genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.571.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  571  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178069374--178069608	39	6.0	40	80	5	203	25	26	22	25	2.00
178075566--178075669	29	3.6	28	85	2	127	26	15	28	28	1.96
178085221--178085378	65	2.4	65	80	2	192	24	17	20	36	1.94
178088242--178088363	60	2.0	60	98	0	235	30	13	8	47	1.72
178089662--178089817	85	1.8	85	81	2	197	26	21	26	26	1.99
178095560--178095670	47	2.4	47	89	3	161	27	27	9	36	1.87
178095674--178095901	46	5.0	46	98	0	429	31	27	7	33	1.84
178098602--178098706	40	2.7	40	77	7	106	26	24	22	25	2.00
178099364--178099626	40	6.7	40	92	3	412	25	28	20	25	1.99
178106917--178106964	25	1.9	25	86	0	69	31	25	16	27	1.97
178107003--178107059	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
178107001--178107071	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
178107012--178107066	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
178107118--178107283	23	7.1	23	92	2	278	28	22	20	28	1.98
178107117--178107305	23	8.0	23	88	6	265	28	22	21	28	1.99
178107116--178107283	47	3.6	47	96	1	311	28	22	20	28	1.98
178109537--178109775	48	5.0	48	83	5	277	23	30	19	26	1.98
178109538--178109775	96	2.5	96	86	1	316	23	30	19	26	1.98
178111617--178112061	27	16.8	27	76	9	364	37	18	11	32	1.87
178111617--178112061	53	8.4	53	77	8	358	37	18	11	32	1.87
178111994--178112042	24	2.0	24	88	0	71	38	16	10	34	1.82
178112101--178112501	27	14.9	27	84	1	446	36	17	20	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178112930--178112994	22	3.0	22	75	8	69	21	27	21	29	1.99
178116585--178116654	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
178124009--178124033	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
178124479--178124636	29	5.5	30	88	8	229	33	13	25	26	1.94
178124479--178124636	59	2.8	55	90	4	226	33	13	25	26	1.94
178127722--178127791	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
178130174--178130324	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
178138158--178138299	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
178138197--178138309	40	2.8	39	86	5	145	23	23	28	23	2.00
178141973--178142090	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
178141941--178142104	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
178149478--178149640	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
178153771--178153940	93	1.8	92	93	1	295	27	28	21	21	1.99
178160861--178161035	45	3.8	49	78	15	183	28	28	21	21	1.99
178160866--178161035	93	1.8	92	96	1	313	28	29	21	21	1.98
178166651--178166780	29	4.4	29	97	1	242	24	23	13	37	1.92
178166651--178166780	59	2.2	59	97	1	244	24	23	13	37	1.92
178170575--178170648	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
178170516--178170648	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
178177290--178177421	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
178177290--178177421	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
178185247--178185417	39	4.3	40	91	3	233	24	21	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178188098--178188268	39	4.3	40	89	3	224	23	21	29	25	1.99
178189668--178189939	48	5.6	48	79	3	278	27	19	27	24	1.99
178189668--178189942	96	2.8	95	85	4	347	27	19	27	25	1.99
178190465--178190503	21	1.9	19	85	10	51	51	2	12	33	1.54
178197162--178197217	24	2.3	24	84	0	76	16	42	3	37	1.65
178200693--178200863	49	3.5	48	78	8	177	22	30	18	28	1.98
178200641--178201016	48	7.9	46	74	12	224	23	28	18	28	1.98
178200641--178201006	94	3.8	95	82	5	366	22	28	19	28	1.98
178201656--178201698	20	2.3	18	81	14	52	37	18	0	44	1.50
178213299--178213482	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
178213339--178213527	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
178226595--178226725	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
178226612--178226762	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
178229394--178229424	16	1.9	16	93	0	53	67	3	19	9	1.33
