genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.660.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  660  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207445651--207445848	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
207452634--207452793	29	5.5	30	88	8	213	26	25	14	33	1.94
207452634--207452793	59	2.8	57	88	4	214	26	25	14	33	1.94
207461936--207462099	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
207461936--207462133	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
207466226--207466319	29	3.2	29	96	0	170	30	15	26	26	1.96
207466222--207466352	58	2.3	58	84	4	167	29	15	30	25	1.96
207466371--207466440	28	2.4	29	90	6	108	31	12	25	30	1.93
207469244--207469441	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
207469310--207469427	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
207469278--207469441	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
207476808--207477005	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
207476874--207476991	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
207476842--207477005	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
207484461--207484683	58	3.9	58	77	6	179	29	14	29	27	1.95
207484465--207484595	29	4.5	29	87	1	174	27	16	31	25	1.96
207484583--207484683	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
207487312--207487348	16	2.2	17	90	4	58	37	10	21	29	1.88
207492066--207492109	14	3.1	14	83	0	52	61	11	11	15	1.57
207493285--207493319	18	1.9	18	88	0	52	51	0	0	48	1.00
207493399--207493478	40	2.0	40	95	4	144	43	16	7	32	1.76
207496746--207496793	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207496841--207496894	11	5.4	11	70	20	55	37	11	20	31	1.88
207496836--207496894	19	3.0	20	95	5	111	35	10	20	33	1.86
207496945--207497063	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
207496945--207497063	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
207497255--207497318	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
207504843--207504890	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
207504938--207504991	11	5.4	11	70	20	55	37	11	20	31	1.88
207504933--207504991	19	3.0	20	95	5	111	35	10	20	33	1.86
207505042--207505160	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
207505042--207505160	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
207505352--207505415	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
207506239--207506398	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
207506239--207506398	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
207514145--207514304	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
207514145--207514304	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
207523054--207523123	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
207539446--207539524	27	3.0	27	86	1	79	36	20	16	26	1.93
207539458--207539530	27	2.7	27	93	0	119	35	17	19	27	1.94
207545540--207545605	17	3.6	17	74	21	55	22	4	4	68	1.27
207545825--207545859	16	2.1	17	89	5	54	11	8	5	74	1.22
207548507--207548664	43	3.7	42	75	10	160	23	17	31	28	1.97
207551648--207551814	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207560877--207561043	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
207561865--207561910	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
207568879--207569045	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
207569864--207569909	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
207571458--207571664	49	4.3	48	93	1	310	30	8	31	29	1.86
207573791--207574022	40	5.8	40	90	0	338	27	21	26	25	1.99
207577910--207578163	47	5.3	48	93	1	379	31	8	31	29	1.86
207580291--207580521	40	5.8	40	90	1	347	26	20	27	25	1.99
207584410--207584614	47	4.3	47	91	1	293	31	8	31	28	1.86
207594420--207594549	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
207603530--207603728	27	7.4	27	84	1	247	24	20	18	36	1.95
207603530--207603728	80	2.5	81	85	4	258	24	20	18	36	1.95
207603530--207603728	54	3.7	54	85	1	274	24	20	18	36	1.95
207603530--207603727	107	1.8	108	90	1	317	24	20	18	36	1.95
207610336--207610393	25	2.3	25	82	11	75	29	25	22	22	1.99
207611802--207611842	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
207612071--207612142	36	2.0	36	100	0	144	30	5	22	41	1.76
207612428--207612502	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
207622000--207622151	40	3.8	40	83	5	164	23	28	22	26	1.99
207626241--207626460	40	5.5	40	87	1	262	25	26	22	26	2.00
207631641--207631689	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
207632512--207632678	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207639708--207639874	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
207645955--207646024	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
207650521--207650590	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
207650521--207650602	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
207658586--207658655	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
207658586--207658667	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
207665609--207665741	50	2.7	50	88	2	187	29	26	17	27	1.97
207668874--207668943	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
207668874--207668955	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
207676940--207677009	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
207676940--207677021	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
207680902--207681032	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
207680901--207681032	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
207688849--207688979	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
207688848--207688979	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
207694815--207694854	19	2.1	19	90	0	62	30	12	12	45	1.79
207696750--207696852	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
207704755--207704857	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
207710133--207710210	25	3.2	25	65	17	74	30	29	5	34	1.79
207710074--207710285	47	4.6	47	89	1	329	26	30	9	33	1.88
207711806--207711892	24	3.6	24	98	0	165	20	17	25	36	1.94
207711806--207711914	48	2.3	48	88	3	157	23	17	23	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207714008--207714173	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
207714024--207714173	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
207722003--207722169	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
207722019--207722169	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
207730833--207730895	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
207738684--207738746	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
207742644--207742719	24	3.2	24	94	3	136	7	43	34	14	1.74
207742900--207743699	42	19.5	42	84	10	920	14	32	34	17	1.91
207742949--207743676	167	4.5	164	88	7	985	14	33	34	17	1.90
207750938--207750968	10	3.1	10	95	0	53	12	38	25	22	1.90
207750830--207751184	180	2.0	176	86	5	498	20	26	27	26	1.99
207751630--207751750	58	2.1	59	90	1	190	31	23	20	23	1.98
207757303--207757367	11	5.5	11	70	20	51	6	41	38	13	1.70
207757301--207757378	24	3.2	24	98	0	147	7	42	35	14	1.74
207757612--207758389	42	18.4	42	86	3	935	14	32	33	18	1.92
207757565--207758389	85	9.7	85	85	4	906	14	32	33	19	1.92
207757612--207758389	127	6.1	126	87	3	946	14	32	33	18	1.92
207762074--207762194	58	2.1	59	92	1	199	30	23	21	23	1.99
207762589--207762666	24	3.2	24	90	0	120	10	41	33	15	1.81
207762853--207763708	42	20.5	42	84	7	973	14	32	34	18	1.91
207762878--207763685	290	2.8	289	84	8	1034	14	33	33	18	1.91
207763235--207763744	43	12.2	43	79	9	310	14	30	36	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207780625--207780731	28	3.8	28	92	0	160	34	10	25	29	1.89
207782711--207782865	28	5.5	28	77	3	166	16	19	35	29	1.93
207782739--207782895	29	5.4	29	73	4	147	16	17	36	28	1.92
207782709--207782895	57	3.2	57	94	1	311	17	17	36	28	1.93
207787823--207787929	28	3.8	28	92	0	160	34	10	25	29	1.89
207791128--207791295	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
207791144--207791293	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
207799139--207799304	40	4.2	40	80	3	167	24	26	22	26	2.00
207799155--207799264	39	2.8	40	84	8	136	22	29	24	23	1.99
207807642--207807689	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770