Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  289  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88099462--88099532
27
2.6
27
80
4
81
38
26
5
29
1.79
88099516--88099639
27
4.6
27
85
2
169
41
20
7
29
1.79
88099500--88099639
54
2.6
53
85
6
138
40
22
7
30
1.80
88099622--88099683
27
2.3
27
94
0
106
41
16
14
27
1.87
88099516--88099666
54
2.8
54
87
2
169
41
20
8
29
1.82
88099516--88099685
81
2.1
81
84
6
220
40
19
10
29
1.85
88100305--88100400
28
3.5
28
92
4
151
45
25
8
20
1.79
88105173--88105223
24
2.1
24
82
7
59
56
7
9
25
1.58
88128290--88128378
27
3.3
27
85
3
99
32
12
14
40
1.83
88128302--88128440
27
5.1
27
80
9
133
33
11
19
35
1.88
88137393--88137520
46
2.8
46
87
0
184
19
21
29
29
1.97
88138029--88138059
14
2.2
14
100
0
62
41
6
12
38
1.69
88151233--88151415
39
4.6
39
83
0
204
25
21
28
24
1.99
88153051--88153270
123
1.8
121
82
7
284
31
10
24
33
1.90
88153229--88153379
40
3.8
40
78
6
155
27
23
27
21
1.99
88153266--88153395
40
3.2
40
79
2
154
23
23
28
23
2.00
88153229--88153395
80
2.1
79
82
7
205
26
23
27
22
2.00
88158646--88159141
248
2.0
248
98
0
956
30
17
24
27
1.97
88162139--88162320
39
4.6
39
86
1
231
24
21
30
23
1.99
88163961--88164182
124
1.8
122
81
7
279
31
11
23
32
1.90
88164141--88164291
40
3.8
40
77
11
141
26
24
27
21
2.00
88164178--88164307
40
3.2
40
79
2
154
23
23
28
23
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88164140--88164307
80
2.1
80
82
6
207
26
23
27
22
2.00
88172491--88172681
40
4.8
39
78
7
172
23
28
24
24
1.99
88172531--88172681
78
1.9
80
85
5
209
23
28
23
25
1.99
88175033--88175081
24
2.0
24
100
0
98
24
16
18
40
1.90
88178224--88178286
24
2.6
24
97
0
117
36
26
15
20
1.93
88182399--88182428
6
5.0
6
100
0
60
66
0
16
16
1.25
88182468--88182502
18
1.9
18
88
0
52
62
2
14
20
1.43
88182874--88182908
15
2.2
16
95
5
63
20
14
14
51
1.76
88185288--88185401
42
2.7
41
79
14
108
26
28
20
24
1.99
88188655--88188698
22
2.0
22
100
0
88
22
13
22
40
1.89
88195729--88195914
40
4.7
40
88
5
243
27
27
20
24
1.99
88201257--88201327
27
2.6
27
77
0
79
22
25
26
25
2.00
88203158--88203342
55
3.4
52
75
11
185
22
23
17
36
1.95
88209992--88210251
49
5.3
49
91
1
382
28
30
8
32
1.86
88215615--88215757
62
2.3
62
93
0
241
35
8
7
48
1.62
88216988--88217021
14
2.4
15
85
14
54
44
5
17
32
1.73
88219069--88219118
3
17.3
3
76
15
52
0
36
0
64
0.94
88219069--88219122
15
3.7
15
85
14
78
0
37
0
62
0.95
88219066--88219119
28
1.9
28
92
7
92
0
37
0
62
0.95
88224179--88224203
11
2.3
11
100
0
50
48
8
28
16
1.74
88228396--88228636
48
5.6
38
78
17
167
29
15
25
29
1.96
88228423--88228742
48
6.9
48
84
8
403
30
15
23
31
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88228471--88228771
133
2.3
133
94
0
530
29
14
23
31
1.95
88228396--88228737
181
1.9
180
93
0
594
29
15
24
31
1.95
88228710--88228782
38
1.9
38
88
5
112
30
13
27
28
1.94
88237269--88237312
22
2.0
22
90
0
70
54
4
0
40
1.21
88239652--88239830
40
4.4
40
82
3
198
26
24
25
24
2.00
88239652--88239830
80
2.2
81
85
3
236
26
24
25
24
2.00
88239773--88239851
40
2.0
40
85
5
106
29
26
24
20
1.99
88243373--88243553
46
3.9
46
81
9
233
20
21
29
27
1.98
88243375--88243545
93
1.8
93
96
0
315
20
22
29
27
1.98
88246503--88246581
15
5.4
15
77
10
83
10
17
13
58
1.63
88246494--88246580
29
3.0
29
81
8
95
10
17
16
56
1.67
88248951--88249131
46
3.9
46
81
9
233
20
21
29
27
1.98
88248953--88249123
93
1.8
93
96
0
315
20
22
29
27
1.98
88252030--88252335
49
6.3
49
98
1
573
30
29
7
32
1.86
88252030--88252335
146
2.1
147
96
1
573
30
29
7
32
1.86
88255961--88256156
40
4.9
40
92
2
324
25
29
21
23
1.99
88256214--88256288
38
2.0
38
