genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.604.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  604  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189025996--189026164	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
189033308--189033386	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
189035836--189035967	29	4.5	29	94	1	228	24	22	15	37	1.92
189035836--189035967	59	2.3	58	94	1	228	24	22	15	37	1.92
189037266--189037301	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
189043492--189043623	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
189043492--189043623	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
189043609--189043763	72	2.2	71	95	3	278	25	29	14	30	1.94
189044982--189045017	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
189051721--189051907	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
189051744--189051907	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
189051744--189051941	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
189054488--189054547	24	2.5	24	97	0	111	18	16	28	36	1.93
189056448--189056484	17	2.1	19	90	10	60	51	21	0	27	1.48
189059349--189059486	55	2.5	54	78	1	150	36	20	22	20	1.95
189059343--189059549	53	3.8	53	76	3	198	37	17	23	21	1.94
189062016--189062076	31	2.0	31	96	0	113	27	16	32	22	1.96
189062055--189062285	48	4.8	47	76	7	196	28	20	29	21	1.98
189061936--189062169	127	1.9	125	84	7	321	28	19	28	23	1.98
189062055--189062290	96	2.5	96	82	4	280	28	20	28	21	1.98
189066481--189066655	46	3.8	45	77	10	183	28	28	20	22	1.98
189066489--189066660	93	1.8	93	92	0	290	27	29	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189066532--189066675	46	3.1	46	70	14	125	29	28	19	22	1.98
189072511--189072793	48	5.9	48	78	1	280	28	19	28	22	1.98
189072520--189072792	96	2.8	97	82	3	329	28	20	28	22	1.98
189072520--189072795	144	1.9	144	81	2	331	28	20	28	22	1.98
189076244--189076292	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
189077114--189077279	40	4.2	39	77	9	158	25	21	27	24	1.99
189089055--189089126	28	2.5	29	95	4	137	27	15	29	27	1.96
189089110--189089186	29	2.7	29	77	0	82	22	18	35	24	1.96
189096952--189097111	29	5.6	29	82	3	162	25	16	32	25	1.96
189100134--189100230	28	3.3	29	82	4	97	30	13	25	29	1.94
189107951--189108080	29	4.5	29	93	5	219	37	14	23	23	1.92
189107951--189108080	57	2.3	58	93	4	219	37	14	23	23	1.92
189107921--189108080	86	1.9	87	90	1	259	36	14	24	25	1.93
189115866--189115957	29	3.2	29	92	3	152	28	15	29	27	1.96
189115862--189115993	57	2.4	57	83	7	164	25	15	32	26	1.95
189126657--189126694	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
189129931--189129965	18	1.9	18	88	0	52	20	31	11	37	1.88
189131507--189131716	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
189139643--189139852	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
189148364--189148429	30	2.2	30	89	5	98	27	12	22	37	1.90
189151643--189151735	29	3.2	29	89	3	143	31	16	27	24	1.96
189151643--189151748	29	3.7	29	84	5	135	28	16	31	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189155427--189155600	46	3.8	46	78	14	214	20	21	29	27	1.98
189158535--189158614	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
189158526--189158613	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
189160998--189161173	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
189160994--189161165	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
189164839--189164940	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
189172702--189172803	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
189177562--189177601	21	2.0	20	85	5	53	10	32	25	32	1.89
189180964--189181190	40	5.7	40	89	5	336	26	26	22	24	2.00
189187337--189187388	27	1.9	27	100	0	104	23	13	44	19	1.86
189189066--189189289	40	5.7	40	91	6	361	25	28	22	23	2.00
189189066--189189289	78	2.9	79	92	4	366	25	28	22	23	2.00
189193470--189193555	12	6.8	12	73	20	59	61	1	5	31	1.27
189193483--189193571	27	3.3	26	73	17	76	64	2	3	30	1.22