178230509--178230604	27	3.5	29	87	12	141	28	11	27	33	1.91
178233145--178233306	80	2.0	80	98	0	315	40	6	20	33	1.77
178237629--178237894	46	5.7	46	73	11	229	23	19	28	28	1.98
178237679--178237840	47	3.5	47	75	14	190	22	19	29	28	1.98
178237622--178237887	93	2.9	93	90	0	406	23	19	28	27	1.98
178239342--178239559	40	5.5	40	86	2	271	24	28	24	22	1.99
178244369--178244433	34	2.0	32	87	6	94	26	27	20	26	1.99
178244376--178244452	34	2.3	34	82	6	86	28	23	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178248583--178248768	40	4.7	40	88	5	252	24	21	26	26	1.99
178248583--178248801	80	2.8	80	82	8	261	26	21	26	26	1.99
178248583--178248791	40	5.2	40	84	7	230	25	21	26	26	1.99
178261387--178261456	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
178269306--178269375	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
178277291--178277607	47	6.7	47	86	1	379	26	29	10	33	1.89
178277460--178277578	22	5.1	22	63	25	66	23	28	14	33	1.94
178281401--178281610	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
178283424--178283464	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
178284969--178285210	40	6.1	39	90	3	351	23	28	22	25	1.99
178286623--178287033	47	8.7	47	87	3	483	27	30	9	32	1.89
178286623--178287033	94	4.4	94	87	1	540	27	30	9	32	1.89
178286623--178287033	141	2.9	142	86	5	534	27	30	9	32	1.89
178286886--178287004	22	5.1	22	63	25	66	24	28	13	33	1.93
178297335--178297498	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
178300362--178300515	40	3.8	40	85	0	173	22	26	22	27	1.99
178300362--178300515	80	1.9	80	86	0	218	22	26	22	27	1.99
178308310--178308494	40	4.6	40	78	2	147	21	25	23	29	1.99
178308347--178308498	40	3.8	40	82	1	153	23	25	22	28	1.99
178311959--178311987	15	1.9	15	100	0	58	41	3	27	27	1.72
178314000--178314266	24	11.1	24	97	0	471	20	17	25	36	1.95
178322029--178322295	24	11.1	24	97	0	471	20	17	25	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178324926--178324974	19	2.5	20	83	3	64	36	24	6	32	1.80
178325138--178325232	24	3.9	24	79	6	86	34	18	21	25	1.96
178327161--178327199	14	2.8	14	96	0	69	51	7	23	17	1.71
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178337882--178338160	40	7.1	40	91	4	426	25	28	23	22	1.99
178340842--178340983	24	6.0	23	96	3	248	21	18	25	35	1.95
178340842--178340983	47	3.0	47	97	1	266	21	18	25	35	1.95
178340842--178341057	71	3.2	71	82	15	278	21	18	25	35	1.96
178340874--178340996	13	10.2	13	63	24	63	21	17	25	36	1.94
178340944--178341017	35	2.0	38	92	7	127	21	16	22	39	1.92
178340921--178341041	59	2.0	61	91	3	201	21	17	23	37	1.94
178340897--178341057	83	1.9	85	88	5	247	21	18	24	36	1.95
178340978--178341057	24	3.5	23	88	6	103	22	18	23	35	1.96
178348588--178348818	24	9.6	24	92	3	349	21	19	25	33	1.97
178351841--178351897	10	5.4	10	78	12	60	70	1	7	21	1.20
178351841--178351897	21	2.6	22	86	8	73	70	1	7	21	1.20
178353562--178353607	24	2.0	22	87	8	65	41	10	0	47	1.38
178356863--178357044	46	4.0	46	80	5	215	27	19	24	29	1.98
178356863--178357040	92	1.9	92	86	4	252	27	19	24	29	1.98
178363714--178363808	40	2.4	39	82	10	113	27	15	27	29	1.96
178365655--178365711	27	2.2	26	81	12	71	33	21	21	24	1.97
178366985--178367014	8	3.8	8	90	0	51	13	0	30	56	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178366987--178367018	9	3.8	9	84	16	50	9	0	34	56	1.32
178366985--178367017	16	2.1	16	100	0	66	12	0	33	54	1.37
178368776--178368854	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
178369246--178369312	29	2.3	29	94	0	116	22	25	13	38	1.90
178376881--178376959	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
178380308--178380381	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
178380249--178380381	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
178388173--178388246	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
178388114--178388246	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
178390303--178390404	31	3.1	31	87	9	123	23	22	15	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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