Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  513  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
159101104--159101252
80
1.9
79
83
6
194
22
26
24
26
2.00
159109060--159109189
40
3.3
39
76
8
136
23
27
23
24
2.00
159109076--159109227
40
3.8
40
78
6
148
22
26
23
27
1.99
159109076--159109225
80
1.9
80
83
8
198
22
26
24
27
1.99
159110884--159111002
47
2.6
45
82
5
123
23
23
17
35
1.95
159110971--159111029
27
2.2
27
100
0
118
22
27
13
37
1.91
159111046--159111129
44
1.9
44
85
4
116
27
23
11
36
1.90
159114738--159114846
27
4.0
27
84
8
123
37
22
23
15
1.93
159119802--159119931
40
3.2
40
84
4
174
22
24
29
23
1.99
159132907--159133134
46
5.0
46
90
1
332
39
14
23
22
1.91
159138651--159138686
11
3.2
12
88
11
58
47
0
52
0
1.00
159138653--159138697
11
4.1
11
88
5
56
42
0
57
0
0.98
159138959--159138994
14
2.5
15
95
4
65
16
5
13
63
1.47
159138956--159139028
33
2.3
31
84
13
96
12
5
19
63
1.48
159138958--159139030
15
4.7
15
71
24
62
12
6
19
61
1.52
159139433--159139538
35
3.0
35
95
0
194
22
12
49
16
1.78
159142356--159142467
33
3.4
33
92
2
163
41
10
31
16
1.83
159146090--159146188
51
1.9
51
81
4
119
43
11
4
41
1.59
159148927--159148965
11
3.5
11
85
0
51
15
12
2
69
1.30
159148927--159148990
33
1.9
33
81
12
78
17
12
6
64
1.47
159149033--159149090
30
1.9
30
89
0
89
24
6
12
56
1.59
159149206--159149243
11
3.3
12
85
10
53
63
0
0
36
0.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
159149477--159149502
13
2.0
13
100
0
52
38
0
15
46
1.46
159151844--159151892
26
1.9
25
84
12
64
36
6
2
55
1.37
159152156--159152203
21
2.2
23
81
7
55
35
10
2
52
1.48
159152162--159152204
23
2.0
21
86
9
59
34
6
2
55
1.39
159154127--159154151
10
2.5
10
100
0
50
64
0
0
36
0.94
159154333--159154363
16
1.9
16
93
0
53
35
6
9
48
1.62
159155350--159155442
46
2.0
46
100
0
186
35
30
2
32
1.70
159156218--159156262
22
2.0
22
91
0
72
44
11
6
37
1.66
159162262--159162303
20
2.1
20
82
8
50
54
2
42
0
1.13
159163418--159163458
21
2.0
21
100
0
82
29
21
14
34
1.93
159163439--159163675
74
3.3
70
78
9
203
30
20
17
31
1.96
159163497--159163837
71
4.5
71
73
15
263
31
21
17
30
1.96
159163545--159163889
160
2.2
160
96
0
636
32
21
16
28
1.95
159175151--159175334
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
159175191--159175379
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
159186212--159186453
51
4.9
51
94
5
433
31
8
29
30
1.86
159186210--159186453
98
2.5
98
94
5
429
31
8
29
30
1.86
159186445--159186548
48
2.2
48
89
0
154
35
5
27
30
1.80
159186588--159186826
37
6.4
37
94
0
406
24
17
31
26
1.97
159195411--159195492
35
2.3
35
78
0
92
40
21
8
29
1.83
159213656--159213689
17
2.1
17
88
5
52
73
17
0
8
1.08
159215657--159215819
39
4.2
39
92
0
254
22
20
32
24
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
159221261--159221424
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
159221261--159221458
71
2.8
70
91
3
258
20
28
17
33
1.95
159228829--159228992
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
159228829--159229026
71
2.8
70
91
3
258
20
28
17
33
1.95
159232128--159232345
79
2.7
81
79
8
225
25
27
22
24
1.99
159232154--159232345
40
4.8
39
78
8
181
25
28
22
23
1.99
159256404--159256438
17
2.1
18
89
10
56
48
0
11
40
1.39
159257477--159257502
1
26.0
1
100
0
52
100
0
0
0
0.00
159261905--159262022
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
159261873--159262036
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
159270412--159270529
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
159270380--159270543
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
159275026--159275143
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
159274994--159275157
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
159282515--159282739
101
2.2