84
5
98
24
26
17
32
1.97
88258468--88258778
49
6.3
49
95
2
545
30
29
8
32
1.86
88258468--88258778
100
3.2
98
94
4
545
30
29
8
32
1.86
88265250--88265293
22
2.0
22
86
0
61
56
4
0
38
1.20
88268135--88268338
53
3.8
53
74
7
160
37
18
24
20
1.94
88273940--88274126
71
2.7
68
93
5
281
18
28
18
34
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88273963--88274126
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
88273963--88274160
71
2.8
70
92
3
276
20
28
17
33
1.95
88281507--88281693
71
2.7
68
93
5
281
18
28
18
34
1.95
88281530--88281693
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
88281530--88281727
71
2.8
70
92
3
276
20
28
17
33
1.95
88287384--88287514
40
3.3
40
85
0
172
24
27
21
26
1.99
88287401--88287551
40
3.8
40
85
4
180
23
25
22
28
1.99
88295462--88295592
40
3.3
40
85
0
172
24
27
21
26
1.99
88295479--88295629
40
3.8
40
84
4
162
22
26
22
28
1.99
88304138--88304222
28
3.0
28
84
5
100
18
37
20
23
1.94
88305673--88305787
27
4.3
27
86
6
130
35
20
23
20
1.96
88308326--88308545
46
4.7
46
77
11
164
23
30
17
28
1.97
88312749--88312841
44
2.1
45
97
2
179
10
33
12
43
1.78
88315489--88315660
93
1.8
94
82
6
224
24
26
19
30
1.98
88315489--88315660
46
3.7
46
77
11
163
24
26
19
30
1.98
88321143--88321200
29
2.0
29
100
0
116
27
6
34
31
1.83
88323570--88323611
2
21.5
2
85
4
59
42
2
2
52
1.27
88323570--88323606
14
2.6
14
95
0
65
43
2
2
51
1.30
88323952--88324186
39
6.0
40
77
6
178
25
22
25
25
2.00
88331481--88331511
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
88331867--88332004
39
3.5
39
89
2
186
26
21
26
25
1.99
88331858--88332032
39
4.4
40
84
2
185
27
22
26
24
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88338114--88338241
49
2.6
50
86
2
177
27
16
26
29
1.97
88342335--88342373
17
2.4
17
83
16
55
46
7
5
41
1.55
88342809--88342862
18
3.0
18
83
0
72
48
14
18
18
1.82
88343188--88343303
27
4.3
27
81
4
119
37
17
15
29
1.90
88346239--88346310
33
2.2
33
82
2
81
31
25
19
23
1.98
88346338--88346419
31
2.7
30
90
5
130
28
24
15
31
1.96
88346626--88346708
25
3.4
24
86
6
105
25
21
22
30
1.99
88346739--88346769
16
1.9
16
93
0
53
35
16
19
29
1.93
88347635--88347864
27
8.4
27
78
5
158
32
7
20
40
1.81
88347612--88347864
54
4.6
54
77
5
240
31
8
20
39
1.82
88347642--88347849
81
2.5
82
77
7
210
30
7
20
42
1.79
88347708--88347998
54
5.4
53
79
6
183
34
6
23
36
1.80
88347723--88347875
81
1.9
81
80
0
180
32
5
22
39
1.78
88347843--88348025
27
6.8
27
88
1
251
37
6
24
31
1.81
88347843--88348046
81
2.5
80
84
2
212
36
6
23
33
1.82
88349245--88349314
23
3.0
24
79
12
99
24
25
4
45
1.71
88355609--88355818
40
5.1
41
88
3
289
33
21
19
25
1.97
88356368--88356392
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
88358101--88358272
93
1.8
93
96
0
317
27
30
22
20
1.98
88358093--88358268
46
3.8
46
81
10
232
28
29
21
20
1.98
88360648--88360735
29
3.0
29
80
8
97
56
15
17
10
1.66
88360648--88360726
15
5.4
15
77
10
83
58
13
17
10
1.63
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88360659--88360735
15
5.2
15
75
9
77
55
15
16
11
1.68
88363681--88363852
93
1.8
93
96
0
317
27
30
22
20
1.98
88363673--88363848
46
3.8
46
81
10
232
28
29
21
20
1.98
88371775--88371950
42
4.2
42
88
4
239
34
21
18
26
1.96
88371817--88371946
40
3.2
40
93
2
215
32
20
20
26
1.97
88377136--88377263
23
5.4
25
71
11
83
35
14
20
29
1.93
88377134--88377202
24
2.8
25
86
4
95
30
17
23
28
1.97
88377157--88377271
23
5.0
23
74
7
108
36
14
20
28
1.92
88379644--88379680
12
2.9
13
88
8
58
48
16
8
27
1.74
88379642--88379716
25
3.2
24
81
14
102
46
14
6
32
1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770