genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.308.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  308  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94175052--94175284	94	2.4	95	94	2	405	30	32	8	28	1.86
94175052--94175315	94	2.8	95	87	6	376	29	32	9	28	1.88
94191087--94191164	29	2.7	29	90	2	122	29	12	26	30	1.93
94191087--94191176	29	3.1	28	85	7	119	28	12	27	31	1.93
94192666--94192750	45	1.9	44	92	2	143	25	25	18	29	1.98
94201863--94201893	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
94203891--94203951	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
94206196--94206229	11	3.0	11	91	4	50	50	8	17	23	1.74
94206201--94206231	11	2.8	11	95	0	53	54	6	19	19	1.65
94214860--94214912	24	2.3	24	81	9	58	20	7	3	67	1.31
94219972--94220044	36	2.0	36	97	0	137	30	24	26	19	1.98
94219977--94220053	36	2.1	36	88	4	111	32	27	23	16	1.96
94222091--94222241	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
94222128--94222257	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
94224437--94224533	28	3.6	27	73	20	94	6	35	1	57	1.30
94226241--94226287	17	2.8	17	83	0	58	8	8	4	78	1.07
94226230--94226293	11	5.6	11	75	15	51	10	9	3	76	1.12
94226241--94226293	23	2.3	23	83	0	61	9	9	3	77	1.11
94234823--94234869	23	2.0	23	100	0	94	38	29	12	19	1.89
94240971--94241035	31	2.1	31	91	0	103	40	15	13	30	1.86
94242323--94242363	8	5.4	8	85	5	50	0	9	2	87	0.62
94245114--94245150	13	3.2	12	88	11	51	0	13	0	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94245913--94245951	20	2.0	20	89	0	60	41	5	0	53	1.23
94248204--94248278	29	2.5	29	82	4	87	49	12	10	28	1.73
94252255--94252291	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
94252333--94252399	29	2.3	30	84	7	93	19	40	0	40	1.52
94252502--94252560	30	2.0	30	86	6	84	20	38	0	40	1.53
94259840--94259878	15	2.5	15	83	4	51	69	0	0	30	0.89
94260576--94260651	5	15.2	5	100	0	152	60	0	0	39	0.97
94264144--94264184	21	2.0	21	85	9	57	43	0	24	31	1.54
94267115--94267265	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
94278907--94278953	2	24.0	2	95	4	87	51	0	0	48	1.00
94287725--94287825	28	3.5	28	84	4	103	28	13	27	29	1.95
94287754--94287825	29	2.5	29	91	6	112	30	13	26	29	1.94
94295711--94295811	28	3.5	28	84	4	103	28	13	27	29	1.95
94295740--94295811	29	2.5	29	91	6	112	30	13	26	29	1.94
94304246--94304413	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
94311527--94311744	40	5.5	40	89	4	291	22	24	27	25	2.00
94318799--94318907	29	3.8	29	82	10	125	27	30	15	26	1.96
94318799--94318907	58	1.9	58	86	1	157	27	30	15	26	1.96
94326727--94326775	24	2.1	23	84	3	62	57	10	2	30	1.43
94327639--94327752	29	4.0	29	79	10	119	28	26	14	29	1.95
94327971--94328007	17	2.2	17	95	0	65	13	21	13	51	1.75
94331404--94331668	40	6.7	40	82	6	281	24	28	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94331448--94331669	120	1.9	120	87	0	327	25	27	22	24	2.00
94338901--94339165	40	6.7	40	82	6	272	24	27	23	24	2.00
94353228--94353372	29	5.1	29	88	1	204	28	28	14	28	1.95
94359025--94359124	51	2.0	51	84	4	130	24	17	26	33	1.96
94361928--94361979	23	2.3	23	74	12	54	21	11	1	65	1.34
94363840--94363880	13	3.2	13	89	0	64	21	24	34	19	1.97
94377269--94377339	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
94377323--94377446	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
94377307--94377446	54	2.6	53	85	6	138	40	21	7	30	1.80
94377323--94377475	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
94377347--94377489	27	5.3	26	81	5	115	40	18	11	30	1.85
94377323--94377473	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
94378110--94378206	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
94381418--94381488	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
94381472--94381595	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
94381456--94381595	54	2.6	53	85	6	138	40	21	7	30	1.80
