genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.536.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  536  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166635145--166635331	40	4.7	39	77	9	173	25	28	21	23	1.99
166641585--166641663	32	2.4	33	79	10	99	30	26	17	25	1.97
166644023--166644275	39	6.5	40	84	6	306	25	27	23	23	2.00
166644049--166644275	118	1.9	117	86	7	327	25	28	23	22	1.99
166652177--166652432	40	6.5	40	89	3	360	24	28	24	22	1.99
166652177--166652432	79	3.2	80	90	4	378	24	28	24	22	1.99
166652203--166652432	119	1.9	118	90	4	365	24	29	24	21	1.99
166662173--166662301	40	3.3	41	77	8	151	24	27	24	24	2.00
166662173--166662337	40	4.2	40	76	6	149	23	26	23	26	2.00
166670152--166670319	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
166670168--166670317	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
166672105--166672167	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
166672844--166672876	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
166675775--166675852	6	12.3	6	77	10	75	78	1	3	16	0.97
166675799--166675855	15	3.7	15	86	13	73	78	0	1	19	0.83
166675797--166675855	20	2.9	21	87	10	95	79	0	1	18	0.81
166675775--166675860	40	2.2	39	83	10	111	75	1	5	17	1.06
166679965--166680006	18	2.4	17	81	18	50	59	14	7	19	1.57
166683772--166683804	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
166686210--166686268	30	2.0	30	86	0	82	44	5	23	27	1.74
166688475--166688550	29	2.7	29	83	4	102	22	32	18	26	1.97
166688421--166688549	29	4.5	28	76	7	91	24	35	17	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166696324--166696383	31	2.0	30	86	3	84	25	28	15	31	1.95
166704281--166704365	39	2.2	40	89	2	127	23	30	24	21	1.99
166704281--166704447	40	4.2	40	78	5	142	24	27	22	25	2.00
166705688--166705724	18	2.1	17	90	5	56	0	18	5	75	0.99
166707663--166707760	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
166711024--166711113	29	3.1	29	90	1	128	31	28	11	28	1.91
166714179--166714338	41	3.9	40	77	11	146	21	21	28	28	1.99
166714176--166714360	41	4.5	42	74	16	129	22	21	28	27	1.99
166718190--166718261	20	3.6	20	100	0	144	11	31	33	23	1.90
166724465--166724650	47	4.0	47	89	0	255	34	10	29	25	1.90
166724539--166724614	25	3.2	25	63	30	65	30	13	32	23	1.93
166724820--166724962	37	3.9	37	94	0	243	23	20	31	25	1.98
166726243--166726528	40	7.2	40	84	5	341	26	20	26	26	1.99
166726220--166726497	80	3.5	80	93	1	461	26	20	25	27	1.99
166730568--166730647	25	3.3	25	67	22	71	32	8	27	31	1.87
166730569--166730795	47	5.0	47	86	6	304	33	11	29	25	1.92
166730616--166730696	25	3.4	25	68	22	82	35	9	25	28	1.88
166730671--166730751	41	2.0	41	97	0	153	33	14	29	22	1.94
166730569--166730795	88	2.5	88	87	4	274	33	11	29	25	1.92
166730966--166731139	37	4.7	37	91	0	276	24	17	30	28	1.97
166733527--166733657	6	21.3	6	71	16	72	49	12	17	20	1.78
166733548--166733657	31	3.4	31	71	14	85	49	11	18	20	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166733536--166733635	37	2.7	37	87	0	128	49	12	19	20	1.79
166733536--166733657	37	3.5	36	76	13	119	50	11	18	20	1.77
166734162--166734436	27	10.2	27	84	0	334	40	6	21	30	1.79
166734162--166734436	54	5.1	54	85	0	370	40	6	21	30	1.79
166734173--166734436	81	3.3	81	86	0	384	40	7	20	31	1.79
166734428--166734561	27	5.0	26	81	7	135	30	10	20	38	1.87
166734413--166734582	54	3.2	52	79	9	180	29	10	21	39	1.86
166734413--166734588	81	2.2	80	77	5	185	30	9	21	38	1.85
166734460--166734582	27	4.6	26	79	8	131	29	9	21	39	1.86
166737571--166737671	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
166745363--166745424	27	2.3	27	83	5	72	35	22	17	24	1.95
166745671--166745721	22	2.3	22	93	0	84	9	27	27	35	1.88
166753888--166754072	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
166753881--166754072	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
166760115--166760176	26	2.3	27	86	10	92	37	27	8	27	1.85
166760281--166760390	27	4.0	27	82	8	134	20	23	19	36	1.95
