genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.682.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  682  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214874817--214875026	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
214879250--214879320	15	4.1	17	81	13	74	74	0	4	21	0.98
214879250--214879321	19	3.8	20	75	18	66	75	0	4	20	0.97
214880748--214880773	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
214881564--214881600	5	7.2	5	93	6	65	0	21	0	78	0.75
214881564--214881627	15	4.0	16	76	13	69	3	28	0	68	1.04
214887834--214887911	37	2.1	37	100	0	156	20	32	19	28	1.97
214888014--214888383	49	7.5	49	95	0	650	30	32	8	28	1.87
214888178--214888311	27	5.3	27	60	17	81	32	32	5	29	1.80
214891281--214891469	29	6.5	29	85	3	238	25	30	16	26	1.97
214900373--214900673	40	7.6	40	84	5	308	26	28	20	24	1.99
214902579--214902656	37	2.1	37	100	0	156	23	32	19	25	1.98
214902579--214902668	37	2.4	37	94	3	146	25	32	18	23	1.97
214902707--214902905	47	4.2	47	93	3	328	32	28	6	32	1.83
214902708--214902905	95	2.1	95	96	1	362	32	28	6	32	1.83
214902898--214903053	47	3.3	46	91	4	235	28	30	7	33	1.85
214902954--214903169	112	1.9	113	93	4	375	28	27	8	35	1.86
214902913--214903217	159	1.9	162	92	3	517	28	28	8	34	1.86
214903064--214903339	49	5.8	48	96	0	468	28	27	9	34	1.88
214908627--214908838	46	4.6	46	76	9	175	27	18	30	23	1.98
214908771--214908898	50	2.7	47	80	13	131	25	19	30	24	1.98
214910797--214910943	40	3.7	40	89	2	208	23	21	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214918434--214918641	40	5.2	39	85	1	236	25	26	22	25	2.00
214918434--214918641	80	2.6	80	85	1	265	25	26	22	25	2.00
214921200--214921225	12	2.2	12	100	0	52	23	15	46	15	1.83
214927427--214927602	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
214927423--214927594	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
214930550--214930618	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
214930541--214930628	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
214933013--214933188	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
214933009--214933180	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
214937449--214937597	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
214937490--214937597	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
214945566--214945714	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
214945607--214945714	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
214949440--214949603	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
214949440--214949637	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
214955495--214955661	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
214963461--214963627	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
214971432--214971598	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
214979367--214979533	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
214983881--214983998	36	3.3	36	93	3	202	24	33	16	24	1.96
214984045--214984195	48	3.2	48	98	0	286	32	27	5	33	1.81
214984187--214984617	49	8.9	49	94	2	737	29	26	9	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214987733--214987951	40	5.6	40	88	4	288	26	26	20	26	1.99
214987757--214987976	120	1.9	116	85	7	309	28	26	19	26	1.99
214987901--214988068	40	4.2	40	78	7	146	27	26	20	25	1.99
214987733--214988065	120	2.8	117	79	9	306	26	27	19	26	1.99
214989973--214990092	37	3.2	37	96	0	222	24	33	18	24	1.97
214990140--214990291	48	3.2	48	98	0	286	32	28	5	33	1.81
214990283--214990616	49	6.9	49	93	2	559	28	27	9	34	1.88
214990283--214990616	96	3.5	96	96	0	587	28	27	9	34	1.88
214990283--214990616	145	2.3	146	93	3	584	28	27	9	34	1.88
214995595--214995778	40	4.6	40	82	8	223	24	25	28	22	1.99
214995595--214995785	80	2.4	80	86	7	255	23	25	28	23	2.00
215003663--215003921	79	3.3	80	84	5	321	25	23	27	23	2.00
215003663--215003885	39	5.6	40	85	4	299	24	24	27	23	2.00
215005529--215005569	20	2.0	20	85	4	55	17	21	19	41	1.90
215011701--215011801	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
215013921--215014127	40	5.2	39	81	4	202	25	26	22	25	2.00
215013921--215014126	79	2.6	80	80	5	229	25	26	22	25	2.00
215021948--215022155	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
215021948--215022154	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
215024440--215024534	42	2.2	42	81	9	104	30	27	16	25	1.97
215028536--215028638	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
215035485--215035587	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215039495--215039569	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
215046811--215046977	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
215053977--215054105	40	3.3	38	76	6	132	24	27	24	24	2.00
215053992--215054142	40	3.8	39	78	10	128	22	26	23	27	2.00
215053992--215054141	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
215056170--215056337	38	4.3	40	90	4	231	24	29	21	25	1.99
215064171--215064338	39	4.3	38	87	6	205	26	28	20	25	1.99
215064171--215064339	77	2.2	77	83	8	209	26	28	20	24	1.99
215067830--215067998	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
215075820--215076002	40	4.6	40	80	4	176	23	26	22	27	1.99
215083010--215083058	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
215083880--215084046	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
215091021--215091069	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
215091890--215092056	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
215095251--215095422	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
215095275--215095458	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
215099693--215099864	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
215099717--215099900	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
215104129--215104300	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
215104153--215104336	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
215110410--215110574	40	4.2	38	79	12	165	26	22	27	23	2.00
215110410--215110558	78	1.9	78	84	6	203	26	22	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215118934--215119084	80	1.9	79	85	6	207	27	23	27	22	1.99
215118934--215119100	40	4.2	40	78	6	171	26	22	26	23	2.00
215128262--215128410	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
215128303--215128410	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
215132843--215132954	27	4.2	26	83	7	118	36	23	23	16	1.94
215143332--215143398	34	2.0	34	85	5	91	22	19	20	37	1.95
215146427--215146487	30	2.0	30	90	0	95	37	8	24	29	1.84
215148341--215148442	28	3.5	29	80	6	109	28	28	14	28	1.95
215150540--215150636	28	3.4	28	91	8	153	32	25	12	28	1.92
215151724--215151761	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
215161421--215161517	28	3.4	28	91	8	153	32	25	12	28	1.92
215162607--215162644	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
215169739--215169869	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
215169738--215169869	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
215186980--215187115	26	5.2	26	93	3	229	36	23	5	34	1.77
215191106--215191247	27	5.3	26	87	4	158	35	21	23	19	1.96
215191106--215191245	54	2.6	54	87	2	174	35	21	24	19	1.96
215192856--215192991	26	5.2	26	97	0	236	36	24	5	33	1.78
215196446--215196477	9	3.7	9	95	4	57	21	21	12	43	1.86
215204528--215204580	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
215217707--215217838	29	4.6	29	91	0	201	26	15	32	25	1.95
215225765--215225867	29	3.6	29	87	0	143	26	15	33	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215230363--215230443	43	1.9	42	87	2	117	22	30	20	25	1.98
215230603--215230700	28	3.5	28	90	0	142	28	24	11	35	1.90
215236008--215236110	38	2.6	39	90	3	154	26	21	30	22	1.99
215243981--215244124	39	3.7	39	90	4	236	27	20	29	22	1.98
215248715--215248754	21	2.0	20	85	5	53	50	22	2	25	1.62
215248995--215249021	12	2.2	12	100	0	54	29	7	0	62	1.22
215251292--215251329	5	8.0	5	82	11	53	18	2	0	78	0.86
215251995--215252035	21	2.0	21	85	9	57	12	31	26	29	1.92
215262374--215262442	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
215263931--215264111	46	3.9	46	80	9	224	20	20	29	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770