genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.355.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  355  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108864720--108864802	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
108864720--108864791	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
108864839--108864886	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
108866122--108866562	27	16.6	27	85	6	546	40	9	22	27	1.84
108869411--108869474	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
108869666--108869830	24	7.0	24	87	6	230	26	21	22	29	1.99
108869666--108869830	71	2.3	70	90	4	251	26	21	22	29	1.99
108869666--108869830	47	3.5	48	88	5	230	26	21	22	29	1.99
108869888--108869964	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
108869884--108869966	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
108869884--108869955	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
108870003--108870050	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
108872830--108872933	29	3.6	29	88	0	145	25	32	15	26	1.95
108874261--108874294	9	3.7	9	88	4	50	0	11	0	88	0.52
108875101--108875226	40	3.2	40	87	0	180	24	26	23	24	2.00
108875101--108875307	80	2.6	80	78	3	202	25	25	23	26	2.00
108875125--108875308	40	4.6	40	79	1	147	23	24	24	27	2.00
108878125--108878197	29	2.5	29	88	4	85	26	30	16	27	1.97
108879368--108879423	24	2.3	24	84	9	69	7	16	1	75	1.11
108886006--108886078	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
108892743--108892893	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
108892780--108892909	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108899959--108900088	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
108906746--108906805	27	2.3	26	82	2	66	38	21	16	23	1.93
108909544--108909625	43	2.0	41	80	9	94	26	15	28	29	1.96
108910200--108910232	17	1.9	17	100	0	66	45	0	18	36	1.49
108914875--108914929	21	2.6	21	97	0	101	25	27	32	14	1.95
108921122--108921179	30	1.9	30	86	6	82	25	34	20	18	1.96
108934196--108934264	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
108935895--108935932	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
108936887--108937153	24	11.1	24	95	0	444	20	17	25	35	1.95
108944617--108944685	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
108952287--108952492	40	5.2	40	90	0	304	28	29	18	23	1.98
108955023--108955083	27	2.3	27	83	8	81	36	19	19	24	1.95
108956377--108956434	29	2.0	30	82	3	73	41	10	24	24	1.86
108957050--108957081	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
108957047--108957180	50	2.6	50	81	4	153	26	14	25	33	1.94
108970454--108970604	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
108970490--108970620	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
108972816--108972852	17	2.2	17	100	0	74	27	18	27	27	1.98
108979679--108979809	57	2.3	58	83	1	165	25	34	16	24	1.95
108979679--108979809	29	4.6	29	86	1	165	25	34	16	24	1.95
108981143--108981180	18	2.1	18	85	9	51	7	5	0	86	0.69
108988422--108988493	28	2.5	28	91	6	110	29	26	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108993374--108993448	29	2.6	29	86	0	105	28	26	17	28	1.98
109028070--109028122	22	2.4	21	87	9	79	37	28	11	22	1.89
109036426--109036555	52	2.6	51	81	3	147	26	16	23	33	1.96
109041119--109041192	29	2.6	29	89	4	105	25	31	16	27	1.96
109049272--109049447	46	3.8	46	79	12	207	19	21	30	28	1.98
109049269--109049440	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
109053462--109053659	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
109053528--109053645	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
109053496--109053659	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
109066284--109066317	17	2.0	17	94	0	59	32	5	38	23	1.79
109071323--109071416	42	2.2	41	87	9	127	32	21	18	27	1.96
109071312--109071416	43	2.5	43	84	7	135	31	21	19	27	1.97
109071312--109071461	43	3.5	44	74	16	118	31	24	17	27	1.97
109074661--109074837	39	4.5	39	88	2	239	29	28	22	19	1.98
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109076497--109076664	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
109084503--109084670	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
109084503--109084670	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
109089489--109089661	46	3.8	46	79	14	214	28	29	21	20	1.98
109089497--109089666	91	1.8	92	94	2	306	27	30	21	20	1.98
109092046--109092134	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
109092046--109092125	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
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109092057--109092134	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
109095074--109095247	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
109095082--109095252	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	20	1.98
109097219--109097354	40	3.4	40	86	3	166	24	22	25	27	2.00
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109104980--109105051	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
109112802--109112902	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
109112831--109112902	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
109121974--109122106	54	2.5	54	87	2	178	30	25	19	24	1.98
109126473--109126682	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
109134608--109134817	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
109138703--109138847	40	3.6	40	85	4	193	23	25	24	26	2.00
109141984--109142101	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
109141952--109142115	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
109154078--109154289	23	9.0	24	93	3	326	27	21	22	27	1.99
109154078--109154290	94	2.3	94	93	2	356	27	21	23	27	1.99
109154335--109154385	20	2.5	20	93	0	84	31	21	11	35	1.90
109156572--109156745	20	8.7	21	63	12	64	15	29	17	37	1.90
109156516--109156783	119	2.2	119	87	0	374	17	27	16	37	1.92
109156516--109156773	40	6.5	40	88	0	365	17	28	17	36	1.92
109162141--109162243	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
109163040--109163075	13	2.6	14	91	8	65	52	8	11	27	1.65
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109164011--109164182	46	3.7	46	78	13	190	20	20	29	29	1.98
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109187958--109188017	30	2.0	30	83	6	77	40	8	18	33	1.80
109188346--109188509	46	3.5	46	77	11	147	32	17	26	23	1.97
109191338--109191602	40	6.6	40	86	1	325	15	27	18	37	1.92
109191491--109191559	20	3.5	20	74	7	68	13	33	23	30	1.92
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109197812--109197850	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
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109214689--109214852	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
109221323--109221445	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
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109223673--109224211	29	18.7	29	96	1	933	25	17	33	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109224695--109224793	41	2.4	41	80	11	114	26	25	24	24	2.00
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109228117--109228194	37	2.1	37	100	0	156	28	19	32	20	1.97
109230207--109230717	29	17.7	29	96	1	866	25	17	33	24	1.96
109231201--109231299	41	2.4	41	80	11	114	26	25	24	24	2.00
109235459--109235627	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
109243462--109243630	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
109246116--109246164	25	1.9	26	87	4	73	40	8	10	40	1.69
109246311--109246359	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
109246269--109246400	68	1.9	71	87	6	198	50	5	3	40	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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