genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.722.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  722  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228417820--228417894	28	2.6	29	78	4	89	22	20	34	22	1.96
228425619--228425692	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
228425676--228425751	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
228425619--228425751	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
228430027--228430144	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
228429995--228430158	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
228437603--228437720	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
228437571--228437734	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
228440674--228440824	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
228440711--228440840	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
228452432--228452601	92	1.8	92	96	0	313	28	28	21	21	1.99
228452427--228452598	46	3.7	46	80	11	217	29	27	21	21	1.99
228452429--228452617	46	4.1	46	73	17	151	28	28	21	21	1.99
228453012--228453071	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
228459306--228459392	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
228460915--228461013	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
228468611--228468709	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
228471288--228471504	29	7.5	29	83	3	213	26	15	32	25	1.95
228476114--228476335	40	5.6	40	91	1	331	23	21	26	29	1.99
228484603--228484859	40	6.6	40	87	5	339	23	21	24	29	1.99
228491587--228491747	29	5.6	29	89	0	214	25	31	14	29	1.95
228491558--228491747	87	2.2	87	79	0	209	25	32	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228496961--228497059	23	4.2	24	87	3	130	29	21	20	29	1.98
228496968--228497061	47	2.0	46	87	2	134	29	21	20	28	1.98
228498461--228498589	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
228498496--228498642	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
228498477--228498642	40	4.2	37	77	9	125	24	27	24	24	2.00
228507996--228508126	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
228507996--228508126	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
228511457--228511492	17	2.1	17	100	0	72	36	11	22	30	1.89
228515769--228515899	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
228515769--228515899	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
228517380--228517527	40	3.8	37	74	12	129	25	27	22	25	2.00
228521554--228521761	40	5.2	40	85	2	258	26	26	21	25	1.99
228528295--228528330	13	2.8	13	95	0	63	16	33	27	22	1.95
228529668--228529873	40	5.2	40	83	4	240	26	26	21	25	1.99
228529659--228529872	79	2.7	77	80	7	225	26	26	21	25	1.99
228531987--228532145	29	5.5	29	88	1	212	24	30	15	29	1.95
228531987--228532145	86	1.8	87	86	1	230	24	30	15	29	1.95
228531930--228532145	57	3.8	57	80	3	211	25	32	15	26	1.96
228539873--228540030	29	5.5	29	87	3	203	24	31	15	29	1.95
228539873--228540030	85	1.8	86	84	2	219	24	31	15	29	1.95
228543168--228543223	26	2.1	25	87	9	76	64	7	5	23	1.40
228543710--228543750	21	1.9	21	85	5	55	41	14	9	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228543721--228543799	19	4.2	19	90	9	126	36	15	10	37	1.81
228543721--228543809	36	2.4	38	85	14	134	37	14	10	38	1.80
228544182--228544975	206	3.9	206	90	0	1219	29	22	17	31	1.96
228546495--228546724	49	4.7	49	86	4	268	24	18	27	29	1.98
228546487--228546724	97	2.4	98	84	7	322	24	18	27	28	1.98
228549688--228549725	15	2.6	15	83	4	51	7	13	21	57	1.60
228551868--228552008	40	3.5	40	83	1	158	22	28	22	26	1.99
228559974--228560114	40	3.5	40	83	1	158	22	28	22	26	1.99
228563315--228563552	49	4.8	49	87	3	316	26	18	26	28	1.98
228563308--228563552	99	2.5	100	86	3	343	25	18	27	28	1.98
228564495--228564588	44	2.1	44	80	7	100	27	24	17	30	1.97
228567265--228567442	40	4.5	40	86	7	197	25	21	27	24	2.00
228567265--228567442	79	2.2	80	80	11	197	25	21	27	24	2.00
228574882--228575091	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
228583018--228583227	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
228590076--228590283	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
228590077--228590283	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
228598089--228598296	40	5.2	40	85	0	227	26	22	25	25	2.00
228598091--228598296	80	2.6	80	85	1	252	26	22	26	25	2.00
228600303--228600405	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
228608097--228608199	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
228609871--228609903	17	1.9	17	88	11	50	42	15	0	42	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228617681--228617864	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
228617721--228617909	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
228620962--228621179	79	2.8	81	78	10	218	25	27	22	24	2.00
228620995--228621179	40	4.7	40	83	5	214	25	28	22	23	2.00
228628448--228628611	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
228628448--228628645	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
228634759--228634927	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
228642790--228642958	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
228646935--228646987	15	3.5	15	73	0	52	13	16	16	52	1.74
228649697--228649912	46	4.7	46	91	0	315	39	15	23	21	1.91
228649647--228649912	138	2.0	130	87	5	379	39	15	23	21	1.92
228654986--228655201	46	4.7	46	91	0	315	39	15	23	21	1.91
228654936--228655201	138	2.0	130	87	5	379	39	15	23	21	1.92
228660508--228660622	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
228660533--228660622	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
228660728--228660819	28	3.3	28	93	3	150	29	7	29	33	1.85
228668462--228668560	32	3.1	32	76	13	96	31	4	24	40	1.74
228668712--228668803	27	3.5	26	77	5	96	28	9	27	34	1.88
228676990--228677404	49	8.5	49	92	0	688	29	8	31	29	1.88
228676989--228677404	195	2.1	196	95	0	746	30	8	31	29	1.88
228677501--228677620	37	3.3	37	91	2	190	25	17	33	23	1.96
228681085--228681254	45	3.8	45	78	14	197	21	20	28	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228681082--228681249	91	1.8	92	92	3	286	21	20	29	29	1.98
228681479--228681516	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
228682914--228682971	27	2.1	27	100	0	116	25	24	25	24	2.00
228688672--228688844	46	3.7	46	78	10	199	22	20	26	30	1.98
228688669--228688839	93	1.8	93	92	0	288	22	20	27	29	1.98
228689069--228689106	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
228690845--228690945	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
228698793--228698893	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
228704030--228704181	40	3.8	40	80	5	146	25	28	23	23	2.00
228710688--228710788	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
228718630--228718730	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
228723150--228723257	40	2.7	40	79	11	114	25	27	22	25	2.00
228726712--228726739	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
228726739--228726776	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
228726979--228727108	39	3.4	39	93	2	210	23	29	19	28	1.98
228728249--228728305	2	29.0	2	83	3	62	47	3	3	45	1.37
228734988--228735119	39	3.4	39	94	0	219	22	28	19	28	1.98
228736262--228736312	2	26.0	2	82	4	50	47	3	3	45	1.40
228742938--228743065	39	3.3	39	92	2	204	23	26	20	29	1.99
228742955--228743063	38	2.8	38	95	1	191	22	26	21	29	1.99
228744198--228744256	2	30.0	2	82	3	66	47	5	1	45	1.34
228747046--228747215	47	3.6	48	91	1	254	34	5	26	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228748704--228748745	22	2.0	21	86	9	59	35	2	2	59	1.23
228749722--228749812	39	2.4	38	77	3	101	54	4	6	34	1.46
228750313--228750347	14	2.4	14	90	9	52	5	0	25	68	1.11
228750312--228750352	16	2.5	17	81	18	52	4	2	21	70	1.18
228750343--228750379	16	2.3	16	90	9	58	0	8	2	89	0.58
228751192--228751253	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
228751351--228751382	14	2.3	14	94	0	55	59	6	12	21	1.55
228751345--228751382	14	2.7	15	84	12	53	52	5	10	31	1.58
228751025--228751612	252	2.4	248	85	5	755	37	18	16	27	1.92
228751458--228752255	165	4.9	163	84	8	883	33	19	18	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770