genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.734.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  734  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232108123--232108225	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
232115917--232116019	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
232120588--232120693	39	2.7	40	84	8	128	21	22	24	31	1.98
232128052--232128100	24	2.0	24	100	0	98	44	8	16	30	1.76
232128249--232128273	9	2.8	9	100	0	50	44	12	24	20	1.85
232129597--232129759	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
232137171--232137288	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
232137139--232137302	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
232146543--232146657	43	2.7	42	78	11	135	29	23	16	30	1.96
232149878--232149947	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
232149878--232149959	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
232157743--232157810	26	2.6	27	90	6	104	27	14	27	29	1.95
232157743--232157822	27	3.0	27	82	12	69	28	16	25	30	1.96
232162285--232162501	40	5.5	39	81	7	206	23	26	23	26	2.00
232162285--232162503	80	2.7	79	80	3	251	24	26	22	26	2.00
232169844--232170059	40	5.4	39	83	6	211	24	26	22	26	2.00
232169844--232170063	80	2.7	79	81	2	253	24	25	23	26	2.00
232172055--232172172	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
232172023--232172186	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
232179633--232179750	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
232179601--232179764	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
232183388--232183555	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232191409--232191575	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
232196060--232196125	32	2.1	32	100	0	132	45	15	18	21	1.85
232198051--232198094	22	2.0	22	81	0	52	18	31	18	31	1.95
232200005--232200172	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
232205760--232205901	38	3.7	39	88	4	225	26	20	30	22	1.98
232212069--232212211	39	3.7	39	90	2	234	26	20	30	22	1.99
232212070--232212251	77	2.3	79	89	2	269	24	22	29	23	1.99
232213626--232213689	28	2.2	29	94	2	112	28	14	31	26	1.95
232213673--232213749	29	2.7	29	77	0	82	22	18	35	24	1.96
232221367--232221496	57	2.3	58	95	1	235	29	14	29	26	1.95
232221367--232221496	29	4.5	29	94	1	235	29	14	29	26	1.95
232225752--232225900	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
232225793--232225900	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
232233853--232234001	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
232233894--232234001	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
232240690--232240740	22	2.3	22	93	3	84	31	7	41	19	1.80
232240845--232240915	35	2.0	35	88	0	106	40	9	22	26	1.85
232243185--232243254	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
232245711--232245749	20	1.9	21	89	5	62	25	15	33	25	1.95
232255363--232255525	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
232255363--232255555	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
232263300--232263462	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232263300--232263492	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
232265480--232265614	53	2.5	53	85	4	182	34	20	24	20	1.96
232265466--232265614	55	2.7	55	80	6	187	36	18	24	20	1.95
232268074--232268172	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
232275752--232275850	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
232281591--232281796	80	2.6	79	81	4	227	25	26	23	25	2.00
232281591--232281797	40	5.2	40	79	6	197	25	26	23	25	2.00
232291548--232291646	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
232298751--232298982	40	5.8	40	90	2	362	25	28	21	25	1.99
232298751--232298982	79	2.9	79	90	3	351	25	28	21	25	1.99
232298751--232298982	119	1.9	119	92	1	385	25	28	21	25	1.99
232300231--232300271	21	2.0	21	85	9	57	36	26	2	34	1.70
232300242--232300281	21	1.9	21	84	0	53	37	25	2	35	1.69
232302845--232302946	29	3.6	29	78	6	109	20	16	33	29	1.95
232313722--232313905	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
232313762--232313950	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
232318716--232318913	39	5.2	40	78	11	186	21	28	24	25	1.99
232318779--232318916	71	1.9	72	92	7	237	20	28	23	26	1.99
232318779--232318916	39	3.7	38	82	15	191	20	28	23	26	1.99
232326838--232327047	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
232336540--232336640	28	3.5	28	82	5	96	28	27	15	27	1.96
232340810--232340852	22	2.0	21	81	4	50	37	6	18	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232341527--232341741	40	5.4	40	93	1	351	21	22	28	26	1.99
232349840--232350016	40	4.5	40	92	4	288	21	24	28	25	1.99
232349840--232350016	78	2.2	80	93	4	297	21	24	28	25	1.99
232353202--232353271	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
232360853--232360922	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
232360853--232360934	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
232368441--232368510	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
232368441--232368522	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
232377593--232377630	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
232379256--232379324	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
232385597--232385634	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
232389414--232389895	47	10.3	47	95	1	835	32	8	30	28	1.87
232389414--232389895	93	5.2	94	95	1	835	32	8	30	28	1.87
232389414--232389891	140	3.4	140	95	1	825	32	8	30	28	1.87
232390013--232390095	37	2.2	37	91	0	130	24	22	32	20	1.98
232391556--232391613	27	2.1	28	96	3	109	44	25	12	17	1.83
232394453--232394619	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
232394453--232394619	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
232395444--232395489	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
232402453--232402619	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
232402453--232402619	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
232403444--232403489	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232411376--232411476	28	3.5	28	89	7	150	27	25	13	32	1.94
232411376--232411505	30	4.5	29	85	9	158	28	26	13	31	1.94
232411375--232411505	58	2.3	58	86	2	183	28	26	13	31	1.94
232415754--232415961	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
232415756--232415961	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
232423752--232423959	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
232423754--232423959	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
232430171--232430335	39	4.2	40	77	8	153	26	21	27	24	1.99
232438679--232438779	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
232438708--232438783	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
232446475--232446575	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
232446504--232446579	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
232454309--232454407	28	3.5	28	84	4	101	29	15	27	28	1.96
232454338--232454407	27	2.5	28	88	2	97	30	15	27	27	1.96
232465223--232465349	40	3.2	40	95	2	220	22	22	27	26	1.99
232470040--232470071	13	2.5	13	100	0	64	31	31	31	6	1.82
232474885--232474929	23	2.0	23	95	0	81	33	17	26	22	1.96
232484355--232484506	39	3.9	39	82	9	159	28	21	26	23	1.99
232484351--232484536	40	4.8	38	79	8	171	27	21	26	23	1.99
232494127--232494175	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
232494991--232495140	40	3.8	40	80	6	155	26	22	27	24	1.99
232506610--232506690	40	2.0	40	88	4	119	28	28	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232508050--232508217	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
232508066--232508215	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
232514650--232514816	40	4.2	40	80	4	169	23	26	22	26	2.00
232514666--232514775	39	2.8	40	84	8	136	22	29	24	23	1.99
232516498--232516597	40	2.5	39	82	10	123	27	29	20	24	1.99
232521698--232521798	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
232529613--232529713	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
232537529--232537629	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
232539014--232539221	46	4.4	48	83	7	223	23	27	22	26	1.99
232542750--232542917	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770