189195060--189195354	131	2.3	131	89	0	464	30	25	15	28	1.96
189195142--189195364	44	5.1	44	69	15	138	29	26	14	30	1.95
189195295--189195745	132	3.4	128	86	4	519	28	23	16	31	1.96
189195344--189195745	132	3.1	132	91	0	644	28	23	16	31	1.96
189195703--189195984	132	2.1	132	85	6	408	25	22	18	34	1.96
189195484--189195965	220	2.2	219	89	2	745	26	23	17	32	1.97
189195369--189195984	44	14.0	43	70	11	340	26	23	17	32	1.96
189196858--189196941	8	10.4	8	73	19	59	1	17	0	80	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189196872--189196931	6	9.8	6	77	15	52	1	16	0	81	0.77
189196865--189196939	19	4.0	20	79	11	95	1	17	0	81	0.76
189196863--189196912	24	2.1	24	85	3	66	2	12	0	86	0.67
189196866--189196931	9	6.9	10	72	19	52	1	16	0	81	0.76
189199536--189199588	14	3.7	14	77	20	56	41	11	24	22	1.86
189203501--189203598	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
189211181--189211278	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
189215356--189215424	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
189215347--189215426	30	2.7	30	82	7	99	11	17	15	56	1.67
189217356--189217528	46	3.7	46	77	13	174	20	19	30	29	1.97
189217349--189217520	93	1.8	93	88	0	263	20	20	30	29	1.97
189219423--189219477	22	2.3	22	78	12	56	54	0	9	36	1.32
189219773--189219901	25	5.2	26	73	19	87	63	1	3	31	1.21
189219760--189219845	12	6.8	12	73	20	59	61	1	5	31	1.27
189219742--189219886	64	2.3	64	77	15	158	63	2	5	28	1.31
189223726--189223764	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
189224044--189224100	28	2.0	28	100	0	114	35	24	10	29	1.89
189225269--189225315	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
189226580--189226656	38	2.1	38	92	2	129	51	0	31	16	1.45
189228279--189228376	40	2.4	41	80	12	114	24	24	25	25	2.00
189228859--189229339	29	16.7	29	96	1	835	24	33	17	24	1.96
189231352--189231428	36	2.1	37	97	2	147	20	31	19	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189231531--189231652	49	2.5	49	94	1	210	29	33	9	27	1.89
189237385--189237454	27	2.6	27	86	2	95	30	28	12	28	1.93
189238792--189238831	22	2.0	21	85	14	57	10	15	0	75	1.05
189240612--189240685	29	2.5	29	88	2	85	24	31	16	28	1.96
189242437--189242604	27	6.2	27	86	2	212	35	17	19	26	1.94
189242933--189242962	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
189242959--189243018	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
189243137--189243216	31	2.6	31	85	0	106	21	17	13	47	1.82
189243166--189243304	6	22.7	6	75	15	124	17	20	14	47	1.82
189243171--189243247	19	3.8	19	79	15	82	18	22	14	45	1.85
189243166--189243259	43	2.2	43	96	0	170	18	20	14	46	1.83
189243166--189243295	37	3.5	37	79	12	158	17	20	13	47	1.82
189243202--189243283	31	2.6	31	100	0	164	15	21	15	46	1.84
189243131--189243295	74	2.2	74	89	0	249	19	20	13	47	1.82
189250482--189250667	40	4.7	40	88	5	225	26	27	22	23	1.99
189251373--189251400	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
189258512--189258695	40	4.7	40	88	7	252	26	27	21	24	1.99
189258512--189258695	79	2.3	81	86	8	254	26	27	21	24	1.99
189260343--189260367	12	2.1	12	100	0	50	24	28	32	16	1.96
189265745--189265911	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
189273729--189273877	80	1.9	79	84	6	203	26	24	27	21	1.99
189273727--189273893	40	4.2	40	77	6	162	26	23	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189273727--189273893	80	2.1	79	81	7	196	26	23	26	22	2.00
189281721--189281869	80	1.9	79	84	6	203	26	24	27	21	1.99
189281719--189281885	40	4.2	40	77	6	162	26	23	26	22	2.00
189281719--189281885	80	2.1	79	81	7	196	26	23	26	22	2.00
189289715--189289865	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
189289751--189289881	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
189297718--189297869	40	3.8	40	79	6	157	27	23	26	23	2.00
189297755--189297885	40	3.3	40	81	2	165	25	22	27	24	2.00
189302270--189302338	6	11.3	6	73	14	61	47	14	18	18	1.82
189302272--189302372	37	2.7	36	86	6	121	44	13	20	20	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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