Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  408  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
125327758--125327908
42
3.6
42
84
2
196
31
16
23
28
1.96
125358542--125358717
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
125358538--125358709
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
125361628--125361696
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
125361619--125361706
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
125364090--125364265
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
125364086--125364257
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
125378704--125378760
28
2.0
28
100
0
114
28
28
14
29
1.95
125381101--125381334
129
1.8
128
88
2
364
36
18
19
26
1.94
125383277--125383399
43
2.9
43
86
0
183
39
18
18
22
1.92
125383408--125383580
43
4.0
43
87
5
244
26
17
19
36
1.94
125383408--125383580
85
2.0
85
87
3
249
26
17
19
36
1.94
125389449--125389485
18
2.1
18
89
0
56
27
2
27
43
1.68
125389894--125390225
183
1.8
183
97
0
637
41
13
16
28
1.86
125390319--125390360
15
2.7
16
82
14
52
42
4
0
52
1.22
125391878--125391957
39
2.0
40
95
2
144
30
21
21
27
1.98
125393110--125393372
82
3.2
82
80
5
228
28
21
12
38
1.90
125393199--125393361
83
2.0
82
90
1
254
26
23
13
36
1.92
125393723--125393792
7
10.0
7
75
6
52
42
30
1
25
1.64
125393733--125393792
14
4.3
14
84
0
84
43
31
1
23
1.64
125393733--125393792
21
2.8
20
85
9
75
43
31
1
23
1.64
125394123--125394155
14
2.4
14
94
0
57
51
24
0
24
1.48
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
125394396--125394505
41
2.7
40
82
10
143
19
25
20
34
1.96
125394396--125394521
40
3.1
40
81
10
148
19
26
19
34
1.96
125397087--125397184
42
2.3
42
79
6
110
31
19
19
29
1.96
125402296--125402430
29
4.7
29
84
5
148
24
30
15
29
1.96
125410089--125410211
29
4.2
29
88
0
156
24
27
15
32
1.95
125410694--125411131
143
3.1
143
99
0
858
39
28
10
21
1.86
125412870--125412895
5
5.2
5
100
0
52
38
0
0
61
0.96
125415509--125415574
19
3.2
21
87
6
64
36
19
9
34
1.84
125415526--125415623
19
5.2
19
90
7
155
34
16
11
37
1.84
125415526--125415623
36
2.6
37
88
9
144
34
16
11
37
1.84
125416177--125416272
43
2.2
43
92
0
165
29
31
17
21
1.96
125416244--125416298
28
2.0
28
85
0
74
20
32
20
27
1.97
125416201--125416342
70
2.0
71
85
6
191
25
31
18
24
1.97
125418063--125418148
27
3.2
27
85
8
104
36
23
23
17
1.95
125419765--125419874
26
4.2
27
90
6
156
37
23
4
34
1.75
125420622--125420653
15
2.1
15
94
0
55
53
18
12
15
1.73
125423942--125423966
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
125424802--125424840
19
2.1
19
90
4
62
48
2
2
46
1.29
125425422--125425471
24
2.1
24
100
0
100
44
4
0
52
1.20
125425429--125425471
12
3.6
12
77
0
50
41
4
0
53
1.21
125426019--125426889
205
4.3
206
87
5
1230
29
20
17
31
1.96
125426026--125426889
398
2.2
401
87
5
1228
29
20
17
31
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
125426851--125427153
44
6.9
44
73
10
253
27
24
17
31
1.97
125426851--125427153
131
2.3
132
91
3
511
27
24
17
31
1.97
125428010--125428034
10
2.5
10
100
0
50
0
8
0
92
0.40
125430096--125430167
36
2.0
37
97
2
137
41
16
13
27
1.87
125432447--125432483
18
2.1
18
89
0
56
54
0
24
21
1.45
125444318--125444370
24
2.2
25
86
10
74
41
0
0
58
0.98
125444317--125444386
24
3.0
23
73
20
65
41
0
0
58
0.98
125444351--125444386
15
2.5
14
86
8
54
41
0
0
58
0.98
125444558--125444596
21
1.9
21
94
5
71
30
25
10
33
1.89
125447123--125447147
12
2.1
12
100
0
50
44
0
8
48
1.32
125458881--125458920
13
2.8
15
85
14
66
35
0
0
65
0.93
125461687--125461715
14
2.1
14
100
0
58
27
13
6
51
1.66
125465882--125465950
21
3.3
21
87
2
95
11
24
8
55
1.64
125468316--125468409
18
5.4
18
92
3
131
28
9
25
36
1.87
125476657--125476684
14
2.0
14
100
0
56
14
14
0
71
1.15
125476681--125476759