101
83
4
285
27
15
24
32
1.95
159282651--159282780
56
2.3
55
81
7
147
27
13
23
34
1.93
159287814--159287847
18
1.9
17
88
5
50
76
0
23
0
0.79
159289928--159290296
138
2.6
138
89
2
515
40
14
23
21
1.90
159289927--159290248
46
7.0
46
93
0
491
40
15
23
21
1.91
159289942--159290296
92
3.8
91
85
9
395
41
15
23
20
1.90
159292350--159292462
31
3.7
30
83
9
124
24
24
18
31
1.97
159292487--159292577
42
2.2
42
89
0
137
36
21
12
29
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
159292722--159292845
26
4.8
26
90
1
178
27
22
21
28
1.99
159293624--159293724
27
3.7
27
85
7
118
19
23
22
33
1.97
159293746--159293984
27
8.8
27
80
1
181
31
9
19
39
1.83
159293859--159293998
54
2.6
54
86
4
201
31
7
22
38
1.82
159293746--159293983
81
2.9
82
76
5
221
31
9
19
39
1.83
159293977--159294187
27
7.8
27
89
2
280
39
8
25
27
1.84
159293859--159294063
54
3.8
54
83
2
178
35
8
20
35
1.83
159293950--159294180
81
2.9
81
82
3
189
39
9
22
28
1.84
159294193--159294282
27
3.3
27
83
9
112
33
10
16
40
1.82
159293976--159294214
81
3.0
80
81
4
241
38
8
24
28
1.85
159294193--159294297
27
3.9
27
78
9
90
35
9
16
39
1.81
159296790--159296820
2
15.5
2
100
0
62
51
0
0
48
1.00
159296907--159296948
2
21.0
2
95
0
75
47
0
0
52
1.00
159299185--159299210
9
2.9
9
100
0
52
65
0
11
23
1.25
159302411--159302552
40
3.5
40
85
3
135
28
22
26
22
1.99
159302450--159302618
80
2.1
80
85
2
223
25
24
27
22
2.00
159302450--159302618
40
4.2
40
79
4
171
25
24
27
22
2.00
159310444--159310547
40
2.6
40
86
1
138
30
22
25
21
1.98
159310485--159310613
35
3.5
36
81
13
129
27
24
26
21
1.99
159313502--159313550
17
2.9
17
75
6
55
65
0
12
22
1.26
159312980--159322379
295
31.9
295
88
2
13533
33
19
19
28
1.96
159312980--159348817
296
121.0
293
82
8
37637
33
18
19
28
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
159323569--159323744
46
3.8
46
79
12
207
21
21
28
28
1.98
159323566--159323737
93
1.8
93
94
0
308
21
21
29
27
1.99
159325049--159348817
293
81.1
295
89
3
34813
33
19
19
27
1.96
159333551--159333595
14
2.9
17
75
24
55
64
0
11
24
1.26
159350176--159350343
40
4.2
40
82
3
178
25
26
22
26
2.00
159352028--159358401
295
21.7
295
88
2
9003
33
19
19
28
1.96
159352028--159358401
881
7.2
880
88
3
8841
33
19
19
28
1.96
159360465--159360529
34
2.0
34
84
6
89
30
26
16
26
1.97
159362371--159362467
32
3.0
32
96
0
185
38
23
6
31
1.80
159368949--159368996
25
1.9
25
87
8
71
45
8
0
45
1.33
159374074--159374114
21
2.0
21
90
0
64
19
29
21
29
1.98
159381854--159382022
84
2.0
84
97
0
320
36
18
10
33
1.86
159384273--159384332
30
2.0
31
86
3
86
43
5
1
50
1.34
159388196--159388249
21
2.4
22
85
14
67
62
0
9
27
1.25
159388364--159388422
24
2.5
22
76
17
66
59
1
0
38
1.08
159390420--159390595
71
2.5
72
85
2
230
29
22
15
31
1.95
159390460--159390846
160
2.4
160
96
0
704
31
21
17
29
1.96
159390624--159390755
71
1.9
71
86
0
192
28
25
15
30
1.96
159403264--159403316
21
2.4
23
87
12
76
62
0
9
28
1.26
159403524--159403565
3
13.7
3
80
14
50
61
2
2
33
1.21
159404439--159404574
26
5.2
26
92
0
218
36
5
21
36
1.76
159411470--159411652
40
4.6
40
83
3
181
23
26
22
27
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
159414274--159414405
29
4.6
29
84
1
140
25
17
32
25
1.97
159416852--159416889
20
1.9
20
88
0
58
52
10
2
34
1.50
159416948--159417103
47
3.3
47
89
3
231
28
30
8
32
1.87
159416948--159417103
49
3.3
49
88
5
230
28
30
8
32
1.87
159419795--159419892
28
3.5
28
84
4
108
29
16
24
29
1.96
159422653--159422831
80
2.2
81
86
1
252
25
25
22
26
2.00
159422653--159422832
40
4.5
40
83
3
202
25
25
22
26
2.00
159424535--159424630
41
2.3
41
98
0
183
27
27
21
23
1.99
159430862--159431069
40
5.2
40
82
1
184
21
26
24
27
1.99
159430888--159431069
80
2.3
80
83
0
220
21
26
23
28
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770