--174884108	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
174908960--174909126	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
174924234--174924454	40	5.6	39	83	7	259	21	22	29	26	1.99
174924238--174924454	80	2.7	80	88	2	305	21	23	29	25	1.99
174926688--174926872	27	6.9	27	92	0	282	24	14	19	41	1.88
174931551--174931718	40	4.2	40	82	3	205	27	26	21	24	1.99
174937325--174937532	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
174937325--174937531	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174947153--174947319	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
174955075--174955241	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
174962157--174962205	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
174963026--174963192	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
174965153--174965259	50	2.1	51	87	1	153	45	6	17	29	1.74
174968017--174968115	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
174975246--174975344	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
174976948--174976979	16	2.0	16	93	0	55	28	0	15	56	1.40
174977406--174977738	24	13.9	24	73	10	243	25	12	26	35	1.92
174977407--174977710	48	6.3	48	76	4	290	25	12	25	35	1.92
174977407--174977709	96	3.2	96	93	0	507	25	12	25	35	1.92
174981774--174981900	54	2.3	55	79	4	150	21	25	22	29	1.99
174984397--174984427	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
174984394--174984433	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
174988661--174988811	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
174988698--174988827	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
174991740--174991846	49	2.2	49	91	0	178	30	9	28	30	1.88
174991915--174992001	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
175008495--175008657	40	4.1	40	81	5	170	25	27	21	25	1.99
175008495--175008657	80	2.1	79	82	3	193	25	27	21	25	1.99
175009837--175009966	61	2.1	61	98	0	251	24	10	18	46	1.79
175014094--175014237	49	2.9	49	84	4	200	27	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175017904--175018004	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
175017933--175018008	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
175025765--175025865	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
175025794--175025869	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
175029319--175029485	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
175037316--175037482	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
175039952--175039997	23	2.0	24	91	4	76	15	2	30	52	1.55
175049541--175049658	44	2.8	43	82	7	134	32	26	12	28	1.93
175051930--175052137	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
175051956--175052137	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
175059954--175060161	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
175059980--175060161	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
175064871--175065034	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
175071275--175071303	14	2.1	14	100	0	58	51	6	13	27	1.66
175074070--175074109	13	2.8	15	85	14	66	65	0	0	35	0.93
175093910--175094108	44	4.5	45	71	13	144	33	22	24	20	1.97
175093956--175094069	45	2.6	45	87	5	162	35	23	20	21	1.96
175093906--175094157	132	1.9	132	83	6	332	33	22	24	19	1.97
175093996--175094211	87	2.5	86	83	5	256	34	22	25	18	1.96
175093918--175094201	43	6.5	43	72	12	127	34	21	25	19	1.96
175096338--175096362	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
175100262--175100442	39	4.6	39	85	0	227	24	22	30	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175107692--175107874	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
175116955--175117162	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
175116955--175117160	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
175120049--175120089	17	2.4	17	95	0	73	51	26	0	21	1.48
175123266--175123327	31	2.0	31	87	0	88	43	9	8	38	1.67
175124003--175124083	42	1.9	42	82	5	101	19	35	27	17	1.94
175126128--175126179	26	2.0	26	96	0	95	40	7	15	36	1.76
175130248--175130272	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
175132335--175132524	95	2.0	94	86	2	263	37	13	5	43	1.68
175137699--175137939	48	5.0	48	94	0	401	36	6	27	29	1.82
175138081--175138225	37	3.9	37	91	0	227	23	17	32	26	1.96
175142956--175143131	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
175142952--175143123	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
175146079--175146147	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
175146070--175146157	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
175148536--175148711	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
175148532--175148703	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
175152633--175152787	40	3.9	40	79	8	149	26	23	27	22	1.99
175152674--175152803	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
175160550--175160700	40	3.8	40	77	11	132	25	24	27	21	1.99
175160587--175160716	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
175160549--175160716	80	2.1	80	82	6	207	25	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175162188--175162219	16	2.0	16	100	0	64	50	25	6	18	1.70
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175163736--175163846	57	1.9	58	87	1	161	27	16	28	27	1.97
175167522--175167589	33	2.1	33	100	0	136	47	10	11	30	1.74
175171521--175171744	40	5.6	40	87	6	319	25	26	23	24	2.00
175171521--175171744	83	2.8	80	89	4	326	25	26	23	24	2.00
175179624--175179846	40	5.6	40	87	7	319	26	26	22	24	2.00
175179624--175179846	82	2.8	80	89	6	319	26	26	22	24	2.00
175179624--175179846	122	1.8	119	90	4	358	26	26	22	24	2.00
175181627--175181888	40	6.6	40	93	1	420	23	22	26	28	1.99
175190058--175190306	39	6.4	39	96	2	441	22	22	26	28	1.99
175190058--175190306	79	3.2	78	95	4	441	22	22	26	28	1.99
175192845--175192933	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
175192845--175192924	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
175192856--175192933	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
175195885--175196055	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
175195877--175196052	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
175202100--175202150	26	2.0	26	92	7	86	47	1	11	39	1.52
175203926--175204132	27	7.7	27	89	1	283	41	20	7	31	1.79
175203926--175204132	81	2.6	81	89	3	312	41	20	7	31	1.79
175203926--175204230	27	11.3	27	84	4	280	39	20	8	31	1.82
175204181--175204420	27	8.9	27	90	1	331	27	23	9	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175204154--175204447	81	3.6	81	80	6	301	29	23	8	37	1.85
175203921--175204537	27	22.8	27	83	5	230	35	21	8	34	1.84
175204490--175204545	27	2.1	26	83	9	69	37	10	12	39	1.78
175204599--175204663	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
175205821--175205868	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
175205912--175205969	19	3.0	20	87	5	91	36	12	20	31	1.89
175206020--175206186	24	7.0	24	93	3	257	28	22	22	26	1.99
175206020--175206187	71	2.3	71	90	4	257	29	22	22	26	1.99
175206378--175206470	30	3.1	31	93	3	154	38	16	21	23	1.92
175209193--175209305	27	4.3	26	87	6	165	42	18	7	31	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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