genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.375.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  375  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115567026--115567194	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
115574931--115575108	40	4.5	40	80	4	175	23	25	22	28	1.99
115579513--115579623	54	2.1	53	87	1	159	17	22	22	37	1.94
115579513--115579623	27	4.2	26	87	5	141	17	22	22	37	1.94
115581783--115581858	36	2.1	36	97	0	143	25	10	13	51	1.72
115582695--115582988	158	1.9	158	85	0	408	46	11	11	29	1.75
115582695--115583024	82	4.1	82	83	4	375	46	11	12	29	1.77
115582971--115583102	71	1.9	71	85	3	185	43	9	17	29	1.79
115583254--115583365	49	2.3	49	80	6	120	53	8	2	34	1.46
115583779--115583842	32	2.0	32	87	0	92	54	9	7	28	1.60
115586633--115586669	17	2.2	17	90	9	58	16	5	5	72	1.21
115589061--115589184	40	3.1	40	80	2	124	22	28	23	25	1.99
115595881--115596064	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
115603203--115603325	39	3.2	38	74	13	99	27	26	21	23	1.99
115603216--115603420	39	5.2	40	81	5	206	25	25	22	25	2.00
115603216--115603418	79	2.6	80	81	6	211	25	26	22	25	2.00
115611340--115611547	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
115611340--115611545	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
115620474--115620518	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
115622968--115623029	31	2.0	31	90	0	97	29	24	16	30	1.96
115623057--115623139	42	2.0	42	85	4	114	42	20	9	27	1.83
115623286--115623572	47	6.1	48	86	3	372	27	20	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115623286--115623572	24	12.2	24	85	5	372	27	20	23	28	1.99
115623286--115623573	119	2.4	118	90	2	454	27	20	23	28	1.99
115623618--115623668	20	2.5	20	87	0	75	33	21	9	35	1.86
115623705--115623752	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
115624913--115624977	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
115625031--115625082	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
115625118--115625246	27	4.8	26	81	4	150	30	8	20	41	1.82
115625121--115625260	54	2.6	54	82	4	183	30	7	21	40	1.82
115625039--115625314	27	10.1	27	79	4	146	34	9	18	37	1.83
115625238--115625422	27	6.9	27	84	7	223	41	7	22	28	1.81
115625419--115625517	27	3.7	26	80	8	110	30	10	21	38	1.86
115625411--115625515	54	2.0	53	83	9	133	30	10	22	36	1.88
115634340--115634654	54	5.8	54	80	4	341	39	21	9	29	1.85
115634313--115634671	27	13.3	27	79	6	280	38	20	10	30	1.86
115634693--115634886	27	7.2	27	90	0	273	34	17	20	27	1.95
115635090--115635159	25	2.8	25	91	0	104	28	25	21	24	1.99
115638062--115638106	23	2.0	23	95	0	81	28	22	31	17	1.97
115638066--115638117	23	2.3	23	82	0	59	28	21	28	21	1.98
115639098--115639456	47	7.7	46	70	16	183	23	29	19	27	1.98
115639287--115639455	92	1.8	92	91	2	277	25	28	18	27	1.98
115656872--115656915	23	1.9	23	81	9	54	22	9	43	25	1.82
115661708--115661788	37	2.2	37	93	0	135	24	32	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115666900--115667051	40	3.8	40	80	5	155	24	23	27	25	2.00
115671632--115671761	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
115677200--115677348	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
115677241--115677348	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
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115687960--115688172	94	2.3	94	82	3	259	23	25	20	30	1.99
115687959--115688172	48	4.6	47	78	5	193	23	25	20	30	1.98
115689273--115689330	30	1.9	30	86	6	82	36	17	18	27	1.94
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115713078--115713253	46	3.8	46	80	11	207	29	29	21	19	1.98
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115753248--115753415	40	4.2	40	83	5	207	25	24	28	22	1.99
115761718--115761755	18	2.1	19	85	14	53	42	23	0	34	1.55
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115761981--115762123	46	3.1	45	84	6	137	29	27	20	21	1.98
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115788651--115788727	23	3.5	23	75	21	92	40	7	12	38	1.73
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115788646--115788727	42	1.9	43	97	2	157	40	9	12	37	1.76
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115860637--115860778	72	2.0	72	90	2	223	19	16	26	36	1.94
115865876--115865967	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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115867261--115867387	54	2.4	54	78	1	139	35	7	23	33	1.84
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115870790--115870890	27	3.7	26	73	12	78	22	19	18	38	1.93
115870907--115871015	27	3.9	27	71	21	73	32	8	17	42	1.79
115870913--115871067	54	2.8	54	80	11	147	29	7	19	43	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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