genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.524.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  524  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162739489--162739591	40	2.6	39	92	3	163	25	28	21	25	1.99
162739489--162739616	40	3.2	40	86	6	129	26	28	20	24	1.99
162739502--162739708	40	5.2	40	80	6	145	27	28	20	24	1.99
162741676--162741872	47	4.2	47	92	5	319	32	27	6	32	1.83
162741888--162741923	18	2.0	18	88	0	54	33	22	11	33	1.89
162741941--162742267	51	6.6	49	87	5	307	29	26	9	33	1.88
162741785--162742024	123	2.0	120	94	4	423	32	27	8	32	1.87
162741740--162742074	167	2.0	166	87	7	491	31	26	8	32	1.87
162741941--162742269	148	2.2	144	86	6	437	29	26	9	34	1.88
162741990--162742271	97	2.9	96	90	4	449	29	26	9	34	1.88
162741990--162742269	48	5.7	49	91	4	449	29	26	9	34	1.88
162745467--162745680	39	5.5	40	83	6	235	24	21	27	26	1.99
162745468--162745680	116	1.8	116	81	6	268	24	21	27	26	1.99
162747429--162747529	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
162747458--162747533	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
162755278--162755378	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
162755307--162755382	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
162766126--162766165	18	2.1	18	86	9	53	5	25	15	55	1.60
162769056--162769208	41	3.8	40	87	6	186	23	27	24	24	2.00
162769015--162769208	40	4.8	40	83	6	189	24	27	23	24	2.00
162769024--162769208	81	2.3	81	78	9	198	24	26	24	24	2.00
162773307--162773474	40	4.2	40	82	1	185	26	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162781298--162781458	29	5.6	29	93	0	259	26	14	32	26	1.95
162790471--162790623	39	3.9	39	91	0	243	24	20	30	24	1.99
162790472--162790654	78	2.3	79	89	1	269	24	22	30	23	1.99
162798463--162798641	37	4.7	39	90	5	285	26	20	29	23	1.99
162798463--162798681	79	2.8	76	87	5	289	24	21	29	23	1.99
162803971--162804012	22	1.9	22	95	0	75	19	21	33	26	1.97
162818596--162818696	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
162829363--162829572	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
162834083--162834248	40	4.2	40	81	5	178	26	21	27	24	1.99
162834083--162834232	79	1.9	79	84	5	205	26	22	27	24	1.99
162842807--162842929	29	4.2	29	96	0	228	30	15	26	27	1.96
162842808--162842958	58	2.6	58	89	2	196	27	15	30	25	1.96
162842807--162842994	87	2.2	86	82	4	218	26	16	30	26	1.97
162850793--162850952	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
162854245--162854334	40	2.2	40	82	7	121	24	28	23	23	1.99
162872107--162872205	28	3.5	28	84	4	119	31	27	14	27	1.95
162880550--162880647	28	3.5	28	79	10	103	29	26	15	28	1.96
162884972--162885025	6	9.5	6	82	11	60	79	1	3	14	0.95
162884972--162885025	22	2.4	23	87	3	74	79	1	3	14	0.95
162884951--162885024	16	4.3	17	75	13	71	75	1	4	18	1.03
162884999--162885033	12	2.9	12	84	16	54	82	0	0	17	0.66
162890073--162890105	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162892802--162892860	29	2.0	29	100	0	118	33	20	6	38	1.79
162898446--162898493	18	2.7	18	83	6	62	18	4	0	77	0.93
162898446--162898493	6	8.0	6	79	6	53	18	4	0	77	0.93
162902960--162903030	23	3.2	22	72	5	72	47	15	9	26	1.76
162908132--162908192	29	2.1	29	93	0	104	27	14	31	26	1.95
162910040--162910171	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
162910010--162910171	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
162910040--162910171	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
162913174--162913315	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
162913213--162913341	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
162921168--162921334	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
162933831--162934036	40	5.2	40	85	2	254	25	20	27	26	1.99
162941284--162941380	43	2.3	43	98	0	185	20	9	26	43	1.82
162941125--162941605	255	1.9	255	94	0	854	29	12	22	35	1.90
162945679--162945790	27	4.1	27	80	7	120	37	23	23	16	1.93
162946206--162946235	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
162946998--162947040	22	2.0	22	85	0	59	67	2	23	6	1.27
162953316--162953421	27	3.9	27	78	11	101	40	22	19	16	1.91
162954736--162954952	44	4.9	44	79	16	209	29	29	19	20	1.97
162957315--162957364	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
162957326--162957373	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
162958212--162958240	13	2.2	13	100	0	58	48	24	6	20	1.74
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162960310--162960481	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
162960302--162960477	46	3.8	46	80	12	216	28	29	21	20	1.98
162965226--162965396	46	3.7	45	81	9	211	21	22	28	27	1.99
162968929--162969176	3	81.7	3	67	16	84	28	8	2	60	1.41
162968929--162968972	14	3.1	14	96	3	79	34	0	0	65	0.93
162973338--162973474	53	2.6	54	89	5	208	35	22	23	18	1.95
162973338--162973474	26	5.1	27	82	11	158	35	22	23	18	1.95
162973320--162973474	27	5.8	26	79	11	154	35	21	23	19	1.96
162977420--162977458	21	1.9	20	84	5	51	30	0	23	46	1.53
162978295--162978339	15	3.2	15	81	18	69	60	0	4	35	1.17
162978295--162978348	27	2.0	28	92	3	92	61	0	5	33	1.19
162979927--162979967	17	2.4	18	80	12	50	17	14	31	36	1.90
162980322--162980411	34	2.6	34	84	6	119	30	25	18	25	1.98
162981792--162981850	30	2.0	30	82	0	73	40	6	27	25	1.80
162982071--162982117	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
162982473--162982709	50	4.7	50	76	3	224	27	16	24	31	1.96
162982467--162982650	101	1.8	101	83	0	242	26	16	25	32	1.96
162989049--162989077	9	3.2	9	100	0	58	44	24	10	20	1.82
162990598--162990684	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
162990753--162991015	49	5.4	49	94	0	418	30	28	8	32	1.87
162995971--162996101	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
162995971--162996101	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163003921--163004051	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
163003921--163004051	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
163006897--163007067	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
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163009445--163009533	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
163009445--163009524	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
163009456--163009533	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
163012479--163012653	46	3.8	47	81	13	229	28	29	21	20	1.98
163012487--163012657	92	1.8	92	95	3	308	27	29	22	20	1.98
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163019413--163019586	93	1.9	93	93	0	303	21	21	29	28	1.98
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163025660--163025771	54	2.1	54	84	3	145	16	23	22	38	1.93
163025986--163026019	17	2.0	17	100	0	68	23	29	11	35	1.90
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163031191--163031238	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
163048422--163048518	28	3.5	28	88	4	144	20	8	24	46	1.78
163049138--163049199	27	2.3	27	94	0	106	27	14	16	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163049155--163049305	54	2.8	54	86	2	160	29	9	19	41	1.83
163049153--163049305	81	1.9	81	86	5	220	30	9	19	40	1.83
163049182--163049305	27	4.6	27	85	2	169	30	7	20	41	1.79
163049289--163049359	27	2.7	26	75	4	70	30	7	25	36	1.83
163049182--163049305	54	2.3	54	92	0	203	30	7	20	41	1.79
163049179--163049332	81	1.9	81	79	2	175	31	7	21	38	1.82
163054412--163054574	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
163054412--163054608	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
163062695--163062743	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
163063565--163063731	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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