5
14.2
6
80
17
66
32
2
16
48
1.60
125476682--125476763
11
7.5
11
69
23
50
32
2
17
47
1.60
125476718--125476763
20
2.2
21
92
7
85
32
0
19
47
1.50
125484936--125484997
32
1.9
32
96
0
115
38
22
9
29
1.86
125492292--125492319
13
2.2
13
100
0
56
28
7
14
50
1.69
125497134--125497219
37
2.3
35
92
7
136
26
33
18
20
1.96
125497328--125497411
27
3.3
27
63
19
72
32
27
4
35
1.78
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
125497288--125497623
48
7.1
49
89
8
511
29
28
8
33
1.86
125497451--125497523
22
3.4
22
67
14
71
27
34
10
27
1.90
125497288--125497619
138
2.4
137
89
8
492
29
29
8
32
1.87
125500373--125500553
40
4.5
40
82
6
215
24
23
25
25
2.00
125500373--125500553
80
2.3
80
86
3
240
24
23
25
25
2.00
125508197--125508380
40
4.6
40
79
6
203
25
23
26
25
2.00
125508197--125508380
80
2.3
80
86
3
246
25
23
26
25
2.00
125515413--125515554
70
2.0
70
94
0
248
34
16
16
33
1.91
125515546--125515674
47
2.7
47
84
1
150
33
31
13
22
1.92
125520607--125520829
47
4.8
45
84
9
204
22
20
29
27
1.99
125520653--125520775
47
2.6
47
98
0
237
22
20
30
26
1.98
125523709--125523764
15
3.7
15
88
7
87
12
16
10
60
1.58
125526145--125526321
46
3.8
46
76
8
171
22
16
28
31
1.96
125526143--125526313
93
1.8
93
88
2
263
21
18
29
30
1.97
125531297--125531335
21
1.9
20
89
5
60
23
33
33
10
1.88
125532345--125532561
46
4.7
45
77
11
190
23
27
20
28
1.99
125535135--125535360
40
5.7
40
84
5
201
26
25
19
28
1.99
125535163--125535360
80
2.5
80
87
6
285
25
25
19
29
1.99
125543119--125543185
33
2.0
33
97
0
125
26
23
7
41
1.81
125543263--125543589
50
6.5
50
77
4
300
31
24
15
28
1.96
125543263--125543589
100
3.3
100
83
4
383
31
24
15
28
1.96
125543944--125543990
19
2.3
20
82
10
60
48
14
0
36
1.44
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
125544117--125544154
20
1.9
20
88
0
58
34
2
10
52
1.50
125545783--125545851
28
2.5
28
95
2
122
43
27
10
18
1.82
125552127--125552164
20
1.9
20
88
0
58
34
2
10
52
1.50
125553825--125553942
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
125553793--125553956
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
125565634--125565671
19
2.0
20
85
15
53
39
23
0
36
1.55
125565898--125566068
93
1.8
93
93
0
297
28
28
21
21
1.98
125565893--125566065
46
3.7
46
79
10
208
29
27
20
21
1.98
125567449--125567492
16
2.6
17
92
7
81
36
25
9
29
1.86
125570452--125570560
37
2.9
37
97
0
200
27
31
19
22
1.97
125570605--125571086
48
10.0
48
93
0
820
32
26
6
35
1.81
125576113--125576294
77
2.3
79
86
3
251
24
21
30
23
1.99
125576113--125576294
39
4.6
39
87
2
231
24
21
30
23
1.99
125576112--125576263
39
3.9
39
90
2
234
24
20
31
23
1.98
125580989--125581131
39
3.7
39
90
2
234
26
20
30
22
1.99
125580990--125581172
77
2.3
79
89
2
271
25
22
29
22
1.99
125586412--125586603
39
4.9
39
94
0
312
24
20
31
23
1.98
125586458--125586672
78
2.7
79
81
6
197
24
21
30
22
1.99
125588900--125589001
29
3.5
29
82
2
116
24
16
34
24
1.95
125592282--125592487
40
5.2
40
81
4
193
25
23
26
25
2.00
125592284--125592487
78
2.6
80
84
3
243
25
23
26
25
2.00
125600010--125600067
29
2.0
29
100
0
116
31
13
27
27
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
125600013--125600074
29
2.1
29
90
0
97
33
17
22
25
1.96
125604861--125604898
19
2.0
20
85
15
53
39
23
0
36
1.55
125605160--125605295
46
2.9
49
76
13
149
30
28
18
22
1.97
125605121--125605289
45
3.7
46
74
11
157
30
28
18
22
1.97
125605126--125605295
93
1.8
92
88
1
259
29
29
19
21
1.98
125605170--125605311
46
3.1
45
71
18
114
29
28
19
22
1.98
125610991--125611142
39
3.9
39
85
2
189
23
21
31
23
1.98
125618895--125619048
39
3.9
40
86
0
186
23
21
31
23
1.98
125618895--125619048
79
1.9
79
84
2
202
23
21
31
23
1.98
125622007--125622117
51
2.2
51
88
6
163
28
21
22
27
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770