166764082--166764196	27	4.3	26	90	4	158	18	23	21	36	1.95
166768253--166768514	49	5.4	49	96	0	456	29	9	32	29	1.88
166768616--166768700	37	2.3	37	93	0	143	25	20	32	21	1.97
166775250--166775413	40	4.1	39	81	4	168	25	28	21	24	1.99
166775250--166775413	80	2.0	80	84	2	213	25	28	21	24	1.99
166783284--166783447	40	4.1	39	81	4	168	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166783284--166783447	80	2.0	80	84	2	213	25	28	21	24	1.99
166790848--166790977	40	3.3	39	82	4	154	23	24	28	23	2.00
166793126--166793186	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
166797803--166797899	42	2.3	42	90	0	149	29	16	23	29	1.96
166803377--166803429	22	2.2	24	83	12	74	18	1	7	71	1.19
166810793--166810976	79	2.3	81	82	8	218	24	24	27	23	2.00
166810793--166810976	40	4.7	40	78	8	180	24	24	27	23	2.00
166810844--166811009	79	2.1	79	79	4	183	25	23	27	24	2.00
166813715--166813758	6	6.7	6	82	17	52	15	2	2	79	0.93
166813715--166813751	14	2.8	13	88	8	56	16	0	2	81	0.81
166820456--166820573	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
166820424--166820587	71	2.3	71	98	0	319	34	17	28	18	1.94
166828026--166828143	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
166827994--166828157	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
166834164--166834293	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
166834180--166834331	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
166834180--166834329	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
166840380--166840407	14	2.0	14	100	0	56	35	7	28	28	1.84
166842064--166842232	41	4.1	41	75	11	132	24	30	21	23	1.99
166842086--166842233	41	3.6	41	78	7	158	25	29	21	23	1.99
166844266--166844374	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
166844520--166844656	46	3.0	46	89	0	202	25	31	8	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166844630--166844773	47	3.1	47	92	0	234	26	29	11	32	1.91
166854387--166854554	41	4.1	41	73	7	126	26	28	21	23	1.99
166859962--166860184	39	5.7	39	87	4	272	24	28	23	23	1.99
166859962--166860145	39	4.7	40	93	2	282	25	28	23	22	2.00
166859962--166860145	79	2.3	79	90	1	280	25	28	23	22	2.00
166859962--166860184	79	2.8	77	81	13	258	24	28	23	23	1.99
166868005--166868249	39	6.2	40	88	2	302	25	28	22	23	1.99
166868028--166868250	79	2.8	80	85	4	301	25	28	22	23	1.99
166871640--166871702	33	2.0	30	81	9	72	55	17	0	26	1.42
166872246--166872305	27	2.2	27	88	5	86	28	15	21	35	1.93
166877324--166877351	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
166877348--166877426	5	14.2	6	80	17	66	32	2	16	48	1.60
166877349--166877430	11	7.5	11	69	23	50	32	2	17	47	1.60
166877385--166877430	20	2.2	21	92	7	85	32	0	19	47	1.50
166885588--166885649	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
166892941--166892968	13	2.2	13	100	0	56	28	7	14	50	1.69
166902873--166902916	21	2.1	21	83	8	54	25	9	2	63	1.35
166905149--166905192	22	2.0	22	100	0	88	18	22	4	54	1.61
166909310--166909371	32	1.9	32	96	0	115	29	9	22	38	1.86
166919030--166919108	29	2.7	30	86	3	108	27	16	31	24	1.96
166926854--166926929	29	2.6	29	85	0	98	27	17	32	22	1.96
166929123--166929220	42	2.3	42	78	5	117	34	22	16	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166930354--166930378	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
166931220--166931295	24	3.1	24	81	12	93	22	26	17	34	1.96
166933632--166933679	17	2.9	17	81	3	53	20	22	12	43	1.86
166941322--166941357	18	2.0	18	100	0	72	50	22	11	16	1.77
166943497--166943680	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
166943537--166943725	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
166945865--166945922	28	2.1	28	100	0	116	13	24	29	32	1.94
166949105--166949257	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
166953673--166953860	39	4.8	39	94	1	324	22	20	32	24	1.98
166961715--166961871	40	4.0	40	91	2	246	27	28	20	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770