94381472--94381624	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
94381578--94381639	27	2.3	27	94	0	106	41	16	14	27	1.87
94381472--94381622	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
94382260--94382356	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
94384505--94384628	64	1.9	64	83	8	160	29	18	29	22	1.97
94385696--94385727	17	1.9	17	93	6	57	50	0	12	37	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94388912--94389086	67	2.7	66	80	10	173	31	17	29	22	1.96
94388936--94389118	63	2.9	62	79	13	185	28	17	29	24	1.97
94391820--94391990	93	1.8	93	87	2	254	22	19	28	29	1.98
94391826--94391995	46	3.7	47	76	13	172	22	19	27	30	1.98
94396200--94396340	37	3.9	37	87	9	202	26	31	19	22	1.98
94396227--94396328	32	3.0	33	87	9	143	27	32	18	21	1.97
94396487--94397490	48	20.9	48	96	0	1810	30	26	6	36	1.81
94402058--94402224	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
94410760--94410951	40	4.8	39	79	7	174	22	28	23	24	1.99
94410800--94410951	78	1.9	80	85	5	211	23	28	23	25	1.99
94418758--94418948	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
94418798--94418948	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
94420893--94421079	50	3.8	49	80	7	189	27	18	26	27	1.98
94424588--94424670	30	2.7	31	85	3	116	24	26	18	31	1.97
94424884--94424935	25	2.1	25	89	3	79	28	19	19	32	1.96
94424891--94424961	25	2.8	25	86	2	97	28	21	23	26	1.99
94427142--94427166	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
94430459--94430890	45	9.6	45	82	8	452	22	20	15	40	1.91
94430547--94430620	24	3.2	24	62	27	59	24	20	14	40	1.90
94430459--94430948	45	10.9	43	80	9	425	23	20	15	41	1.90
94430457--94430890	180	2.4	181	81	6	529	22	20	16	40	1.91
94432874--94433305	45	9.6	45	82	8	452	22	20	15	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94432962--94433035	24	3.2	24	62	27	59	24	20	14	40	1.90
94432874--94433363	45	10.9	43	80	9	425	23	20	15	41	1.90
94432872--94433305	180	2.4	181	81	6	529	22	20	16	40	1.91
94435376--94435449	24	3.2	24	62	27	59	24	20	14	40	1.90
94435286--94435719	180	2.4	181	82	6	538	22	20	15	40	1.90
94435288--94435777	45	10.9	44	82	8	483	23	20	15	41	1.90
94439123--94439293	43	4.0	43	77	6	161	33	23	15	27	1.94
94444584--94444637	25	2.2	25	100	0	108	16	14	20	48	1.81
94445076--94445109	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
94449593--94449662	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
94455761--94455940	40	4.5	40	95	0	297	22	21	28	27	1.99
94463550--94463789	40	6.0	40	94	1	403	22	21	28	27	1.99
94467421--94467581	29	5.6	29	82	1	162	24	16	33	25	1.96
94474874--94474902	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
94476728--94477253	27	19.5	27	84	3	648	28	22	9	40	1.84
94478495--94478542	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
94478585--94478645	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
94478695--94478837	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
94478695--94478837	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
94478695--94478838	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
94479029--94479092	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
94488809--94488854	21	2.2	21	88	0	65	32	0	45	21	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94488813--94488846	14	2.4	14	90	0	50	35	0	44	20	1.52
94488824--94488853	14	2.1	14	93	0	51	30	0	53	16	1.44
94490944--94490996	21	2.5	21	81	0	61	26	35	7	30	1.84
94498713--94498847	29	4.7	29	87	3	164	23	31	14	29	1.95
94498688--94498847	58	2.8	58	81	0	176	23	33	15	27	1.94
94500915--94501139	40	5.6	40	83	4	274	22	27	24	24	2.00
94500915--94501139	120	1.9	121	87	6	332	22	27	24	24	2.00
94508909--94509129	40	5.6	40	84	4	288	22	27	24	24	2.00
94508873--94509129	119	2.2	117	85	8	337	22	26	24	25	2.00
94508909--94509129	79	2.8	80	86	3	297	22	27	24	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770